，授湖广总督。七月，奏：「湖北丞倅佐杂各员遇委署差遣，本任不另委员署理。见饬藩司：凡有委署出差者，另委接任以专责成。恐他省亦有此积习，请敕部通行查禁』！从之。又奏：『已革武昌府知府锡占任内有「未买仓榖一万石，将榖价交存江夏县库」；及查奏销册，锡占原报实贮，并无「未买」字样。且其中缺数颇多，尚有发各属代买，未经交足者；并有属员事故，榖竟无著者：司、道俱以「实贮无缺」结转。见委员查锡占缺榖实数，勒限清交；并饬司将通省仓榖澈底盘查』。上嘉之。八月，奏：『湖广盐价过昂，已查出抬价疲民、商人，依律惩治。请酌中定价，作为限制』！谕两淮盐政高恒赴楚会议。寻奏：『请按淮商成本，酌加余息定制』。谕曰：『所奏允协，如所议行。从前湖广盐行之弊，总由不按淮商成本折衷定价，是以汉口各商从中竟为低昂；甚至抬价，余欠侵吞，种种作奸。而扬商窵远阻碍，不得不受其挟制。今高恒遵旨前往，李侍尧与之协力清厘，将成本核定，加以余息，明定限制清理，皆得其平，鹾政可以永行无弊』。十月，加太子太保。十一月，疏言：『两湖各营如宜昌镇、洞庭协、汉阳、荆州、常德、岳州等营，原设水师战船巡哨，未定章程；见分饬各镇、协、营分定管辖水道里数，责各将备督率巡防。中有地方辽远、兵船较少者，酌量抽拨』。上可其奏。二十九年六月，奏：『湖南各营千总、外委，请归督臣考验拔补』。七月，奏：『湖南辰州府属干州同知及凤凰营通判分驻苗疆，前因红宙滋事，每厅拨给标兵百、把总一。又，宝庆府同知，亦议给标兵百、把总一。今苗民向化，所拨弁兵请裁』！均下部议行。八月，疏言：『州、县造报词讼仅止开列事由，巡道往查亦照所报呈送；余皆隐匿，以致无从查验。请嗣后责道、府详查报册：如有未经造报之案，提卷察核。果无枉断延搁，仍照造册遗漏请参；道、府扶同徇隐者，并处』。上嘉其奏，交部议行。又请仍复楚省驿站赴口买马例；从之。
是月，调两广总督。三十年三月，奏：『督、抚同城者，如遇水旱偏灾及勘收城工事，抚臣前往查办；解审案件，归督臣审办』。从之。又请改琼州水师副将为海口营参将、左营都司改守备，又左翼、碣石二镇标右营游击改都司，仍照旧巡洋；雷州协副将改雷州营参将，并裁中军都司，以左营守备兼管；钦州土猺错杂，幅员较广，所设游击请改参将。下部议行。五月，广西右江镇总兵李星垣婪索土田州知州岑宜栋，谕侍尧严鞫。寻鞫实，定拟具奏；谕曰：『李侍尧「审拟李星垣婪索土田州岑宜栋银两」一摺，定罪甚属失当。李星垣始向岑宜栋索借银二千两，因一时难以措应，辄将营中见存买补榖价一千五百两令其预领，俟秋间买榖交仓；旋令家人张同收取，入己侵用。以库贮买榖官项假冒预发之名，巧为腾那，私充欲壑；非监守自盗而何！李侍尧并不按应得之罪定拟，乃引「索借所部财物」律，拟以绞候；转似于本案加重科断，错谬已极！即其家人张同等承李星垣意指，两次向岑宜栋勒索六百余金，情均可恶！亦不应仅以杖责完结；已交部另行核拟矣。李星垣系该督保举「堪胜总兵」之任，令其赃罪败露，犹欲为人回护，竟从轻减。李侍尧着传旨申饬』。寻奏：请交部严加议处；部议革职。侍尧于六月丁艰卸任，奉旨：『补官日，降三级调用』。九月，命署工部尚书，所降之级带于新任。三十一年正月，署刑部尚书。七月，因两广总督任内失察粮道张曾受赇，部议革任；得旨：『着于见任内降二级，从宽留任』。三十二年三月，上以侍尧服制将满，命回两广总督任。三十三年正月，奏请各标协营伍守粮缺出，必将兵丁有无子弟确查考补，不得以外来无籍人入伍；报闻。七月，劾潮州镇总兵明达偪勒守备甘廷亮垫发齎摺路费不准领项归款，致廷亮自缢；命褫明达职，交侍尧严审。旋奏：『明达审无偪勒致死情事；查该员任内曾侵用马价，拟罪如律』。八月，户部奏：验兑粤海关税银短少；命侍尧详查覆奏。寻奏：『请嗣后税银照依解部兑收法马收足，即以原封批解，毋许鞘外另备添平』。部议如所请。十二月，袭二等昭信伯。三十四年，大军征缅甸，命侍尧传檄暹罗：如缅酋窜入，一体截擒。旋奏：『暹罗见为甘恩敕窃据，其人系彼国乱臣，不宜传檄移会；选目莫士麟素恭顺，臣作为己意，檄令移会暹罗各夷目密侦缅匪窜入境内，擒拏具报』。上可其奏。三十五年二月，奏：『粤东民多偷渡台湾；请于出口处发循环印簿，责成地方官逐日盘验登记，按月呈缴』。报闻。五月，奏：『守备杨春榜至参将王希曾署禀事，忽自戕；请将希曾解任讯究』！上以案内疑窦颇多，侍尧并不亲提研鞫，饬之。寻奏：查王希曾于杨春榜冒销工程银不行纠举，反侵收工料银入已，致酿人命；拟戍。十一月，奏：审拟丰顺县奸民朱阿姜潜谋不轨，请革知县吴兰榖职；并自请交部严议。上以该犯等纠党结盟，事经两月，知县不能先期访获，革职未足示儆；命将兰榖拏交刑部治罪。侍尧督拏首伙要犯妥速，从宽免议。三十七年三月，奏：运库公费充裕，请拨十万两解交藩库充饷；下部议行。十一月，广州将军秦璜、副都统恒泰彼此讦奏，命褫秦璜等