即将家赀、田产查封抵补：庶不敢属回观望。其从前实系无着之项，查明若干，即据实开单奏明；候朕核定，降旨豁免。朕此次清厘，专在剔除积弊；即或应免无着之项稍多，亦所不惜。李侍尧不得存帑项为重之心，畏首畏尾，复涉含糊；致负朕谆切训谕之意』。四十四年，奏：『滇省堕久盐款，由于盐斤无着；因勒限于本岁奏销前，不准丝毫短缺。见任各员向井灶收买余卤，赶煎趱补；半年内盐已足数』。谕曰：『滇省堕久盐款，情弊相仍，历久未能厘剔。今李侍尧知致弊之由，勒限赶办；不及半年，而应存盐数业已颗粒无亏。可见事在人为，果能实心查办，积弊自即肃清』。四十五年三月，原任云南粮储道海宁向军机大臣诉侍尧贪纵营私状；奏闻，命尚书和珅、侍郎喀宁阿查办。和珅等寻奏：查讯侍尧供认收受道、府等官馈赂名款不讳；谕曰：『李侍尧身为大学士，历任总督；乃负恩婪索盈千累万，甚至向属员变卖珠子。赃私狼籍如此不堪，实朕梦想不到。不特朕用人颜面攸关，即各督、抚闻之，无不惭愧痛恨矣！李侍尧着革职拏问，交和珅等严审定拟具奏』。命褫所袭伯爵，以侍尧弟江西提督李奉尧袭。五月，拟侍尧斩监候，下大学士九卿议；改斩决，复下各直省督、抚议。十月，谕曰：『各省督、抚核拟李侍尧一案，业已到齐。李侍尧以大学士兼管总督，受恩最深；乃敢营私败检，骄纵妄行，实出意料之外。核其情罪，非仅如彰宝之因病任性、纵家人勒素供应者可比；较之从前恒交良卿贪婪骫法、致罹刑宪情节，实约略相等。惟恒交甫任督、抚即肆意婪赃，平日又无出力办事之处；李侍尧则身任总督二十余年，如办理暹罗颇合机宜、缉拏盗案等事亦尚认真出力，且其先世李永芳于定鼎之初归诚宣力，载在旗档，尤非他人所可援比。是以前于尚书和骫等照例定拟斩候、大学士九卿请改立决，朕复降旨令各督、抚等各抒己见，确议具题；原欲以准情法之平。兹各督、抚大率以身在局外，多请照大学士九卿所议；而闵鹗元则以李侍尧历任封疆、干力有为，为中外所推服，请援议勤、议能之文，称宽一线具奏。是李侍尧一身之功罪，原为众所共知；诸臣中即有仍请从宽者，则罪疑惟轻，朕亦不肯为已甚之事。李侍尧着即定为应斩，监候秋后处决；余着照大学士九卿原拟行』。
四十六年三月，甘肃撒拉尔逆回苏四十三滋事；特旨赏侍尧三品顶带并戴花翎，赴甘肃总办军务。四月，陕甘总督勒尔谨获罪，命侍尧管理总督事。时大学士公阿桂奉旨剿办逆回；闰五月，侍尧奏：『见调满汉屯土兵，臣抵省后，查核军糈颇裕，尚有陆续报运者；计算足敷储备之数』。报闻。又偕阿桂奏：『贼于华林山筑卡，我兵奋击，克之』。得旨嘉赉。先是，上以甘肃私收监粮折色，明系捏灾冒赈；命阿桂会同侍尧详查具奏。六月，奏：『甘肃捐监归兰州总办，自开例即收折色，并未买粮归仓。盘查、出赈，俱属虚文；捏冒侵吞属实。请旨将前任藩司王亶望任内假捏结报之历任道、府、直隶州革审』。命将前任兰州府知府蒋全迪、皋兰县知县程栋革职，拏解兰州审讯；此外各员，交吏部查明曾任兰州道及首府、首县者，一体革职拏问；其余各道、府、州、县，加恩免其提讯。是月，歼毙贼首苏四十三。七月，逆回平。寻偕阿桂奏：『冒赈舞弊之司、道以下各官，见据兰州府知府陆纬等将浮冒银数及馈送上司各款逐一供认』。八月，谕曰：『甘省私收折色一案，骫法营私，弊端百出；已将首先倡议侵冒分肥之勒尔谨、王亶望、王廷赞、蒋全迪分别明正典刑矣。至此案大小各员通同侵蚀，自应按律问拟，以彰国宪而警贪婪。但人数较多，若概予骈诛，朕心有所不忍。着传谕阿桂等将各该犯所有侵冒银数其有二万两以上者，俱当问拟斩决；二万两以下者，入于情实。其一万两各犯，亦应问拟斩候，请旨定夺。所有应行定拟案犯，俱着赶本年勾到以前具奏，母致延缓』！是日，阿桂赴豫督办河工；九月，侍尧奏：『请将冒赈二万两以上程栋等二十员正法，余分别定罪有差』。又奏：『兰州城西、南两面均山，高于城；逆回在华林山凭高下击，城守兵无可遮蔽。且该处人烟辏集，屋宇直接城垣，易于攀攻。请自西外城安定门起、由拱兰门迤至风神庙止，又自通远门东南角起、由迎恩门至广武门北角止，添建城垣。西、南两关厢居民，劝谕迁移撤屋，以留火道。华林山应筑营堡，移督标右营官兵驻劄』。得旨：如所议行。四十七年三月，奏：『皋兰等三十四厅、州、县亏缺库项八十八万八千余两，仓粮七十四万一百余石。核册档，自雍正年间至乾隆二十年以前即有亏欠银自数十两至千余两，粮自数十石至四、五百石；二十年后，亏缺日甚，多者至万余。各上司捏结报题，致州、县毫无忌惮。见今查出二十年至四十年，亏项积至四十二万，俱系那新掩旧；今四十年后，自总督以至州、县俱治罪抄产，无可追赔。其四十年溯自二十年之累任各官，应照任内亏空之四十二万拟定成数，加倍赔补；有无力完缴者，入通案各员名下分赔。其尚有八十二万余，请于臣及司、道、府、厅、州、县养廉内摊赔』。谕曰：『仓库正项银两，竟敢任意侵欺；即令加倍赔补，亦所应得。但念历年已久，