今因失跌，染患风疾；朕笃廑念，着赏给人薓二斤、高丽清心丸二十丸、御用大荷包一对、小荷包二对，用示恩眷。并论令该提督加意调养，不必开缺，以冀就痊。至该提督宣力年久、偶患风疾，固不忍即令开缺；但海疆重任、关系紧要，若该提督在任总理营务，仍不免劳勩精神，朕心更有所不忍。见在雅德已委何俊前往代办水师提督事务；厦门距漳州不远，该提督自揣于病势有益，不妨与雅德商酌，竟行回籍调理，即令何俊暂署提督事务。并着雅德将该提督近来病势如何？曾否全愈？迅速覆奏，以慰悬注』。二月，奏『台湾淡水同知潘凯赴猫里社相验，中途被贼戕害，并毙跟役十余人；见调官兵船只、军火、器械，如系生番逞凶，当力疾渡台督剿』。谕曰：『朕闻有黄仕简五言里奏报，恐伊病势加剧，深为轸恻；及披阅奏摺，乃系此事，转觉慰幸。但官员竟被杀害，不法已极！不可不严加究治。系刁民谋害、装点生番形迹，即严拏首从各犯务获，严审确情，立正刑诛；毋使一人漏网。若系生番所杀，即带兵搜捕，速拏正犯严辨，以儆凶顽。黄仕简一闻信息，即欲力疾前往，甚属奋勉可嘉』！续奏：『接镇、道等咨报：同知潘凯系生番杀害，即督官兵渡台进剿』。谕曰：『福建水师提督黄仕简于查办生番一案，一闻禀报，即力疾前往督办，实属奋勉出力，殊堪嘉奖！着加太子大保衔，以示优眷』。旋奏：『同知潘凯系被直加未南及目怀二社生番杀害；臣渡台后，会同镇、道督兵分投剿捕，先后杀获凶番首级三十八，中枪落崖身死者百数十，业将二社巢穴剿洗』。谕曰：『生番胆敢戕害官役，实为凶横不法！黄仕简等闻信后即渡台剿捕，歼戮无遗；办理甚为妥速。俱着交部议叙』。旋议加一级。九月，奏『诸罗县民杨功懋等兄弟因争财起衅，纠众立会；经台湾镇、道饬属查获匪徒张泮等十四名。石溜班汛把总陈和拏获张烈解县，行至斗六门，突被数十人持械夺犯，陈和被戕；即督饬文武员弁严拏。据镇臣柴大纪等报称：陆续拏获首从各犯杨功懋等五十三名』。谕曰：『杨功懋等衅起家庭，胆敢私立会名、结党聚众，经把总陈和拏获匪犯张烈，复敢夺犯戕官，实属不法！所有见获之首从各犯杨功懋等五十三名，着常青、黄仕简等审讯明确，一面具奏，一面将首要各重犯即在该处正法示众』。
十二月，台湾逆匪林爽文滋扰，黄仕简奏带兵由鹿耳门飞渡进剿。谕曰：『黄仕简甫经病癒，一闻匪犯滋事之信，即带兵渡台，殊属奋勉可嘉！着赏给荷包等件，以示优眷；并着于办理剿捕诸务外，仍加意调摄，勿过劳勩。至贼匪么么乌合，黄仕简到彼，督率该镇、道尽力堵剿，无难立就扑灭』。时陆路提督任承恩奏带兵渡台会剿；谕曰：『此等奸民，不过么么乌合。上年台湾即有漳、泉二处匪徒械斗滋扰等案，一经黄仕简带兵前往督办，立即扑灭。今林爽文等结党横行，情事相等；即使该提督病后精神未能周到，亦只可添派能事总兵一员协剿，任承恩本不应前往。今已渡台，亦不必拘泥回任；务须会同黄仕简分路夹攻，以期克日蒇功』。五十二年正月，谕曰：『昨据徐嗣曾奏称：「黄仕简到台后，炮打死贼匪二千余人，贼俱星散，奔逃内山」等语。内山系生番巢穴，贼匪被官兵追剿，穷蹙逃窜，或将所掠财物贿结生番，容留藏匿；或恃其人众，胁制生番：尤不可不预行筹办。见在水陆两提督带领多兵，自当乘此兵力搜剿歼除，勿令贼匪得以逃匿负嵎』。又谕曰：『黄仕简抵台迄今一月有余，尚未据奏报剿贼消息。即待厚集兵力、克期进攻，亦应将贼情随时奏报。及自今总无消息，所办何事。看来黄仕简于剿捕事宜，不能得力。着常青即速渡台，督同黄仕简等剿捕』。旋奏：『臣于正月初四抵台，先督兵守御郡城。十二日，金门、南澳、铜山等标兵续到，遣海坛镇郝壮猷率同副将丁朝雄等领兵往南路恢复凤山，又遣台湾镇总兵柴大纪率同参将潘韬等带兵往北恢复诸罗、彰化，臣同台湾道永福带兵在南北处策应』。谕曰：『前据常青奏：彰化县城久经陈邦光等收复，其凤山等处亦经柴大纪等分路剿捕，郡城已无事矣；何以黄仕简摺内仅称派委总兵等分赴南北二路进剿、恢复县城，竟似该处情形全未知悉者！看来黄仕简竟是安坐郡城，并不亲赴各该处督率剿捕；大属非是！提督为专阃大员，领兵是其专责。黄仕简深受朕恩，见带兵剿贼，虽系病后，理宜奋勉出力；乃于剿捕事宜，奏报迟延，全不得行军要领。该提督所司何事？着传旨严行中饬』。旋奏：『台匪滋事，其间迫胁随行者不少；经臣檄示民人：凡被胁者速行解散』。谕曰：『黄仕简所奏非是！此等办法，或因起事之初，兵少贼多，为一时权宜之计则可；若军威壮盛，自当趁此兵力荡洗贼巢，勿使转留余孽。若党羽既散，将来如何按名究办？况大兵一撤，贼伙散而复聚，岂不更烦兵力！此皆平日伊等将就了事之见。此次林爽文等纠众滋事，即由从前姑息养痈所致。今该犯等肆孽至此，岂可不歼戮净尽，以绝根株』！二月，奏『据北路总兵柴大纪克复谱罗，林爽又潜回大里杙；见在相机擒拏』。上以其迁延观望，再行严饬。又柴大纪奏「仕简派同剿贼之参将潘韬兵丁三百名留驻郡城自卫」；命常青查明，据