大纪懋着劳绩，着加太子少保衔，以示嘉奖』。嗣奏：『拏获羽党林培，供系为林爽文通信，约堂兄林观赐为内应。臣即亲往将林观赐拏获，并林培一并正法。羽众抢割禾稻，俱剿退；抢回新榖数十石并获湿榖及地瓜干四百余石，当散作军粮。又于府城、盐水港运取番银，以资接济』。谕曰：『林培一犯经柴大纪察出，即行查拏正法，使余党无由逞其鬼蜮之技；所办甚好！着赏给元狐暖冠一顶，以示体恤。柴大纪激励兵民悉力守御，两次赴府城、盐水港调运番银，复经夺获贼匪所割之稻及湿榖、地瓜干四百余石，散给兵民作为口食；是该处粮饷、火药时有接济，虽至匮乏，尚可尽力支持』。嗣奏：『诸罗县城向惟堆土值竹，并无砖石。臣克复诸罗时，即分兵札营于县城四门外要害处；后敌势猖獗，遂环营开沟并筑短墙，各处安炮，营盘甚坚固。是以彼等数万迭次来犯，俱被官兵杀退。若一旦弃去，为彼所踞，克复甚难；且城厢内外居住百姓二万余、又加各庄避难入城者不下二万，实不忍将此数万生灵不顾。臣惟有竭力保守，以待援兵』。谕曰：『柴大纪所奏，朕披览之余，为之堕泪！柴大纪接到前旨，正值该处昼夜攻围，城中粮饷将尽，势在急迫；若即遵旨带兵出城，未为不可。乃以该处系台湾要隘，恐一旦弃去，难于收复；并以城内居民数万协力守御，不忍委之于人。是其保护合县民人，与朕轸念义民、多方爱护之意，适相吻合；所谓我君臣各尽其义也。被围日久，心志益坚；勉励兵民，忍饥固守。惟知以国事、民生为重，古之名将何以加之！着即封为一等义勇伯，世袭罔替；并着浙江巡抚琅玕赏伊家属银一万两，用示朕轸恤勋劳、锡爵酬庸之至意』。又谕曰：『柴大纪固守县城，不辞劳瘁。此时大兵云集，会合进剿，余党自可指日荡平。计至明年二月中旬朕巡幸天津时，可与福康安一同起程前来瞻觐』。嗣奏：『贼于近城地方搭寮屯聚，被官兵烧毁；惟彼屡窜屡聚，城中诸物俱尽，现食油糁。且值冬令，饥寒相迫，势殊危急』。谕曰：『柴大纪处情形，较前更加急迫。奏到之折系十月二十九日拜发，而福康安已于初六日进兵，由元长庄一路前往援应；料此数日内，柴大纪自能将县城保守无虞』。
十二月，诸罗围解，福康安劾大纪「人本诡诈，甚染绿营习气，不可倚信」。谕曰：『柴大纪驻守县城，督率兵民力为捍卫，卒能保护无虞；虽间有虚词谎报，此亦绿营积习情事所有。设果如福康安所云「为人诡谲取巧」，则当县城被围紧急时，朕曾经降旨谕令「力不能支，不妨带兵出城」，柴大纪何难委城而出，以为脱身之计！乃坚持定见、竭力固守，不忍数万生灵委之于人，是其尚知以国事为重；岂福康安目击情形，尚不心存悯恻，转事苛求，不能以朕之心为心乎？柴大纪目睹粮食垂尽，至以日食油糁为词，希冀援兵速到；若再实言少有粮米，则两路之救援更援，又安怪柴大纪之过甚其词耶！柴大纪系提督大员，且屡经恩旨褒嘉；或稍涉自满，在福康安前礼节或有不谨，致为福康安所憎，遂尔直揭其短乎？况柴大纪已加恩封以伯爵，福康安所奏并无确据，又岂可转没其功，遽加以无名之罪耶！柴大纪如果贪残剥削、实有取怨于民之处，则百姓焉肯为之出力死守？着传谕福康安：仍宜加委用，以励众志』。又谕曰：『德成自浙江差竣回京，召见时询及柴大纪平日居官声名如何？据奏：风闻柴大纪自复任台湾总兵后纵恣自大，居官贪黩；并将所辖守兵私令渡回内地贸易牟利，驻守之兵所存无几。爽文纠众肆扰，距府城止三十余里，柴大纪尚不思前往堵御；经永福催令出城，始与打仗。又因兵少败衄，以致猖獗，不可复制。果如所奏，是柴大纪贪纵不职、骫法牟利，于林等起事之初任意玩视，使得鸱张蔓延日久，竟由柴大纪酿激事变；其平日劣迹，已确有可据。而福康安前奏，祇含糊其词；柴大纪系守城有功之人，若祇凭含糊无据之词，岂能将伊治以无名之罪！福康安，着传旨严行申饬。至李侍尧调任闽省，于柴大纪平日废驰玩误之处，岂无属员禀报？今有心瞻顾徇隐，实辜恩昧良；并着福康安、李侍尧各行严查密访，据实参奏』。又谕李侍尧、琅玕：『前降旨赏柴大纪银两，暂停给发』。又谕曰：『本日提讯任承恩，据供柴大纪操守平常，声名狼籍；与昨日德成所奏大略相同，似无虚假。福康安、李侍尧务将德成指出各款及任承恩所供，一并据实查参』。又谕曰：『柴大纪如祇系小有侵渔、私图肥橐，此等劣迹，朕于他人尚不加深究；况柴大纪系守城有功之人！今废弛行伍，私令兵丁渡回内地贸易牟利，以致存营兵少；而于若辈起事之初，并不实时前往查办；转回至府城及彼距城三十里，尚不思带兵出城剿捕。此三事，是柴大纪最重之案。伊虽有守城之功，而其激变贻误之罪，断难轻贷』。又谕闽抚徐嗣曾、浙抚琅玕：『查明柴大纪各款，据实参奏』。又谕曰：『柴大纪种种劣迹，不妨从缓查办。若查办太急，或致畏罪自戕，岂不使造言生事之人妄生议论，以为屈害有功之人耶？福康安当熟筹妥办』。五十三年正月，谕曰：『柴大纪在县城被围日久，其奏到「接奉谕旨，不肯带兵出城」一折，披阅之下，朕为堕泪；即在朝诸臣凡有人心