命票拟，皆出其手。时承隆武之余，诏旨繁芜亵，旦此夕彼，莫知适从。起恒详慎简要，中外乃壹所奉。陈邦傅骄怯无状，思北降，累欲犯车驾，为降地，惟惮起恒不敢发。起恒密谕其腹心茅守宪、胡执恭渐移其意。会东粤反正，迎上东出；瞿式耜迎驾西北出楚。起恒请从式耜，王化澄、朱天麟贪东省之饶，因马吉翔达慈圣，决意东下。起恒争不胜，既从驾，至肇庆。江楚势稍振，四方观望歆动，求仕者满辇下，争持督抚札委空衔求敕印，或冀内补。起恒雅意澄别，不惬所愿。乃群走缇帅马吉翔，缘内竖夏国祥，往往得旨下部，起恒力持不可，则中旨下，化澄、天麟改票以行。南昌庶宗朱谋{例土}以援江为名，躐佥都。吕尔者，吉翔书记也，起家拜御史。袁彭年、金堡交劾之。时四方勋镇请封爵晋秩者，辇金帛香药赂行在阁部大僚，起恒峻拒，纤芥不纳。差使为之语曰：“严公目，不开毡袱；王、朱手缩，急收毡袱。”天麟忌其异己，绐彭年、堡，谓谋{例土}、尔事皆出起恒。彭年疏并攻起恒。起恒谢病，求去。会上召天麟面诘之，天麟诈尽露。上乃敦趋起恒入直。天麟惭恚，以病免。化澄亦沮丧，移疾不出。中外方一意倚起恒，居中制江、楚。而何吴驺、黄士俊复讠术李成栋，荐请召用吾驺，以崇祯旧辅居首揆。毛毓祥、李用楫更相推戴。起恒亦中掣，不能尽行其志。
永历三年春，楚师败于湘潭，何腾蛟被害。楚兵四十余万，失主汹乱，蹂衡、永、宝、郴间，即次南奔。永州举人刘惟赞徒步诣行在，疏言：“今日所恃为一线之计者，惟楚而已。东援江西，保黔、蜀，则建炎、皂口之败，不害为南宋之中兴。往者，孤倚一腾蛟，其势已危。今腾蛟且已矣。马进忠等，北兵也，胡一青、曹志建等，南兵也；高必正等，新附之兵也，情势必不相得而疑。而诸帅之所共为尊信者，自辅臣起恒而外，四顾更无其人。且近日之所在瓦解者，以民困兵毒，迎敌为向导，故敌猝至而不知。大湖南北，黄童白叟，所信为必能辑兵而安己者，自辅臣起恒而外，抑无其人。民之向背，兵之合离，国之存亡，惟在起恒之一出而已。首辅式耜，清节重望，入直纶扉，固其雅量所宜。则陛下可勿以起恒出而股肱无人为忧矣。如以臣言出草茅，不足与闻国计，陛下诚遣一使，遍察江、楚、黔、粤将帅兵民，有一不谓臣言为允者，臣请尸两观之诛。若因循不果，势必一营一督，简任非人，连鸡骇散，民怨兵疑，更无可为之势矣。”疏入，下廷议。楚诸将先见腾蛟陷，皆惊退。及闻起恒出督，咸踊跃更起，胡一青复下衡州，马进忠、王进才固守宝庆，曹志建搜军治刍粮，将自郴州入南赣。居月余，马吉翔畏何吾驺之逼，思留起恒以制吾驺，嗾部复敦留之。起恒不果出，诸将意阻，湖南复陷。已而诸军无统，万年策、于元晔、毛寿登、吴李芳各以镇将意猎部院监督其军，皆庸疲巽懦，为军中所狎。兵益暴，民益怨，以趋于尽，卒如惟赞言。
起恒既终留相，吾驺以降叛之余，为廷臣所轻，未几，亦谢病去。士俊守阁衔，无所见短长。起恒稍得行意，请上亲政莅讲，节国用，清封赏，以戎<；矛务>；任刘选生，以廷议任金堡，整励楚将，接应江西余旅，慎恩纪，立威信。凡七八月间，内外仗以粗安。愿以裁抑侥幸，为程源、郭之奇、万翱、鲁可藻所尤忌，中阉夏国祥亦深兼之。会孙可望遣杨畏知献书，求内附，邀王爵，金堡抗疏言其不可，起恒居中力持之。可望心折。
永历四年春，清兵犯南韶。慈圣太后遽欲挟上弃肇庆西避，起恒坚请车驾勿动。上召赴内廷，面谕允留。起恒叩头起，诣阁草敕，征调援兵，方吮毫间，两宫已登舟，上就辇矣。起恒懑愤，泣责内臣庞天寿。天寿曰：“外廷固有主张上速行者，非但我辈也。”起恒疑，不知所谓。已行至德庆州，王化澄遽得旨入直。一两日间，源、翱、之奇结吴贞毓、张孝起、朱士鲲讦奏金堡、丁时魁、刘湘客等把持国政，裁抑恩赏，以致江、楚偾败，圣驾蒙尘。化澄入，调旨遣缇骑逮堡等四人，下锦衣狱掠治，滨死。乃知天寿所云者，群不逞结马吉翔介夏国祥，以敌警胁上西出倚陈邦傅，以谋国不令为罪杀堡等也。起恒匍伏舟次，泣奏：“谏臣非今所宜谴，严刑非今所宜用，请贷堡等。”上不听。化澄等思构起恒益急，顾上意犹向倚之。高必正、焦琏诣行在，力白起恒公忠状，势固未有以摇也。化澄迫，乃请敕召朱天麟，而密订天麟，因胡执恭结孙可望为外援，胁上，为杀起恒地。执恭欲封可望真王亦迫，乃遣子钦华载金粟遍赂台省，与相约结。谋既定，给事中雷德复遂露章劾起恒二十四罪。在廷中钦华饵，无不欲逐起恒而封可望。化澄调旨，用宋雷德骧“鼎铛有耳”语嘲激之。起恒称病，请去。行人董云骧、王夫之交疏言：“大臣进退有礼，请权允辅臣之去，勿使再中奸毒，重辱国而灰天下之心。”疏入，云骧不候报闻，挂冠，入南海去。翱、可藻请逮治夫之，高必正力争不可，乃已。起恒谢病，疏七上，不得报，解舟去平乐。顾上意注起恒而薄化澄，遣高必正、党守素、李元胤赍敕留之，追挽其舟，不得发。起恒返。诸镇奏报使臣，大书揭梧州城