嗣后由针灸而汤药，则为道稳而取效亦神，则属最后之进步矣。今日吾人所当之者有二事，其一，古代所传之汤药，其用法皆隶于经络，某经病当用某药，从之则效，违之则否，故当用葛根者，不得用麻黄，当用大黄者，不得用巴豆，非如西药仅言汗下，无复别择，此治中医所以不可不讲十二经。其二，健体之经气不可见，逆之则见，而经气之所以逆，由于气候之六淫者三之一，由于起居饮食者三之一，由于七情者三之一。故寒暑病人、饥饱病人、意志拂逆病人，不逆经气，则能遂其生而尽天年；逆经气，则不能遂其生而夭折，所谓有道之士，善养生者，能遂其生而已矣，上工治未病，能知经气之顺逆及其未病，拨乱返正而已，此十二经原理之大略也。经气不可见，逆则见之于病能，循经治病谓之工，然非上乘，能知若何便逆经气，若何便顺经气，守顺避逆，乃真上乘。素问上古天真论所言，乃上乘也。西国最新发明者曰细胞曰内分泌，其实经气较之二者尤精，惜乎古文太简，灵枢之学说，又真伪参半，果能董而理之，发挥而光大之，则中西携手之后，西国医学当更进一步，此则欲于医学有所发明，尤不可不知经气。今之反对中医者，谓中国医学不能出国门一步，固非定论。而业中医者，惟因饭碗问题，惟恐中医被取谛，妄欲结乌合之众以为党，以与潮流相抗，而号于众曰，吾欲保存国粹，彼等野狐禅之医学，岂是国粹，亦安有保存之希望，若真国粹，决不消灭，何劳保存，谓中医将灭亡者，杞人忧天而已。今姑置此，而言三焦，然则三焦有三种，其一，三焦者，决渎之官，专指分泌尿汁说，其二，三焦者，水谷之道路，气之所终始，专指消化力与卫气说，其三，三焦为手少阳经，为十二经中之一。滑伯仁、徐灵胎皆云，言决渎之官者，为下焦气化之三焦。言手少阳者，是有名无状之三焦。言消化与卫气者，是有名有？状之三焦。准此以谈，是古人定名不讲究也，然无论何种，与温病条辨皆不合，是温病条辨之三焦，乃第四种三焦。
假使有精当之学理，真确之经验，原不妨于古人所言者之外，别树一帜，然必其所言者，与古人相发而后可，如其与古人所言相背，则必古人所说之理论不圆满，吾能证明其误处而后可，若表面崇古，里面反古，用以欺世敛钱，原滔滔皆是，不足深责，著书垂后，则其罪不胜诛矣。今温病条辨上焦篇曰：凡温病者，始于上焦，在手太阴。鞠通自为注曰：“古来但言膀胱主表，殆未尽其义。肺者，皮毛之合也，独不主表乎。……温病由口鼻而入，自上而下，鼻通于肺，始手太阴。"此语实弗解之至，愚按古人言脏腑与经气者有别，盖脏腑是实体，经气是气化，六淫之邪，中人而为病，言气化不言实体，内经言“邪风之至，疾如风雨(此邪风字不问从西北东南来)，故善治者治皮毛，其次治肌肤，其次治筋脉，其次治六腑，其次治五脏，治五脏者，半死半生也。故天之邪气感，则害人五脏。水谷之寒热感，则害于六腑，地之湿气感，则害皮肉筋脉。”此节经文与上文阴阳及东南西北各节息息相通，所谓“阴阳更胜之变，病之形能也。”治皮毛谓病在皮毛也，不是言肺之合，是言躯体之外层，其次在肌肤，言稍进，非言脾之合；其次言筋脉，言更进，非言肝之合；其次在六腑，言入里，其次在五脏，言里之无可再里。假使指皮毛为肺之合，肌肤为脾之合，筋脉为肝之合，则六腑为何者之合乎，是不可迩。又认皮毛为肺之合，是必邪风之害人，初一步肺受之，继一步传之脾，继一步传之肝，继一步传于六腑而后可，证之实际，无论伤寒温病，皆不尔，是更不可通。是故自来释伤寒论者，开口即言太阳是膀胱，鄙人绝对不敢苟同，是故讲义解释太阳病，直曰太阳者，躯体之最外层，今日凡病温者始于上焦，在手太阴，此何说也。其次不可解者，为伤寒从毛窍入，温病从口鼻入。大约鞠通创温病自口鼻入，为其最得意之语，不知此说，绝不可通，试逐层推敲之。(一)内经言凡热病皆伤寒之类，凡邪风之害人，皆始于皮毛，今言从口鼻入，由里出外，是必温病在内经凡热病三字范围之外而后可。(二)既言从口鼻入，鼻通于肺，故在手太阴，然则口通于脾，不在足太阴乎。(三)经言天之邪气感，则害人五脏，此言木治皮毛，即有害五脏之可能，所谓病能也。曰水谷之寒热感，则害于六腑，此真从口入者，更证之于实验，饮冰而洞泄，触秽而为霍乱，空气中微菌传染为各种疫病，此真从口鼻入者，若云天之邪气感，亦有从口鼻入者，于内经无征。(四)鞠通谓伤寒言中风，是西北方之寒风，彼所言之温病，风为火母，乃从东南方来解冻之温风，寒风从毛窍入，温风从口鼻入，不知出何典记，有何理由，诚咄咄怪事。就温病条辨之第一条略为钩稽，其不可通已如此。而党于鞠通者，方浓圈密点，大赞不已，将谓天下后世人无不可欺，不亦慎者。(《温病明理》)
柴按；1・上为温病明理卷二之全文，题为作者所加。此篇对中医原有三焦之本义，探讨颇为详明，恽氏目的，在于先明了中医三焦之本义，然后证明吴鞠通之三焦，出自杜撰。吴鞠通认为温病从上而下，伤寒从外入里，章巨膺曾斥为“神昏沾语”