剿海氛，即拨入提标中、左、右三营，奏准仍给战饷，彼时为忧远涉积劳起见。迨各兵陆续开除，就闽召募，应照例分别战、守，方无歧异。请将中、左、右三营战兵，照前、后二营例，减去战额五百，改为守兵；即将各营内考技艺稍次者，尽数改补。如不足，俟五营出有战职，通融拔补，另募守兵足额』。议行。三十九年十月，兵部奏降革处分；奉旨：准开复。四十四年十二月，陛见。四十五年正月，上南巡，扈跸出京；赏黄马褂。三月，回任。是年，恩诏加一级。
四十七年十月，奏『台湾有漳、泉二府人械斗，流匪乘机枪杀，把总林审被戕；亲赴台湾督学』。谕曰：『如此办理方是。此案关系重大，黄仕简一闻报，即带兵渡台查办，迅速完结；自当交部议叙。着传谕黄仕简，即督同将弁等勉力将首伙各要犯严拏务获』。十一月，谕曰：『黄仁简奏「抵台查办漳、泉人械斗一案，先后拏获要犯多名，恭请王命正法，各于犯事地方传首示众；尚有未获各犯，见在查拏务获」等语。所办甚好。同日又据雅德奏到，看来此案先后获犯及办理情形已有八、九成，未必致更生事端。但尚有未获聚众首伙要犯、杀官重犯等，见在曾否就获？并此外余党，不可不尽行搜缉务获，以净根株。着传谕黄仕简、杨廷桦彻底跟查，将未获各犯逐一擒获，永除后患』。四十八年正月，奏『先后拏获台湾械斗刁民及杀害汛弁首伙要犯二百余名，分别置法；台湾宁帖』。命交部议叙，加一级。谕曰：『据黄仕简奏「督拏械斗刁民及杀害汛弁首伙要犯，先后共拏获二百余名；见在民人并无再敢互斗滋事，台湾所属均属宁帖」等语。所办甚好，已交部议叙矣。此案未获余党及焚抢流匪，仍着黄仕简、杨廷桦上紧逐一严加捕获，审办完结。黄仕简不可因台地见已宁帖，稍有将就了事之见』。旋奏：『遵旨查台湾府知府苏泰于漳、泉刁民械斗并不速捕严惩，辄出示谕和，实属姑息贻误』。谕曰：『漳、泉械斗一案，前经雅德具奏称「该府苏泰前往面加晓谕各庄民遵依允服」一摺，朕即虑及该府或竟不知事体轻重，有央恳和息之事；因谕令黄仕简等查明，据实奏参。今据黄仕简等查奏苏泰果有劝和出示情事，竟不出朕之所料；是苏泰罔顾大体、姑息养好，非寻常玩延胎误可比。苏泰着革职，拏解刑部治罪』。三月，奏『会同台湾道杨廷桦续获械斗人犯二百六十名，见赴诸罗起事处严拏余匪』。谕曰：『据黄仕简奏「会同杨廷桦赴各庄连日搜捕，前后拏获各犯二百六十名，将审明起意纠党、焚庄枪杀各要犯先行正法示众；见在漳、泉人心帖服，各属宁諡」等语。所办实属可嘉！已于摺内批示矣。台湾刁民械斗一案，黄仕简一闻禀报，即带兵渡台查办，将首伙要犯拏获多人，陆续审明正法，地方宁静；办理甚属妥速，前已阵旨交部议叙。着再给黄仕简上用荷包，以示嘉奖』。又奏：『访闻凤山县属小冈山地方有匪徒倡乱，随往搜查，并无踪迹。嗣据该县知县徐英禀报：盘获形迹可疑之林弄、陈虎二名，研鞫并无证据』。谕曰：『诸罗、彰化二县奸民不法聚众械斗，甫经严拏重治，乃又有奸匪竖旗，可见台湾诸事废弛、刁风未息，不可不严拏究办、从重惩治以靖海疆而安良善。至所称形迹可疑之林弄、陈虎二名，是谁见其可疑？有何形迹？如果审明此二人并非竖旗奸匪，或即应问此二人，或素有仇人挟嫌藉端陷害，严切开导询问：从此跟究，或可得实。何以摺内全未奏及？而但云「毫无证据」乎！黄仕简等查办奸民聚众一案，甚为妥速；今审办此事，未免疏漏。着即督饬所属勒限严拏奸匪竖旗之人，务获解究；不得以查无踪迹了事』。三月，谕曰：『据黄仕简奏「拏获凤山县编造逆词、竖旗图抢之首犯分别办理」一摺，着交三法司核议速奏。至此案首犯陈虎等经凤山县知县徐英因该犯形迹可疑，即行拏获，尚属能事。见在正有查办之事，未便命其引见。着加恩加一级，以示优奖。俟该县任满调回内地时，着奏闻请旨』。六月，偕杨廷桦奏：『台湾兵丁杨祜、曾笃等因挟彰化县民林文韬纠众抵制夙嫌，曾笃设计成擒、杨祜用刀剜瞎文韬右眼，拟杨祜等罪如例』。谕日：『此案兵丁杨祜、曾笃屡次纠人挟嫌争殴，并用刀剜膳林文韬右眼，实属凶横不法！且林文韬等素被兵丁欺凌，希图抵制；该处小刀会，即由此而起。是杨祜等实为此案罪魁，自应从重定拟。乃黄仕简等仅照「寻常争殴折伤人肢体者」一律科断，殊属轻纵！黄仕简、杨廷桦着交部议处』。寻议销去加一级，免降调。十一月，奏『访闻台湾淡水属奸民林淡等焚烧毙命，隔两月营员未曾具报；见将讳匿玩延之副将左英移督臣题参，并嘱镇臣柴大纪到台督办』。上是之。十二月，入觐；赐双眼花翎、黑狐端罩。四十九年正月，命在御前侍卫上行走。上南巡，仍扈驾出京。三月，回任。五十年正月，奥千叟宴。五十一年正月，因失趺，请解任调理；谕曰：『据雅德奏：「福建水师提督黄仕简自上年失跌，染患风疾，乍痊乍发，心神恍惚、气体虚弱，一时恐难全愈；已委福宁镇总兵何俊前往厦门帮办水师提督事务。并据该提督具奏息病情形，讲解任调理」等语。黄仕简久任水师提督，经理妥协；而查办械斗一案，尤着劳绩，方资倚任。