郑成功传）。是岁芝龙请迎其妻子于本邦，本邦许而遣之（华夷变态、南塾乘、长崎夜话草。「是岁」，据郑成功传。成功传曰：「数请而不能得，乃遣人赍金币往，图画芝龙为大将秉钺横绝海表军容烜赫之状，倭颇惮，受赂而归之」；我文书所不载，且其事类儿戏，岂有之哉？盖传闻之讹也，今不取矣）；而妻及七左卫门犹留本邦（华夷变态。七左卫门，据其诉状。南塾乘曰：「及芝龙贵，妻封国夫人）。成功时年七岁（郑成功传。按华夷变态曰：「时年十七」；而以成功卒年推之，与此条七岁之文，年纪相合，则变态之说误矣），七左卫门纔二岁（据七左卫门诉状「正保乙酉前年年十六」文推而书之）。后芝龙及成功贻书数招母子；母子自平户诣长崎，然以七左卫门幼，辞而不赴。正保元年甲申，七左卫门年十六。以年渐长，成功强而迎之；芝龙妻谓七左卫门曰：「良人及汝兄数欲相迎，然我怜汝幼，辞之数矣。今汝稍长而不往，恐使汝失父兄之欢。今止汝于此，我将从其请诣彼地，请良人托每岁来舶赠银以为资给。纵令我身不全，无足顾」。遂请航于幕府，幕府许之。翌年赴明；每岁赠银于七左卫门。及后芝龙妻死节，七左卫门诣江户，请赴明戮力成功，灭清以报雠；幕府令七左卫门贻书成功达其意。七左卫门数托书于长崎成功船；而成功船人贪纵，颇私财货，恐七左卫门赴明，或发其事，故不达书。适会严有公薨，国哀多事，所志不达，还长崎而殁。子名道顺，复姓郑。七左卫门之请灭清报雠也，道顺亦欲共父赴明，而事不成。及父殁，正德中来江户，住吴服街，以医为业，不仕而终（参取七左卫门诉状、郑道顺诉状）。
八年辛未（明崇祯四年），正月，明主召廷臣及各省监司议海寇备御；福建布政使吴旸、广东布政使陆问礼等所议，皆无奇策。二月，擢文灿兵部右侍郎兼右佥都御史，总督两广军务兼巡抚广东。时锺斌余党入长汀，转掠江西属邑；文灿檄芝龙，芝龙击破之（明史纪事本末）。
九年壬申（明崇祯五年），十一月，刘香犯福建小埕；芝龙时为游击，击走之（明史纪事本末）。
十年癸酉（明崇祯六年），路振飞巡按福建，香数勾红夷入犯。振飞悬千金，励将士，遣芝龙大破之（明史。明史纪事本末云：「香侵长乐」）。
十一年甲戌（明崇祯七年），四月，香复犯海丰（明纪编年、明史纪事本末），闽、粤、江、浙靡有宁日（武经开宗）。明主责文灿。文灿不能讨，乃议招抚（明史）；令洪云蒸、康承祖等入贼舟宣谕，俱被执（明史、明纪编年）。
十二年乙亥（明崇祯八年），四月，文灿欲以芝龙为援击香，维琏等以香与芝龙有旧，疑不遣，曾樱以百口保之（明史）。芝龙遂奉命，合粤兵击香（明史纪事本末）。芝龙计寇，造巨舰于五羊城南。香侦知战舰未成，大驱数百艘直突河下。芝龙即令沿河设兵，与芝虎领战舰数十以迎。交战之际，烧己舰以烧寇舰，令兵各以腰牌为号，火发齐投水中。寇亦投水。四围小舟见牌号救之，无者斩杀，香逃去（武经开宗）。芝龙追迫于田尾远洋（明史、明史纪事本末）。香胁云蒸出于舟中，令止兵；云蒸大呼曰：「我矢死报国，急击勿失」！遂遭害（明史、明史纪事本末、武经开宗、绥寇未刻编）。芝龙挥泪激励三军，追兵大进（武经开宗）。香势蹙，自焚溺死；承祖等脱归（明史、明史纪事本末、绥寇未刻编。谈往曰：「香恨芝龙数困己，窥其在漳镇，欲遣心膂徒歼芝龙室；芝龙迎而佯欢，饮以酒杀之；开舡而诣香居，为再共事者而斩杀」。与诸说异）。是役也，芝虎窃隐于帆末，风转及香船，大呼飞下，击杀几尽。芝虎勇悍，声如乳虎，每战深入，终战殁矣（郑成功传）。浙西大盗屠阿丑与香合谋，至是擒斩（菊泉集）。香余党千余人诣浙江归款，海盗悉平（明史），通贩益便（谈往）。台湾商舶岁诣本邦，至成功时以为常（华夷变态）。
十四年丁丑（明崇祯十年），明主信谗，疑曾樱行贿谋擢官，命械送京师诘问。事关芝龙，芝龙具疏请罪。至士民击登闻鼓讼樱冤，命削芝龙官，犹令樱巡视海道。时贼残十余州县，樱乃调芝龙剿贼；贼多降，一方遂宁（明史）。
十五年戊寅（明崇桢十一年），成功补弟子员，试高等，时年十五。成功生而风仪整秀，俶傥有大志。每东向而望其母。常为芝豹所窘，鸿逵独伟之。读书顈敏，不治章句。王观光一见，谓芝龙曰：「是儿英物，非尔所及」！金陵有术士，祖之惊曰：「此奇男子，骨相非凡，俞世雄才，非科甲者」（郑成功传。明季文字曰：「观光仕隆武，为户部侍郎」。台湾县志载，有僧识成功前因曰：「此东海大鲸也，成功兵到处，海水皆暴涨」；其说荒诞，故不采焉）。
十七年庚辰（明崇祯十三年），八月，先是，芝龙任福建参将；至是累迁三省总戎大将军大都督事南澳总兵，世袭锦千（参取明史纪事本末、武经开宗）。既灭香，澄清海氛，且以海利交通朝贵，寖以大显（明史纪事本末）。
二十年癸未（明崇祯十六年），先是，贼李自成、张献