从前守御郡城尚属出力，姑令带罪图功。现在大兵进剿，羽党窜入南山之路，最关紧要；即责成该镇专力堵截。若能将为首拏获，余党不使一名窜逸，不但宥其前罪，并当仍录其功。倘再不能实力奋勉、立功自赎，恐伊不能当此重罪也」。嗣调任湖广总督、仍留督师常青奏：『臣自抵台后，即派柴大纪与总兵普吉保夹攻斗六门，以通南北之路。前因柴大纪不能开通道路，曾经参奏；但自驻札诸罗后，贼尚知畏惧，其功过原不相掩』。谕曰：『柴大纪一到诸罗，不能将斗六门羽众搜除净尽、开通道路，实有应得之罪；但前此守御郡城尚能奋勉，且驻札诸罗后若辈颇知畏避，所称功过不相掩，自属定论。所有陆路提督一缺，着加恩暂令柴大纪署理』。寻奉旨：赏戴花翎。是月，授常青为将军。五月，常青奏：『近日余党侵扰诸罗县城，柴大纪督率官兵协力剿捕，生擒羽众蔡瑞等十一名，毙斩数百』。得旨嘉奖。嗣大纪奏：『臣自克复诸罗后，搜捕余党；有羽众张慎徽等假充义民伪降，立拏正法。又余党屡次滋扰大坪顶、牛稠山地方，并来攻各城门营盘；经官兵奋勇剿御，歼毙无算』。谕曰：『柴大纪驻守诸罗两月有余，若辈屡次滋扰，连得胜仗，斩获甚多；并能识破内应奸匪，擒拏正法：始终奋勉出力，朕心深为嘉奖！着交部议叙军功，加一级』。又谕曰：『前甘省剿捕逆回蒇事后，曾命将行军纪律择其紧要数条，颁发各营，操演讲习；着将柴大纪用法严明、得邀奖叙，补行载入』。嗣奏：『为首林爽文纠众屡来侵犯，臣临阵未能即获；现确探该犯潜居何处，竭力擒拏』。谕曰：『柴大纪果能将为首林爽文生擒解京，其功甚大，必邀不次之赏；但该总兵等若自审兵力尚单，不能率兵深入、捣穴擒渠，亦应持重，不可冒昧轻进。至林爽文屡次攻扰诸罗，似因柴大纪稍有威望，是以专力侵犯；使柴大纪不能抵御、为其所图，则此外诸人更可不以为意，得以肆行无忌。
柴大纪能悉力堵御，奋勇杀退，甚属可嘉』！嗣奏：『林潜聚柴头港、萆麻庄、竹林脚、龙山脚、枫树脚等处，臣督兵进剿，歼其甚众』。得旨嘉奖。六月，常青奏：『北路豆麻庄距府城三十余里，系运粮要路；林等滋扰，柴大纪督兵往剿，乃窜』。谕曰：『柴大纪自守诸罗以来，屡次将敌败退，实属奋勉可嘉！着即补授福建陆路提督。但柴大纪任台湾总兵已经数年，于该处情形较为熟悉；将来剿堵完竣，所有善后事宜正须该提督随同常青悉心筹办。柴大纪，着以陆路提督兼台湾总兵事务』。七月，常青奏：『诸罗四处为敌把截，惟盐水港一路可通。郡城羽党自豆麻庄窜后，复欲攻踞盐水港，以绝县城粮饷；柴大纪派兵固守，颇资捍御』。谕曰：『柴大纪自剿捕若辈以来，督率官兵、义民奋勇杀击，一切调度深合机宜；着授为参赞』。八月，李侍尧奏：『大纪在诸罗被林围攻，日夜拒守，以少击众，节经常青遣总兵魏大斌等往援，谅可奏功』。谕曰：『常青等所派接应之兵，此时自已打通道路，并力前进。柴大纪得此兵力援应，自更为得力。近日如何杀敌攻剿情形，着迅速驰奏』。寻奉旨：『常青年老，另授福康安为将军、海兰察为参赞大臣，赴台督剿；柴大纪仍照前参赞军务』。嗣李侍尧奏：『大纪最奋勇，且调度得宜；今既与魏大斌会合，必能协力进剿』。谕曰：『魏大斌应援之兵既已会合，柴大纪即不能进攻大里杙穴巢，自应令魏大斌分兵出城将从前经过道路－－如鹿仔草一带屯聚羽党先行剿散，廓清道路。岂添此魏大斌兵力，徒令帮守县城，而不思乘其新到锐气，相机进剿耶！着传谕：柴大纪急应设法筹划，倍加奋勉』。嗣常青奏：『羽众万余屡围诸罗县城，俱经柴大纪督兵击退，尚屯聚近城各庄；臣现派副将蔡攀龙等往援』。谕曰：『柴大纪素能激励将士，围守数月，未必竟至不支；而常青现派委蔡攀龙带兵前往援应，蔡攀龙亦奋勇可恃，看来或竟能破敌解围』。九月，调水师提督。奏：『臣陆续招集义民，除派往鹿仔草、盐水港守御外，尚有四千余名俱奋勇出力；羽党屡次攻城，官兵协同义民杀退，并毙伪将军叶省，生擒羽众罗蓝、张本等。魏大斌带兵来援，至刘厝庄地方被围，臣督兵引护进城』。谕曰：『诸罗被其攻扰，柴大纪在彼激励军民，设法堵御，并连次剿杀余党，实属出力。朕既嘉其绩，复轸其劳。但所奏皆八月以前之事，现在蔡攀龙已抵诸罗县城，柴大纪等作何筹办？尚未据续有奏到。柴大纪惟当倍加勉力，迅速成功，承受恩赏』。又谕曰：『如诸罗已无他虑，自应悉力固守，以待援应。万一实难守御，必须出城另图进取，务将城内义民及其家属妥为捍卫，先行送出，然后振旅出城，方为妥善』。十月，福康安奏：『臣此次由鹿仔港进剿，已知会柴大纪等并力夹攻；俟道里既通，再整兵进逼大里杙穴巢』。谕曰：『柴大纪在彼日久，于该处情形自为熟悉，福康安当与之悉心筹划』。福康安又奏：『诸罗久被围困，屡次救援，皆未得手；应令柴大纪仍前固守，内外应合，杀敌解围』。谕曰：『柴大纪素有谋略，固守诸罗已经数月。当若辈猖獗之时，尚能悉力堵御，夺勇杀击；况今彼势日衰，伊接奉前旨，断不肯委垂成之功而去』。十一月，奉上谕：『柴