职，发侍尧查审。寻奏：『恒泰病故，据秦璜劾称以马价余银私抵倒毙马匹，讯无染指情弊；恒泰参奏璜加收房租及受贿挑补额缺等款属实，拟罪如律』。三十八年，晋武英殿大学士，仍留总督任。三十九年六月，奏安南内讧，见饬粤西镇、道严防夷兵窜入；得旨褒嘉。十二月入觐，命紫禁城骑马，赐黑狐端罩。四十年十月，奏「审办广西高明县民潜赴安南滋事案，查取失察职名」：『按其日月，将前署明江同知嵇璇开参；左江道秦廷基忽赴粤东谒见，先为游说，希欲通融。前据太平府知府程大治、宁朋州知州康坦岳倒提日月，开送前任同知邹锡彤职名；及指驳行提，复令役甘华顶冒串供：种种舞弊。请将廷基等革职、嵇璇解任审讯』。谕嘉其秉公，交部议叙。十二月，兵部咨：『粤东纠党结盟案，不数月多至五起：应照例加重议处。武职虽协拏，从前究属宽纵；未便即予免议』。侍尧奏：『员弁既经协拏，若因案多不准免议，必致暗为消弭，凶徒转多漏纲；请将协拏员弁照例宽免』！谕曰：『所奏是，已于摺内批示矣。地方武弁平时不能约束稽查，致匪徒纠党结盟，屡经犯案；自应示以重惩。如果实力查拏，有犯必惩，则藏奸自少；即所属地方犯案较多，若知上紧缉拏，功过原可相抵。设仍予以议处，转致各员弁自顾考成，暗为消弭；于惩治奸匪、整饬吏治，均属无益。李侍尧此折为挽回积习起见，所奏甚是。然亦惟该督向来董察属僚不事姑息，朕所深信，始可为此言；若他人，未可轻为仿效也。此案着照李侍尧所请行』。四十一年二月，奏：『嘉应州斩犯蔡老三临刑未经杀死，带伤脱逃；奉委监刑之长乐县知县薛闳等未亲往，遽报「斩讫」。次日，获犯正法。请将薛闳等革职拏问』！谕曰：『此事殊堪骇异，实为从来未有！处决重犯，奉委之知县及该营游击并不亲往监刑，委之吏目、千总微末员弁黑夜行刑，并不亲验首级，致重囚临刑脱逃，复敢捏报「斩讫」，实出情理之外。其行刑之兵丁黄仕荣，显有贿嘱情弊，不可不严讯重惩。即镇、道等所报次日寻获正法之处，亦恐难以凭信；并当严密访查，勿使凶恶要犯得以潜踪漏网。所有知县薛闳、署游击刘永惠、吏目郑兆骥、千总刘骏，俱着革职；拏交该督、抚，同行刑之兵丁黄仕荣一并严审明确，从重定拟具奏。总督李侍尧、巡抚德保及该管提、镇、道、府，着一并交部严加议处』。寻奏：饬委护惠潮嘉道康基田赴嘉应查验该犯尸首，处斩属实；并究出兵丁黄仕荣于行刑时受贿全尸情节，仕荣拟斩，请旨即行正法；拟薛闳等罪如律。部议革侍尧任，得旨宽免。
四十二年正月，因缅酋悔罪投诚，吁请还人纳贡；命大学士阿桂往滇董其事，调侍尧为云贵总督。谕曰：『云贵总督见在办理此事，为最要之缺。各省总督老成有识、能办大事，实无出李侍尧之右者；是以将伊调补。李侍尧到滇，将诸事妥为经理。至开关通市以后，所有内地民人出口及严禁沿边百姓不许前往茂隆厂生事诸事，已详悉面谕阿桂；李侍尧晤阿桂时，即可问明一切，悉商为之。即定章程，阿桂即可回京；而实力永久查办，则惟李侍尧是赖』。三月，京察议叙，加一级。因缅目孟干入关禀称「象众未到」，还人纳贡请暂缓。四月，偕阿桂等奏：『孟干等言词反覆，见檄谕缅酋：以苏尔相、杨重英在内地不足轻重，送还与否无关紫要，以折其居奇之心』。上嘉其深合机宜。又奏：请禁止土人出关侦探；并得旨褎嘉。是月，命阿桂回京。缅甸寻送出苏尔相，讯供解京；仍檄送还杨重英。六月，奏：『缅匪绽拉机禀请释回孟干等，并未提选人进贡；严谕来差传知绽拉机：俟送还杨重英奉表贡象，不但遣回孟干，并准开市』。嘉其所办尤合机宜。又奏：『三十三年征缅甸，在木邦殉难之原任永北同知胡邦佐、广南府经历许景淹因展转行查，迄今十年未具题；请赐旌恤』！上可其奏，下部议行。四十三年正月，奏『把总李有贵在蛮墩盘获进关奸民藩起，腾越州人；潜赴缅地，今进口为贼探信，讯供解京』。上褎奖之。寻谕曰：『缅地水土恶劣，实非可用武之地；即或该处有可乘之隙，亦不宜兵出无名。兴师涉远，朕自有定见。李侍尧在滇一载，已熟悉缅地情形；且其平日阅历年久，遇事亦知慎重。自不宜稍涉喜事，轻举妄动。若缅甸内讧已成，上下瓦解；其头目纷纷投出，能深悉其底里，实在唾手可取，则又机不可失。李侍尧当酌量为之』。六月，奏：『永昌、普洱等府界连缅甸，每岁派兵五千五百在张凤街、三台山、九龙江等处防守；揆度边情，实不值如此办理。请于杉木陇设一大汛，拨腾越镇标兵五百；干崖设一小汛，拨南甸左营兵二百：令各本营员弁轮驻巡防。又虎踞、铜壁等关，即于杉木、干崖两汛分兵驻守，毋庸多派官兵滋费』。下廷臣议行。时滇抚裴宗锡以滇铜不敷额运，奏请调剂；命侍尧悉心筹画具奏。十一月，请裁鑪座；并查明鑪欠，分别着赔。谕曰：『所奏仍未能善体朕意。如将有着、无着之项概令摊赔，仍不脱从前陋习。着传谕李侍尧等将旧有厂欠之项，详细核查：其有著者若干，即将鑪户勒追；如逾限不交，查明家产抵补。未完之项，即于经手原放之员名下着追；无论见任、在籍，亦俱勒限追缴。如不能完，