养子元胤留守端州。袁彭年者，自号清流，业降栋为学道，归朝，擢左都御史，搅权植党。元胤本姓贾，中州人。彭年隆重其体，以内外权属之，自名返正功臣。于是既降复归者，曹烨为兵部尚书，耿献忠为工部尚书，洪天擢为吏部侍郎，毛毓祥为通政使，潘曾纬为大理卿，李绮为学道。而自粤西来者，王、严、朱三相公，冢宰晏清、少宰吴贞毓、六科吴其靁、洪士彭、尹三聘、许兆进、张孝起为一派。从各路来者，宗伯吴文瀛、命宪刘湘客、吏科丁时魁、户科蒙正发、礼科李用楫、兵科金堡、文选郎施召征、光禄卿陆世廉、太仆马光、仪曹徐世仪等为一派。其广东省太仆卿杨邦翰、翰林陈士杰、验封吴以运、职方唐元楫、给事中李贞、御史高赉明等又为一派。望风景骛，元胤之门若市。
十月，元胤受栋密计，斩清督佟养甲于德庆。粤东全省，非奉栋咨，大小有司官，不得擅除授；桂林、平乐，则瞿相国为政；庆远、柳州，则焦新兴为政；浔南、思太，则陈庆国为政；吏部袖手杜门而已。台省希栋意，共击陈邦傅。邦傅浙籍，初镇粤西，隆武挂征蛮将军印，永历封思恩侯，晋爵庆国公，曾有降启到广，为栋所鄙。至是攻之者，兵科金堡最劲，邦傅辨疏，请堡为监军，观臣十万铁骑。阁臣天麟票旨依允，有『金堡从来，朕亦未悉』语。吏科丁时魁曰：『堡论邦傅，即今监纪。又论郝永忠，若请其首，亦与之耶』？于是，率六科缴印于入阁，入丹墀，挂冠而出。帝正召马光，追论五年前永州被难逃入全州事，闻外哄，大惊，赐谕元胤，前旨收回。天麟放归田里，令诸臣照旧供职。袁彭年上疏曰：『（无）臣客岁以三千铁骑西来，今日君臣安在』？帝持其章泣愬，举朝大骇。
己丑正月，北兵破湘潭。督师腾蛟被执，不屈，死之。
二月，破信丰，栋殁于阵。声桓据南昌，昼夜攻围，王得仁被杀，声桓投水死。一时警报垒至，奔逃相继，于是，以栋中军杜永和封江宁侯，行两广部院事。命武陟伯阎可义镇南韶，以梅关守将杨杰为南雄总兵，新泰伯郝尚久防潮阳，奉化伯黄应杰守惠州，宣平伯董方策驻罗定，安乐伯杨大甫备苍梧。甫纵兵剽掠，命元胤斩之；以安定侯马宝代之。可义病卒，令宝丰伯罗成耀提督南韶。
四月，贼张献忠养子孙可望遣龚鼎献南金二千两、马四匹，求封亲王名号。西粤南宁，与滇中广南错趾，可望来檄，有不允即提兵出战等语。邦傅恐甚，令胡执恭矫诏封监国秦王。金堡驳之，谓秦王非异姓之封，监国乃即真之渐，遂定封为荆郡王，可望不受后封。督师堵胤锡败于楚，乃浮苍梧，下崧台，风鹤震惊，人无固志。起恒独相，尚纷饰太平。赠腾蛟中湘王，成栋宁夏王，帝设坛挂帛亲祭。除夕，耿尚兵抵南雄，杨杰自刎。惠州黄应杰降。罗成耀闻报，弃韶遁。
庚寅正月，帝戒舟北上；金堡争之，不得。式耜请留疏亦至，而帝移德庆，抵梧州矣。以舟为家，起恒亲书水殿二字于帝所御之船。元胤不敢西，停舟肇庆。袁彭年赴广投诚，捧犒师银，哭陈前年叛清非本心，耿尚麾出之。
二月，下大常卿吏科都给事中丁时魁、兵科左给事中蒙正发、工科左给事中金堡、詹事府詹事礼部右侍郎刘湘客于锦衣狱。先是，户部尚书吴贞毓、礼部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎万翱、给事中李用楫、张孝起、朱士焜、李日炜、御史朱统铜、王命来、陈光胤、彭佺等合疏，论左都御史袁彭年及时魁、堡等结党招权罪。令锦衣张鸣凤、王应科勘问拷讯。廷杖时，堡惟呼皇天后土、二祖列宗，臣未常负国而已。时魁谓朝廷兴此大狱，亦当稍留元气。无论时魁是三百年留下的臣子耶，是三百年留下一个有发的百姓，如此处分亦足矣。瞿相国七疏争之，不得。贻书司礼夏国祥云：『上乃有此过举，殊非老臣为祖宗拥戴之初意』。于是程源、朱谋■〈例上土下〉讙然；谓式耜欲谋废立矣。华亭侯王维恭泣奏中宫，杀谏臣是亡国事，奈何效之，乃得末减戍遣。堡自叙云：『人臣不幸当板荡之时，报国有心，致君无术』。一朝处侍从四人，而屠沽儿为问官，破为诏狱，旋砍生柴为刑具；而为罪臣者，方且称天呼祖而承之，不亦轻朝廷辱当世士哉！
十一月，耿尚兵屠羊城，杀李元胤，全广皆没。孔有德薄全州，直入严关，卫国公胡一青、开国赵印选，以分饷入桂。榕江空壁，武陵侯杨国栋、宁武马养麟，从仄径驰堵；未及战，奔溃，一青、印选潜遁，瞿相国冠带危坐署中，总督张同敞自灵川回。谓曰：『事迫矣，公将若何』？瞿公曰：『封疆之臣，知有封疆。封疆既失，身将安住』？敞曰：『公言是也，君恩师义，敞当共之』。呼酒笑饮，家人请出城再图恢复；公不应，挥之去。明日被执，偕同敞死之，有致命诗。金给谏堡业披缁，上书耿尚请改葬式耜、同敞。吴江义士杨义，为具衣冠棺殓，同瘗于桂林北门之园；时庚寅冬季也。帝遂至滕县，上南宁，入士州，相随者四人：严、王二相国、马吉翔、庞天寿而已。余皆散去。
壬辰，忠贞营李赤心、高必正、党守素等来归，俱赐五等爵。赤心等，皆闯贼