旬，夺回小偏桥等处，复夺萧家山，又败之鹦鹉山，杀贼逾万，尽克省东贼垒百余座；毓英弟毓宝亦攻克团山、杨林等处。而西、北两面及江右馆等处踞贼犹死守，毓英遣副将杨玉科、总兵利瓦伊述等率劲旅直捣迤西，为釜底抽薪计；又檄腾越义兵刻期并进，侧击旁攻，首尾相应：贼始兼顾不遑，次第奔溃。于是副将张保和等克富民、昆阳、知府岑毓宝、总兵马忠等克呈贡、晋宁、澄江、易门、禄丰及丰明、安宁、邵旬、桃园、海口各城镇，杨玉科等克武定、禄劝、元谋、罗次、定远、大姚及白盐井，利瓦伊述等克广通、楚雄、南安并黑琅、元水各盐井；凡窜省之悍酋、剧匪二十余万，斩擒殆尽。八月，省围解。疏闻，谕曰：『岑毓英于各路援军未到之时，竟能激励将士力解省围，洵为不负委任』。先是，澄江回匪复叛，袭踞府城；毓英自请议处，降二级留任。九年二月，移军往剿，围其郛。七月，奏留道员岑毓宝督剿；毓英回省监临文闱乡试，典武闱乡试。云南自咸丰五年停科，至是始奏请举行，并补前数届举额。事竣，仍赴澄江督师，穿地道。十年二月，地雷发，克其城，杀贼万余，并克竹围、江那各贼巢；迤西诸军，亦克丽江、剑川、永北、鹤庆、宾川、姚州、镇南等城。寻疏言：『云南前事之误，在于东南未定、遽议西征，致屡次丧师失地。见通筹全局，必须扫荡东、南两迤，然后全军西上，无后顾之虞』。谕曰：『滇省东南一带未拔贼巢，均距省城甚近；自应先行剿除，以去肘腋之患。岑毓英亲赴迤南督剿，可谓勇于任事；即着激励各营分投扫荡、迅拔各巢，肃清东南一路』。未几，馆驿、婆兮、田心、日者乡各踞匪，皆次第殄灭。
十一年，东、南两迤悉平，西路各军亦先后攻克永昌、邓川、浪穹、赵州、云南、永平、蒙化各城及上、下两关，惟大理未下。毓英先遣总兵杨玉科等进兵迤西，迭克坚城；而贼恃腾越、顺宁互为援应，得久持。十一月，遵旨西征。抵大理，督将士先断贼援，直薄城下，掘隧道以地雷轰陷城垣数十丈，进夺东、南两门，贼犹死守西、北门及伪内城；官军昼夜以开花炮环攻之，守陴贼多死。逆旨杜文秀率死党万余出战，阵斩过半，退入内城；穷蹙，服毒自尽。逆党及其未死，舁杜文秀及伪帅印出城诈降。毓英烛其奸，立就军前正法；限逆党三日呈缴军械，尽徙出城。逆党期以半年，毓英阳许之；密饬杨玉科选死士二百人入城收军械，严布重兵于城外夹击之，斩伪将军、参军等三百余名，生擒伪大司衡杨荣、伪大经略蔡廷栋、伪大冢宰马仲山凌迟处死；大理肃清。十二年正月，捷疏入，谕曰：『杜逆倡乱以来，流毒十有八载，攻陷五十三城。岑毓英于兵单饷绌之时，激励众心、坚忍耐苦，先将东南各郡次第荡平，然后专事迤西。卒使全境肃清，渠魁授首；实属谋勇兼裕，功绩懋昭。岑毓英着赏穿黄马褂，并赏给骑都尉世职』。毓英暂驻大理，办理善后。二月，督军克顺宁及云州、腾越。四月，疏报全省肃清；上嘉其亲临前敌调度有方，赏加太子少保衔，改骑都尉世职为一等轻车都尉。七月，还驻省城。
先因侍郎徐桐敬陈安危大计，请将吏治、营伍、国用力图整顿，命直省督、抚筹议具奏；毓英上言：『整顿吏治，必先停捐；欲停捐，必先足用；欲足用，必先易勇为兵。按楚勇章程，各省如裁勇十万，每岁所省饷银，即足抵补京外捐项。各省多以勇营留防，则绿营未能整顿。可知应将见在勇丁挑选精壮充补绿营兵额，痛除积习，易弓箭为枪炮，勤加操练；请自滇始』。得旨：『所奏甚合机宜，深明大计，足见勇于任事；着即举行』。毓英又以兵燹之后，教养宜先：清查田亩，暂缓征收；筹书院膏火，添会试卷资。以滇民捐输千余万金，奏请如广文、武乡试永远中额暨各府、县学额；又以所部粤勇未领欠饷百余万，奏请加广本籍中额学额：皆敕部议行。十三年正月，诏兼署云贵总督；拜疏恳辞，上不允。吏部以全滇肃清，题请开复降二级留任处分。五月，饬总兵马忠缉获要逆马德新。德新为滇回掌教，屡降屡叛，皆其主谋。马荣之变，据督署谋僭号；乱定，窜匿新兴。至是，伏诛。光绪元年，毓英以乱久诸务废弛，力加整顿；举劾官吏贤否、兴办铜厂、清厘盐务、筹善后，庶政一新。
二年，丁继母忧，解任归里；即创建宗祠，设立义塾，捐修学宫。三年，赐剿平粤匪、捻匪「方略」各一部。四年六月，服阕；毓英以前居祖母忧，墨绖从军，不克尽礼，补穿孝服百日。五年二月，到京，召见三次。闰三月，诏加兵部尚书衔，补授贵州巡抚。六年，会剿湖南董倒寨苗匪、搜剿梵净山积年踞匪、扑灭桐梓县等处会匪，安辑流亡，还民碉田；设立各处苗学，并修建乌江铁锁桥以通行旅。
七年，调福建巡抚。督办台湾防务，两次渡台；开山、抚番、浚大甲溪、筑台北城，赡孤寡、恤寒畯，清查闲款为宾兴费。
八年五月，署云贵总督，办理云南边防事务。八月到滇，裁减徭厘、开办矿厂，续修「通志」。
九年，实授总督。时法兰西构衅越南，毓英奏请带勇出关，亲赴前敌；诏以毓英威望素着，饬即出关