等屯玉山；雄倡雌和，徽、饶诸郡实繁有徒。公疏请，亟敕江南、江西会师合剿；于是降江西伪官四百余员、贼兵一万四千余人，文生及处州伪总兵官冯公辅全师自归。时江西伪将次第就抚，而伪总兵官马鹏据德兴之白沙关，跳梁怙恶，尚逆颜行；公遣武荣攻白沙，连焚木城六，斩获无算。鹏走德兴，又遣蒋懋勳以偏师蹴之，破贼栅十三，生擒马鹏；数其罪，斩首以徇。程凤病且死，解散贼众十五万，属其妻率伪官三百四十八员、兵三万一千二百余诣军门降；铅山伪总兵官林尔瞻亦率其下伪官百余员、兵二万四千来降。子午口、八仙洞、前村诸路会剿之师，相继报捷。于是，浙东、江西贼悉平。论功，加二十九等，进兵部左侍郎，再加兵部尚书。遂上疏请蠲被兵地方钱粮；其略曰：『金、衢、严、处、温、台诸郡悉已恢复，百万生灵获出汤火。但陷贼三载，家赀尽于拷掠、田庐化为邱墟；未绝残黎，复遭疫疠。臣惟国家讨逆靖乱，总为急救生民。今地方复归版图，凡此鸠形鹄面之孑遗，皆异日办赋输粮之赤子；若不乘此万死一生之际延其残喘，必致将来有土无人。伏祈大沛皇恩，将康熙十五年、十六年一切钱粮概行蠲免；仍照垦荒之法分给牛种，宽以三年之限照例起科，以昭大信于天下』。疏四上，得请。因奏请牵复衢、处、温、台诸郡考成，降黜有司；请恤殉节诸臣、阵亡将士。是时陆寇以次削平，而海寇乘间出没闽、浙濒海诸郡，窥伺内地；伪总督朱天贵设五镇相犄角，以挠我师。公遣别将击贼于象山庙岭湖，斩获五百级。贼犯温州，又大破之，詹天枢斩伪副将麦仁以降；前后招降文武伪官六千二百余员、伪兵一十六万五千五百余人。
公之在军中也，诸将爱之如父兄、敬之如神明。光明洞达，推赤心置人腹；信赏必罚，皎如青天白日：是以将士感奋用命，所向有功。戏下偏裨积功至大将者，李荣、陈世凯、吴英、王廷梅、鲍虎、李华、薛受益、陈梦阳、李承恩、詹六奇、刘诏、武荣、蒋懋勳等，多至数十人。逮今二十年，述公逸事，往往感激流涕：则公至诚动物之效，有不可掩者也。
十八年三月，上疏乞骸骨；不允。七月，以地震求言；公疏陈四书，首请给还难民子女。其略曰：『臣惟灾异示警，必民间有至痛、至惨之事，哀号莫诉；而后天心为之感动，地道因之不宁。今日第一疾苦，无如被掳难民一事。浙东自遭闽变，温、台、处诸府偪近闽疆，罹祸尤剧。其时祖宏勳内叛，提督赛白理统兵至温，旋即退回，以致地方沦陷，非百姓之罪也。又宁海将军固山贝子傅喇塔自台进剿，贼皆败遁回温，所在人民各安故土，不肯从贼；朝廷用兵救民水火，正救此等水火之民耳，不意各旗营将恢复地方之后，男女尽为俘掳；父失其子、夫失其妇，老幼啼号，不可胜计。地方虽复，有土无民；臣不禁抚膺流涕。此等情形，实足上干天和，致生灾沴。夫户口者，朝廷之户口；人民者，皇上之人民。岂可抢掠归旗，没为奴婢』云云。
是时耿精忠既降，而「海寇」方踞台湾、澎湖。公疏请操练战船，又疏请福建水师会剿海洋诸寇。孝顺洋大捷，阵斩二千余级，伪将军刘天福、伪都督苏亮率伪官百六十员来降；乃疏请改复枫岭营浙、闽分辖旧制。
二十年秋八月，奉诏班师，归杭州。公以康熙十三年五月至衢州，至是九年；鼓励三军，大小一百四十余战，屹然为东南长城。贼不败跬步踰钱塘、窥吴会者，以公决计扼衢之力也。
十月，召为兵部尚书。初，公之出也，年始踰五十；至是还朝，须发尽白，天子为之动容，公乡士大夫莫不相顾叹息。迁吏部尚书。以病，上疏乞骸骨；上命御医视疾，赐尚方药物，存问不绝。居顷之，再疏乞休；不允。公之再入也，正色立朝，始终一节；中朝倚以为重。寻进文华殿大学士，兼吏部尚书。明年，得旨致仕。又明年春，上南巡；公迎驾于德州，慰劳甚至，赐食物、法酒。
家居七年，以康熙三十三年冬十一月属疾，薨于里第。讣闻，天子震悼，下部议恤典；遣官致祭，赐諡「文襄」。
公刚正沈毅，风采高峻、器量闳远，望之如洪河、乔岳；而行己事上，一本至诚。在言路，为真御史；在台端，为真中丞。及开制府、镇岩疆，以身任天下之重，不动声色，使东南数千里危而复安；非大勇、大智、大忠，其孰能与于此！古称社稷臣，公之谓已。
公生以天启壬戌八月十八日、卒以康熙甲戌十一月初二日，年七十有三。元配胡，累赠一品夫人；继配张，累封一品夫人。子男子四人：钟麟，潮州府知府，升按察司副使；攀麟，候选行人司司副；容麟，岁贡生；宜麟，候选通判。子女子二人，适王尔梅、冯云勷。孙十五人：寿澄、寿淳、寿泓、寿溥、寿滋、寿浵、寿沪、寿湜、寿潢、寿沅、寿湘、寿演、寿潮、寿淞、寿泂。曾孙二人：本笃、本厚。
以康熙三十六年（丁丑）秋九月初五日，大葬于东原之赐阡。不佞忝公姻娅，又与公同朝最久；故桓碑之文，不可以不敏辞。铭曰：帝受景命临万方，觚竹日下皆来享；地大人众牙蘖萌，始自六诏及闽疆。仙霞屹屹为越鄣，烽火昼举连钱塘，妇子襁负思走藏。公剑及寝屦窒皇，介马而驰越