。行甫五日，越南山西失守，毓英进驻兴化省。十年二月，诏节制关外，粤、楚各军统归调度；毓英疏辞，俾专责成。适广西一路北宁、太原防营相继溃，滇军与法人相持一月，粮尽势孤；毓英奏明情形，即全〔师〕退扎保胜，力拒红江上游，缮垒练兵以待朝命。寻奉谕曰：『越事万难补救，我军粮尽势孤，全师而退，固与退缩者有间；惟虽经奏明，并未奉旨，究有应得之咎。着交部议处』。寻坐降二级留任。七月，明奉谕旨与法决战，遂亲督大兵鼓行而前，复越之馆司、镇安、清波、夏和各县，驻军馆司关，规取河内诸省；遣丁槐、何秀林以偏师攻宣光省，用地雷轰破城垣，斩擒法、教各匪无数，传首滇中。法人抵死相拒，于霪雨泥淖中苦战三十六昼夜，肉搏相当，不少休息；朝廷念边戍劳苦，赏尚方珍物、药饵。十一年正月，京察，诏嘉毓英「果勇性成，不避艰险」，开复降二级留任处分。毓英以缅旺地方前接兴化、山西，后通十州、三猛，早经法踞，为患肘腋；遣总兵覃修纲率劲旅克之，连复清水、清山两县，斩法、教各匪千数百人。泰西枪炮精利，毓英饬诸军创为地营，开穵明■〈石曹〉，架以松、梨各木，洞开枪眼－－延袤十余里，曲折而入，声息灵通。法兵大股由谅山来援宣光，毓英饬覃修纲迎剿，以道员岑毓宝居中策应。敌至，枪发如雨，加以巨炮迄不能入地营；历二十余日，大败法人于临洮府，阵斩法酋七画以下数十人、白帽红衣花衣洋匪二千余人、教匪七八千人。乘胜攻破梅枝关、不拔县、广威、永祥二府，进捣山西、河内等省；越南之兴安、宁平、南定、兴化、太原各省义民闻风响应，共举义旗来迎滇军。三月，正饬将领渡河以规北圻，而法人遣越民投书，称和议已定；旋奉电寄谕旨：停战撤兵。毓英虑其未定条约之前挟诈背盟，密饬各路将士加意戒备，严密扼守。五月，诏嘉毓英「调度有方，懋着劳勚」，加一云骑尉世职，并交部从优议叙。复奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后懿旨，颁发内帑银五千两分赏将士；命内阁学士周德润赴滇会办勘界事宜。七月，赐「穆宗毅皇帝圣训」全部。
十二年九月，法使狄隆至边。时毓英感受瘴疾，扶病偕周德润出关勘界，严兵以备不虞；法使不敢要挟，按图画界。十一月，诏回省调养，兼署巡抚事。先后饬地方文武剿东川府属土匪张学义、腾越厅所属蛮匪小胖、广南土富州匪徒主朝义等，灭之。十三年八月，派兵剿顺宁府属猓黑夷匪张登发；至十一月，擒之。初，张逆之祖张辅国于嘉庆初年纠煽猓夷，侵扰南甸、耿马、猛猛三土司之地；官军三次勘定，擒张辅国而遗孽犹存。其子秉权、孙登发相继构乱又数十年，抗不就抚。至是，始平。其地千有余里，内接孟艮、外通缅甸；奏请改土设流以为镇边厅，从之。其时，武定州属古黑夷匪鲁占高劫犯殴官；派兵擒至省，诛之。又他郎厅木戛寨土匪陈定邦乘越南之乱，占踞越之猛莱属地，继复归扰元江；遣兵灭之。先是，巡抚唐炯失守越南山西，严旨逮问；毓英疏请宽宥，上责其冒昧，交部严议。寻议革职留任，加恩改降二级留任。至是，剿平猓黑夷匪，得旨开复。
十四年，京察，诏嘉毓英「尽心民事、绥辑岩疆，殚竭荩忱，不辞劳瘁」；交部议叙。二月，因病疏恳给假一年，开缺养痾；得旨「赏假四个月，毋庸开缺」。五月，毓英六十生辰，御书「绥圻锡祜」扁额、「福寿」字、珍绮等件赐之。八月，力疾出省，查阅迤西营伍。行至楚雄，陈奏病状；谕曰：『该督于校阅事宜，力疾办理；务当随时加意调摄，以慰廑系』。十月，巡阅事毕，复奏请赏假两月。十五年正月，恭逢慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后归政大典，奉懿旨晋太子太保衔。四月，法兰西领事弥乐石由保胜至蒙自，请照约开关通商，并遗方物；毓英申明约章，却其馈。弥乐石向关道索给游历各厂护照；毓英以矿务为滇人性命，不可听他族窥利源、夺生计，致开边衅，密电达总理各国事务衙门累数百言以阻之。
五月，卒。遗疏入，谕曰：『云贵总督岑毓英，秉性公忠，才识沈毅。由诸生，从事戎行。咸丰、同治年间，云南回匪倡乱，兵事孔殷；仰荷先朝特达之知，迭加拔擢，代理云南藩司，旋即简授巡抚。当兵单饷绌之时，激励众心，出奇制胜，克复省城、肃清大理等府；扫穴擒渠，全滇底定，厥功甚伟。迭经赏给骑都尉，并改为一等轻车都尉世职。朕御极后，擢任云贵总督；整顿地方、操练营伍，均能实心任事。光绪九年，统兵出关，卓著劳勚；复加赏一云骑尉世职。该督久驻边陲，染瘴成疾；上年查阅营伍，途次触发旧疾，迭次赏假调理。本年四月，力疾销假。方冀医治就痊，长资倚畀；遽闻溘逝，轸惜殊深！岑毓英着加恩晋赠太子太傅，入祀贤良祠，并于云南省建立专祠；生平政绩事实，宣付国史馆立传。赏银一千两治丧，由云南藩库给发。照总督例赐恤，任内一切处分悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，沿途地方官妥为照料。伊子山西即用道岑春荣，遇有道员缺出，请旨简放；候选同知岑春煦，着以知府选用应升之缺升用；前工部郎中岑春煊，着以五品京堂候补；监生岑春蓂，着俟服阕后，由吏