祝氏观点说：“治病不治人，其失必多，知人不知病，弊亦相等。人病兼治，效捷而功全，此上策也。”这无疑是正确的，中医因向无科学工具，对于病原体及特效药的研究，一向略焉而不详，“然病变万端，不外体力之消长，”“故治病若无特效药，即当维护自然疗能。”为了扬长避短，免得在针对病邪下药缺乏实效时，出现虽能预料发展，只能以疲药塞责，不能截断逆转病势的被动局面，故祝氏主张：倘“未能直接除去其病原，则当扶持体力，协调其自然疗能，此一贯之道，凡病皆然，不独伤寒而已也。”这就是他“在照例的强调病原之外，对于病原的对手方，格外的加以强调”之原因。
2・阐扬重阳原理：祝氏崇尚二张(仲景、景岳)学说，对叶派每多批评，他认为，“阴常有余，阳常不足，非臆谈也，”“轻阳重阴，世俗浅见之论也。”因“一切时感为病，大都正邪相争之局，”“一切病邪，及其既入人体，即为人体抗力所支配，”而“抗力之消长，阳气实主持之。阳气者，抗力之枢纽也。气实则实，气虚则虚。伤寒为战斗行动，故当首先重阳。”祝氏认为人在未病时，不妨着意营养，以培养其阳，“及其既病，则当首重阳用，阳衰一分，则病进一分，正旺一分，则邪却一分，此必然之理也。”他说伤寒初期，“卫外之阳不固也”，“伤寒极期，抗力岂有余哉，”“尤拙吾曰，阳明津涸，舌干口燥，不足虞也。若并亡其阳。则殆矣。良工治病不患津之伤，而患阳之亡。所以然者，阳能生阴也。是故阴津之盈绌，阳气实左右之。”他认为伤寒后期，扶阳亦当重于增液，但时医习用滋阴润泽，往往反使阳气受阻，致阳用不彰，阴津不继，欲速不达，适得其反，・他说：“人体之真阳不衰，则阴液之来源不绝，夫阳生于阴，气化为滓，脾胃为灌注之本，命门为生化之源，若中阳不败，则水少自然思饮，命火不熄，则阴液自为挹注，世未有阴药不经阳化而能自为润泽者也。”因为“物质易补，元阳难复，”“故医家当以保护阳气为本。”总之，祝氏认为泊伤寒须自始至终注意扶阳，因为，“邪正消长之机，一以阳气盛衰为转归，善扶真阳，即善治伤寒。”这就是祝氏之心传。陈苏生老总结性地指出：“抗邪作用，阳之本能也，把握阳气，即是把握抗力，故夫子治伤寒，有重阳之议。”
四、对伤寒药物的认识
祝氏推崇景岳，重视匡扶，但治感证很少用人参，熟地之类。祝氏用附子，每与龙、磁，麻、桂，枣仁之类配伍，与蜀中喜用附子的名医如沈绍九，陆景庭等人之药法亦不同，这是因为其对治感药物，也有较为独特之见解，如；
1，四性疗人之创说：祝氏认为药之四性，是用来疗人的，药之五味，是用来治病的・他说性与味，“一以治病，一以治人，泾谓不分，淆惑之由也，”“药理之妙，不过性能二字面已，善用四性之药者，可使体工无偏胜之患，熟悉药物之能者，可收药到病(病指病证而言)除之功。”用药之道，主要是因人制宜，“寒热温凉乃调整抗能之药，抗力太过者，折之以寒，抗力不足者，壮之以温，抗力旺盛，有偏亢之势者，和之以凉，抗力衰敞而虚怯过甚者，助之以热。寒热温凉，扶抑正气之符号。”唯其如此，故若非里气亢盛，寒凉不可轻投。祝氏对时医习用轻凉之风气，大为不满，他认为表亢而里气不盛，或局部虽呈热象，但全体抗力不足，都不得以清表、消炎为口实而妄用清凉。因药性是作用于全体的，“药之有凉，所以抑制机能之亢进，一切内服之药，莫不假道肠胃，”“是故凉药入胃，必先寒中，将欲清表，必先寒营，凉药所以抑制亢奋，其抑制之效力，可以普遍遐迩也。是以表亢而里气不盛者，又安用清为。”故“局部充血有余，而全身不足者，吾不为清也。”祝氏认为：“扶益元阳之药，多是温煦之品，温字即含有补意。”故“无论有机之邪，无机之邪，其为病而正属虚者，总不离乎温法。”上述议论，于纠正滥用清凉，泛施阴腻之时弊，诚有发聋振愦之作用。！
2・常用药物之新解：祝氏喜用附子补阳气而不主张用人参，他认为此二药虽均有强心固脱之效，但伤寒机转在表，邪毒以外泄为宜，如因虚而用参，“人参固表，堵塞其邪机发泄之路，”“是乃拂逆其自然之疗能也，故伤寒而正气虚者，宁用附子而不用人参，以附子走而人参守也。”但附子性暴，温而不潜，“阳不嫌多，以潜为贵”，故必须配之以龙骨，磁石，则鲜僭逆之患，制暴为良，全在处方之得宜。故祝氏治伤寒，常用“附子振奋细胞，活跃抗力，以奏捍邪之功，”又鉴于“心脏为血液运输之枢纽，其疲劳而有衰惫之象者，枣、附以强之，”则扶阳强心，气壮血活，相得而益彰，故此四药为其扶正时最常用。至于熟地，他认为虽能滋荣百骸，但其性阴腻，不利邪机外泄，故极少择取。他说：“睿智之士，以为邪机应有出泄之路，清滋方中，佐以宣透，如生地与豆豉同用，”但“若此医治，失多得少，”不足取法，这是其扶正用药之大略。另一特点是十分重视麻，桂之作用，他认为：“麻，桂为伤寒之主要药，”其作用有二，“一为调节体温，二为排泄毒素，”因