因气候失常，体工失调而病，不必有细菌也。”但不挟有机之邪的外感，是少见的，就一般情况而论，“伤寒之成，有形有机之邪为主因，无形无机之邪为诱因，彼二邪，每狼狈为奸，伺人于不察也。”这种病因观，畅晓明通，于“伤寒由寒邪引起，温病因温邪引起”说之外，可谓是别创了一说。
二、对伤寒病理的认识
治外感热病之学的流派，在病因认识上不同，在病理认识上自亦互异，此所以对同一热病，往往有或谓“是寒邪伤人足经，外邪乃从体表循六经逐步传里”，或谓“是温邪伤人手经，外邪乃从口鼻按三焦四层逐步深入”的争执。祝氏对此，亦另有新说。
1，以五段代六经：祝氏论外感热病，以五段言病理，赋六经以新含义，他说：“夫仲景六经名词，系代表人体抗邪所发生之六大类证候。六经所固定之证候，初不能包含一切抗邪情况，是以后人于伤寒六经之外，又有温病主焦之说，巧立名目，淆惑听闻，以百步笑五十步，其愚等耳。夫证候为疾病之表现，初非疾病之本身，六经证候，既不能包含一切抗邪情形，则六经名称可废也。利用六经名称，以代表各个抗邪程序，则六经名称存之亦可也。一切外感，无论其为何种有机之邪，苟其有激，正气末有不来抵抗者，其抵抗之趋势，不外五种阶段，所谓六经证候，亦不出五段范围。于意云何，吾之所谓六经者，乃代表五种抵抗程序耳，太阳为开始抵抗，少阳为抵抗不济，阳明为抵抗太过，太阴少阴同为抵抗不足，厥阴为最后之抵抗。一切外感，足以激起正气之抵抗者，皆不出此五种阶段，此吾研究之创获，敢谓前所未有也。”陈苏生老谓卫气营血，三焦六经，“皆病理上之逻辑法也，古人以逻辑目光，解释病理，纯为私人之主观，故不可盲从。”其说即是秉祝氏所教。
2，非传经之旧说：祝氏认为：“六淫外感，着人为病，感邪之后，邪量不复增加，受寒八分，便是八分，祗有消散，决不增加，此无机之邪，无繁殖之机也。”又说：“风寒无形之邪，刺激体腔，及其着体，即不复存在，其诱起营卫之不调，乃人体本身调节异常之表现，表何尝有邪，又何尝有风可祛，有寒可逐乎。”按照传统说法，六淫似一有形之实物，说它可以从体表步步入里。祝氏认为这种解释是主观之臆想，他比喻说：“六淫造病，有如媒灼然，及其既婚，媒者休矣，”而作为伤寒主因的有机之邪，既可是原已潜伏体内，或者是从口鼻而入，并非是只要一受气候影响，病菌就可从体表入里，他说：“皮肤若非破损，病菌决无从入”这显然是对的。但从口鼻入，也不是象叶派说的那样，好象真有温热之邪入卫入气入营入血。叶氏四层之看法，“不过是描写病变四种之历程”，“疾病之发展，因人而殊，因药而异，体质强弱，有体质强弱之过程，药石当否，有当否之演变。”前人划分六经三焦，卫气营血，是欲使病邪如火车之行轨道，不准有丝毫溢出，因明知这样不合实际，故又曰并病合病，顺传逆传，并造成了既云“看法与伤寒同”，又云“邪在一经不移”等自相矛盾的说法。他说：“卫气营血，不过解释叶氏所习见之四种病型而已，此项病型之造成，半为叶氏纠正时医之误，半为叶氏自作聪明之误。”“然其所述病变，强半为叶氏本人所造成，是以遵其法，则见其证，必有其前后缓急之法，乃有其卫气营血之传，其先见之明，正其谬误之处。”
三、对伤寒治疗的认识
对热病的治疗，叶派以用清法与护阴津，为二大原则。祝氏主张用温用清，当辨证而定，鉴于时弊，他尤其强调护阳不可偏废，故于温补，最为注重，其议论则具有创见，如，
1・强调匡扶之法：治疗外感热病，特别是在初起阶段，张子和不必说，他如吴又可、徐灵胎，乃致，陆九芝等许多医家，一般都强调祛邪为第一，故有“治外感如将，治内伤如相”，“大凡客邪，贵乎早逐”，“欲为万全之策者，不过知邪之所在，早拔去病根为要耳。”“良工之治病，先治其实”等说法，但祝氏则强调匡扶。他举例说：三人栉风沐雨，冲寒冒暑，所处环境相等，而病否不等，甲者不病，乙者病后不药而岔，丙者病而用药不愈，或甲遇气候剧变而不病，乙遇轻微之变即患病，这说明外感病仍是以调节机能的强弱，免疫力量的盛衰为主因。故他反复指出：“医之为工，能扶正以祛邪也，”“古谚有云：上工治病，必先固本。良有以也，”“疾病为正邪格斗之行动，医之任务，协正以祛邪也”，“伤寒之为病，邪正相争之局也，为战之道，气盛则壮，气馁则怯，馁其气而使之战，是取败之道也，”“医之所务，在益人也，去病而伤正，何益之有哉。吾子急切好胜，以为去病即是真理，是不知曲突徙薪，以焦头烂额为上客也。”，“总之，伤寒正邪相博，正胜则邪负，邪祛则正安，正盛邪微，病有自愈之理，正盛而处理无方，则邪有稽留之道。”祝氏认为：治疗伤寒，如能纠正营卫之失调，调动机体之抗力，去其病菌之附丽，则“纵使首慝未诛，而莠民已戢，”病菌虽仍在体内，也不能再有害于宿主。祝氏不是说对病邪的处理就不关重要，陈苏生老曾总结