引罪，遂奉帝返端溪，遣靖江伯严云从护两宫达桂林。又封太后弟马吉翔为文安侯，皇后兄王维恭为华亭侯。北奄王坤者，自南入闽，至粤，仍秉笔司礼。内批户部郎中周鼎瀚为给事中，式耜言与祖制不合。又吕大器病免，以粤督王化澄贰枢，内批升大司马。瞿式耜言，化澄诚贤者，斜封墨敕，不可为训，皆弗听。晋永茂大学士，知经筵，以守制辞，茂荐陕西布衣刘湘客为御史，不用，茂即日解舟去。式耜又疏论大臣荐贤，新朝盛事，司礼辄去取其间，无以服御史，何以安大臣？吏科刘鼒劾坤；帝怒，逐鼒。御史童琳，参总宪周光夏越序题差，紊乱台规，命廷杖，式耜皆力救获免。以翰林简讨方以智为中允，改御史刘湘客为编修，充经筵讲官。
十二月，清总兵李成栋突入广州，令杜永和擒绍武，并周王、益王、辽王，皆杀之；苏观生缢死，何吾驺、顾元镜投顺。栋发兵往南韶，而自下肇庆。二十五日，早朝，闻报，式耜请督兵防峡口，帝肩舆出城，驾小艇上西峡。
丁亥正月朔，再达梧州，于梧守陆世廉取五十金为雇夫费，北进府江。魁楚走岑溪，化澄走浔州，永茂、晏日曙、太仆田芳，俱潜遁博白县。护驾惟司农吴炳、翰林方以智、文选郎吴贞毓、给事中唐针、御史程源、中书吴其靁、洪士彭及金吾马吉翔等。栋定肇后，令副将张月克取高、雷、廉三郡，遂入梧州，巡抚曹烨降。又令副将阎可义攻琼州。
二月，帝至桂林，吴炳、方以智并相。式耜自肇至，肃殿陛，敕守御，定都于桂。以王锡襄、文安之入阁，周堪赓、郭都贤、刘远生为六卿，金堡、丁时魁为给事中，赵继鼎为御史，何腾蛟为督师，大学士堵胤锡、傅上瑞俱为巡抚都御史。魁楚在岑溪，屯兵千余，水陆设伏，大战藤江，兵败；被成栋射死。温江、平乐相继归款。时，楚省武岗州及长、衡、永、宝四郡，尚为我守。王坤又劝帝趋楚。式耜言，半年之内，三四播迁，兵心民心，孤疑局蹐，楚不可遽往，粤不宜轻弃；不听。因请身留桂，乃命式耜居守桂林，各路悉听节制。以智忽弃妻子入山去。吴炳、王化澄典阁务，并马吉翔等随行。
四月，上武岗州，以巡道严起恒为大学士。江北、河南土寨曹志建、王朝俊、郝永忠等来归，封志建永国公，余俱锡五等爵。晋何腾蛟世袭侯，守衡州。堵锡胤为总督，守长沙，声势稍振。当平乐之不守也，北兵直薄桂林，城中震恐。适新兴伯焦琏自全州归，控弦提兵接战，稍却之。式耜又疏请安国公刘承胤兵，承胤发数千人来援，用西洋炮奋击，北兵退去，桂林获全。琏久将桂，得桂人心，式耜以国士遇之，故得琏死力，以保桂功封式耜临桂伯，辞不受。再疏请返跸全阳，不报。
八月，孔有德破长沙，衡州总兵黄朝选、杨国栋被执。二十四日，武岗兵败，帝踉跄出奔，两宫无不徒步。吴柄至庆远府，觅二小艇，载帝及宫眷。
十一月，至象州，欲往南宁，又为乱兵所阻，乃次柳州，督师何腾蛟、阁臣严起恒及刘湘客咸至。桂南侯郝永忠、宜章伯卢鼎亦来自楚。式耜复疏言：『柳州猺獞杂处、不可久驻』。时腾蛟与永忠、琏、鼎等分防驻汛，马吉翔力挽帝舟，乃分阁臣化澄、吏部左侍郎吴贞毓，间道护两宫往南宁，帝乃溯舟西上。
十二月，始达桂林。瞿与严同相，君民上下，鞬户避兵。
戊子二月，有允成、伯霍、允中者，抢入大内，劫帝于寝被中，置之城外，将在城职官，吊拷，饱乃扬去。锦衣吉翔，备布袍竹轿而行。
三月，至南宁，相随者惟起恒、吉翔及司马萧琦等七人耳。式耜奔樟木港，刑部侍郎刘远生、给练丁时魁、万六吉及湘客俱至。草檄分路四发，促焦琏兵入援，式耜于四月朔复入桂，督师腾蛟自永宁至，滇镇胡一清及焦琏自平乐至，督兵三面御之，北兵渡甘棠去。腾蛟列营榕江，式耜督勋镇取全州，令巡抚鲁可藻下梧州。帝在南宁，太子生，册为皇太子，肆赦，诏名曰「万喜」。
六月，李成栋反正，以全广归朝廷，遣洪天擢、潘曾纬、李绮三人赍奏，请驾跸端州。初，栋于丁亥收缴粤东文武官印信五十余颗，取制台印藏之。有爱妾揣知其意，朝夕从臾，栋曰：『怜此云间眷属也。妾曰：『我敢独享富贵乎？请先死尊前，以成君子之志』。遂自刎，栋抱尸哭。明日，即衣冠将制台印，具疏迎驾。又金声垣据南昌，藏表疏于佛经部面中，遣朱谋■〈例上土下〉赍奏亦至。两粤皆入版图，式耜再请返桂。又令简讨蔡之俊、给事中蒙正发迎奉，竟由梧入端溪。于是化澄再相，朱天麟从太平要大拜，晏请自田州出为冢宰，吴贞毓以少宰兼副宪。先遣下广，答谕成栋。张凤翼以兵科兼翰林，张佐辰自贵州来掌选，庞天寿管司礼，顾之俊亦随驾。曾经出仕，佥曰迎銮。游手白丁，诡称原职。六曹九列，济济跄跄。
八月朔，帝至肇庆，栋百里外迎接。宫中储银万两，以备赏赉，衣饰器皿，亦值万金。政无大小，必禀命而行，封栋为惠国公。栋将上南雄下赣州，面奏曰：『南雄以下事，诸臣任之；廋关以外事，臣独肩之』。因留