延见士民，周咨疾苦。会遣满洲部员清核逋欠，公移檄严禁有司逢迎科敛及部员要挟贿赂；令下，肃然无敢干者。
巡方罢，归京师。当是时，投匦告密之风大兴。公抗疏，请申严叩阍反坐之例；刁健为之衰息。正黄旗与正白旗争田，各有主者；以农事亟，命户部尚书苏纳海公同直隶督、抚蹋勘。公抗疏，言『俶载伊始，不宜以蹋勘废东作』；大司农等亦疏言如公。主者疑袒白旗，矫诏下苏公洎总督朱公昌祚、巡抚王公登联于理，公竟无恙。
出巡浙盐；到官三日，立集诸商，给发引目，省陋例十余万两，鹾务无所容其奸。商蠹汪仲炎等四人朋比作奸，特疏纠之。仲炎等走京师，以给事中汪之洙为窟穴。之洙者，细人也，素不齿于士类；公再疏纠之洙，之洙坐免，公论快焉。
进掌河南道事，首疏请甄别督、抚大吏；其略曰：『世祖章皇帝赏罚至公，其时督、抚不敢恣睢无忌，犹不时甄别处分；故吏治肃清，民生不困。自顺治十八年后遴用督、抚，鲜无因而得之；方其节钺初膺，已有所恃，以为济恶之地矣。故一至地方，以下僚为奴隶、任传宣为爪牙；贿赂权奸，惟所欲为。且「与受同罪」之法过严，无复敢纠督、抚之贪婪者。非惟不敢纠督、抚而已，且不敢纠司、道、守、令：上下相蒙，日甚一日。数年以来，未尝因贪纵重处一人。至于粉饰功次、冒滥阶衔，副都御史捐银千两，辄加侍郎；侍郎捐银千两，辄加尚书：何一非取之百姓者。彼知有贪之利、无贪之害，何所惮而不自恣乎』！继疏言政本关系最重；其略曰：『顺治十八年以后，惟辅政大臣在内直，内院大学士遂移外署；各衙门表章，皆至次日详看。且进呈止学士，而大学士顾不与。设官立法之初意，其谓之何！请敕令大学士仍在内直详看本章，即日票拟，公同进呈；以杜任意更改之弊』。是时上初亲政，内而政府、外而督抚，皆关厘正、因革之大者，故公奋然指陈骨鲠，无所避；于时直声动天下。后二十余年，上屡责台谏诸臣不言事，即有言多毛举细故；因太息谓『若李之芳者真御史；今竟无其人耶』！盖公受上知之深如此。内升，以正四品管河南道事；密陈封疆关系非轻，疏语秘，不传。超拜都察院左副都御史；疏论参罚繁密，有司难于奉行。请定盗案获半免罪之法，以杜讳盗诬良之害；着为令。
奉命勘巡盐杭、常二御史于浙，迁吏部右侍郎。
康熙十二年，改兵部右侍郎兼都察院右副都御史，总督浙江等处地方军务。是年冬，吴三桂叛云南；其明年春，耿精忠叛福建。三月，反状闻，公急檄各路兵分守要害，遣王廷梅等率精锐扼仙霞关；大赉将士，遂会驻防将军、巡抚、提督议大军进驻衢州。众既集，日中未决；公慷慨言曰：『吾虽文臣，位在提督上；当帅三军倍道以往，义无返顾』。遂起。五且，公移驻衢州；疏请设立援剿三营，申严军令。七月，闽贼犯衢州。公大阅将士于水亭门，谕以大义，众皆踊跃感愤。遂同将军赖塔公帅诸将直薄贼垒，贼空壁出，接战良久，退入壁；公督诸将疾攻之，贼复开壁出鏖战，炮声震天，矢石如雨。麾下请少避；公叱之曰：『吾三军司命，诸将视为进退。今日之事，有进尺，无退寸；以兵胜败，为吾死生耳』？督战益力。贼败北，遁走。翌日，进兵压其垒。贼气夺，不敢复出；越一日，拔栅宵遁。是役也，以三千人击贼数万之众，无不一当百。贼既退，核诸将功罪，以军法斩衢协守备程龙，将士股栗。公之在衢也，诸道羽书旁午；或中夜刺闺，虽厮养卒皆得至帐前，延见抚慰，询贼多寡强弱、出没险要之形，面示战守方略。或以食少事多规之；公曰：『贼势方张，人无固志；此岂大臣养尊处优时耶！若上下之情不通，则事去矣』！至是，以大捷闻。亡何，金华捷，擒伪都督严彪；绍兴、严州、台州、处州相继捷，擒贼首缪国英、江磐，伪总兵官侯进爵等自拔来归。再疏请增设督标前、后二营，以资援剿。伪副将韩斌，亳人也，驻军九龙山；公获其谍，即移文江南，取其子某至军，俾贻书招之，斌遂以其下伪都司施虎、王得功等降。温州捷，擒伪副将何宾；清湖大捷，斩伪都督孙可德，俘贼万余。于是上方略，请进取仙霞关，调江南兵；其略曰：『衢州满、汉官〔兵〕与贼对垒，昼夜不解甲二年；杭、嘉、湖之兵调遣略尽。惟江南之松江、崇明额设兵几二万，以什七为濒海之防，可无虞于不足。至于进取之路，不在温、处而在衢；故耿逆劲卒悉萃于此。此贼破，则诸路之贼皆无固志矣。虽马九玉、朱怀德死守河西，难以猝破；然其南为江山、西则常山，皆有间道可袭。我兵一进，使首尾受敌，即河西之贼垒不能独完』。所谓不待交刃，而胜负之机早断于胸中者如此；上嘉纳之。
秋八月，大将军康亲王抵衢州，军声益振。公启亲王，乘夜发兵。诸将衔枚疾走，直取大溪滩，断贼粮道：马九玉大惊，退走仙霞。先是，我师已由常山破三关据之，降伪守将金应虎。疏报大捷，飞檄宣布天子伐罪吊民之意。亲王遂统大军入闽；濒行，公启曰：『王但严饬诸军勿掳掠子女、玉帛，即长驱入福州，兵不血刃矣』。当是时，马九玉虽溃走，而伪将军程凤、伪总兵官汪文生、周立尚踞广信，祝茂华