帝视太学，改侍郎黄观为礼部侍郎，左都御史景清、副都御史练子宁为御史大夫，监察御史戴德彝为左拾遗，都督府经历胡闰为右补阙。时北平按察佥事汤宗希合帝意，言按察使陈瑛受燕府金钱，有异谋，词连右布政使曹昱、副使张琏，俱逮诏狱。瑛安置广西，昱为民，琏铜陵典史。帝用齐、黄之策敕都督宋忠帅边兵三万及燕府护卫健卒戍开平，都督徐凯戍临清，都尉兼都督佥事耿璇戍山海关。又召燕府铁骑指挥关童等还京师，调北平、永清两卫官军戍彰德、顺德。
夏四月，荆州告变，谓湘王柏私造宝钞，残虐杀人，乃遣使让王。王曰：“吾为高皇帝子，南面而王。先帝疾不及视，葬不及会，抱兹沉痛，何乐于生？又将辱于奴隶乎？”因恸哭，具服赴火而死，葬江陵，赐谥曰“戾”。未几，青州等府告变，锢齐王楩于京师，幽代王桂于大同，置岷王楩于漳州，并废为庶人。京师地震，日赤无光。监察御史尹昌隆上言：“阴盛阳微，奸臣专擅之致！”执政者恶之，贬昌隆为福宁知县。当是时，文皇于诸王中最长，兵力最强，朝廷深疑，而长史葛诚又时时告密。文皇知之，因托疾不出久之，称疾笃。张昺、谢贵入问，文皇盛夏犹重裘拥火。昺、贵出，叹息。教授俞逢臣附耳曰：“王无恙，不得帝心，故耳已。”而三都督谋燕益急。
五月，太祖小祥。时燕世子及弟高煦、高燧以会葬尚留京师。文皇疾奏，乞三子归视。齐泰因之欲请并收，黄子澄曰：“不可！事觉，彼先为备，不若且还，令勿疑也。”乃悉遣归。
六月，赠待制王祎为翰林学士，谥“文节”。以秦府长史茅大芳为御史大夫，右补阙胡闰为大理卿，仁寿县主簿楼琏为翰林侍读，汉阳知县王叔英为翰林修撰。翌日，又召解缙为翰林侍诏，赵谅为留守左卫指挥佥事。诏逮燕府官属，而昺、贵与都指挥使张信受密旨擒王，以长史诚及指挥卢振为内应。信受命，日以为忧。其母疑而问之，信以实对。母曰：“不可！吾闻而父尝云王气在燕，果尔非汝所能擒也！”信闻之益忧，不知所从。未几，复有敕趣之，信艴然曰：“何太甚乎！”乃潜入府，告其故。昺司吏李友直又窃昺密疏以献，文皇乃召姚广孝等共谋防御。时昺、贵已帅北平在城七卫军士布列城中，以栅断燕府四门。文皇曰：“我病不出，虽塞可也。”已而军士乘城，擐甲执兵，飞矢入王城，四面鼓噪，文皇始惧，计亦莫知所出。
秋七月壬申，会遣逮官校中使至文皇，尽缚官校置庭中。召昺、贵付所逮者，昺、贵不来。复使逮官校中使以所就逮名往，乃至。卫士甚众，及门，门者嗬止之，惟昺、贵入。文皇曳杖赐宴。酒数行，谓昺、贵曰：“吾奉藩于兹，未尝干扰官民。尔等何为离间？”遂掷杖起，出其伏甲，擒昺、贵，询之，乃知皆齐泰、黄子澄所为也。文皇即日上书，自陈不报乃遵祖训帅兵靖难。以指挥张玉、朱能、邱福俱为都指挥佥事。兵将出，右布政使郭资、按察使墨麟、都指挥使李浚、陈恭，宛平知县贺寅皆从之。即命资等视事如故。时都指挥俞昺闻靖难兵起，守居庸，马宣守蓟州，宋忠守怀来，宣与镇抚会浚以蓟州兵攻北平不克，俱死之，蓟州遂降。甲戌，靖难兵破居庸，复破怀来，都指挥彭聚、孙泰战死，宋忠、俞贞俱被执。自是遵化、密云、开平、龙门守将皆归附。忠、贞既败死，宣府震惊。谷王橞奔京师。丙戌，永平指挥陈旭、赵彝、郭亮以城降。戊子，文皇复上书不报。庚寅，大宁总兵刘贞、都督陈亨、都指挥卜万引大宁兵十万出松亭关，次沙河，进攻遵化。壬辰，靖难兵拔遵化，贞等退保松亭关。亨阴附燕，忌万不敢发。文皇知之，贻万书，盛誉万，极诋毁亨。密付所获大宁卒，俾归致，且厚赉之。同获卒窃闻，因守者，请得偕行，惟命亦毋庸赏。诸得遣不赏者恚，至即发其事。贞、亨得卒书，遂执万下狱。是时，帝锐文治，日与方孝孺辈讨论周官法度，以为北兵不足忧。黄子澄谓：“北兵素强，且兼有营、蓟之旅，不早图恐河北遂失。”乃命长兴侯耿炳文为征北大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都督盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐开、李文、陈晖，平安各将偏师步骑，号百万，数道并进，期捣北平。檄河南、山东、山西三省合给军饷。改建北平布政使司于真定，以刑部尚书暴昭出掌司事，征云南兵入京备征。
八月己酉，炳文兵三十万次真定，都督徐凯兵十万次河间。时潘忠守郑州，杨松守雄县，相为声援。壬子，靖难兵至涿州，乃秣马蓐食，日晡渡白沟河，夜半抵雄县，围其城，众始觉，乃登城大骂。燕军愤恨，黎明破其城，尽杀守陴士卒。松与所部九千人俱战而死。文皇闻诸将恣杀乃谕之曰：“我之举义，所以安社稷，保生民，岂以多杀为尚？！尔等乖我所为，是非求生，而欲速死也！”诸将惧，皆免冠谢，文皇怒始释。是日，文皇曰：“潘忠不虞城破，必引众来援。”先令谭渊帅兵千余，过月样桥，潜伏水中，以茭草一束蒙其首，路旁伏勇士数人。望忠至，即举炮。水中伏起据桥，忠果趋桥不得。渊帅众腹背夹击，忠败被执，遂至郑州，尽夺战马辎重。辛酉，靖难兵次无极。壬戌，次真定