运不至，于是求食者多往投之。芝龙得商船，势浸大，与其党朋谋攻广东海丰嵌头村以为巢窟。十二月入闽，泊于漳浦之白镇（明史纪事本末）。
四年丁卯（明天启七年），二月，芝龙犯铜山（按明史纪事本末举大纲云；「七年六月，海寇郑芝龙等犯闽山、铜山、中左等处」；而至其目，则中左等战不详六年、七年。郑成功传亦同。今从两朝从信录，定为天启七年）。把总茅宗宪无备，芝龙纵兵杀略官民舍屋。四月，巡抚朱一冯入境（两朝从信录），遣都司洪先春率舟师击之，而以把总许心素、陈文廉为策应，鏖战一日，胜负未决。会海潮夜生，心素、文廉船漂泊失道，芝龙度之，窃遣兵上山，诈为乡兵出先春后；先春腹背受敌，遂大败，身被数刃。然芝龙故有求抚之意，欲微达意，故舍先春；进至中左所，俞咨皋战败，又纵之；约束麾下，竟不侵扰。警报至泉州，知府王猷谓：「芝龙之势如此，而似有归罪之萌，今剿之，难猝灭，抚或可行；不若遣人往谕退舟海外，仍许立功赎罪，有功之日，优以爵秩」。兴泉道邓良知从之，遣人谕意（明史纪事本末）。朱一冯上疏谓：「闽中官兵因循养廱，使贼势益张，我气遂夺。今欲发援兵，船与兵共损失，造募动费时日，而帑藏若洗，束手共困。臣暂借布政司库银，解咨皋债船，以图再举（两朝从信录）。八月，明主熹宗帝殂，庄烈帝即位，至明年改元（明史）。是岁台湾人理加来本邦，幕府召而见之（外国通信事略。按理加不详何人）。
五年戊辰（明崇祯元年），正月，工科给事颜继祖上疏劾俞咨皋曰：「海寇郑芝龙生长于泉，聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊；旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍；而咨皋招之海、置之海，今日受抚、明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞。故闽帅不可不去也」。疏入，逮咨皋下于理（明史纪事本末）。芝龙泉人，故侵漳而不侵泉。漳人议剿、泉人议抚，两郡异议纷然；芝龙愈横。于是朱一冯、朱钦相亦被逮治（绥寇未刻编）。三月，敕禁漳、泉人贩海；芝龙纵横福建、浙江海上（明史纪事本末）。福建左布政使熊文灿拜右佥都御史，巡抚福建，善遇芝龙，令为己用（明史）。六月，兵部议招芝龙。七月，芝龙率所部降于文灿（参取明史、明史纪事本末、郑成功传。按成功传以降系九月者误）。继祖又言：「芝龙既降，当责其报效」；从之（明史纪事本末）。九月，芝龙杀衷纪于岛上，发刘香父冢（郑成功传）。时红毛夷出没海岛，数省被害甚剧。泊数十巨艘，填塞海口，据澎湖，筑城营，惯用巨炮虎蹲，远击巨舰，无敢当锋（武经开宗。纪效新书曰：「虎蹲炮因形得名。国初有缨子炮，近时有虎蹲及百子等炮，皆利器也；比之鸟铳，一可以当其百矣」）。豫章邹维琏来抚闽（郑成功传）；右参政兴泉守曾樱素与芝龙善，请维琏以芝龙为将（明史）。芝龙计焚其舟；募龙溪人郭任功率十余人，夜浮荷兰船尾，潜入焚之，获五十余人，余船悉遁（郑成功传）。大帽山有洞穴，内广袤数百里，险隘要道可通五省，寇聚其中，跳梁难制。芝龙领兵繇武平进，令军士各执鸟铳，五人为队，连续点放，长矛夹攻，步推步进，侵入洞中，大破之（武经开宗）。
六年己巳（明崇祯二年），四月，广东副总兵陈廷对约芝龙剿盗。芝龙战不利，归闽。不数日，寇大至，犯中左所近港；芝龙又败，敌夜薄中左所（明史纪事本末。按本书不记此役结局，他书亦无所考。郑成功传崇祯三年条叙芝龙功云：「平广贼」；然则其所指此役结局乎？姑书以俟后考）。
七年庚午（明崇祯三年），先是，芝龙旧党李魁奇再降再叛（明史），遂聚大小战船数百横行海上，连破吉丫、小■〈山英〉二城，烧毁民屋殆尽（武经开宗）；熊文灿轻敌战败（据明史纪事本末吴旸语）。芝龙偕芝虎乘其不意，星夜水陆并进，遂擒之（武经开宗。按纪事本末云：「芝龙忌魁奇，斩之」；且系之二年条，今不并取）。海警渐息，而海盗锺斌又起（明史。武经开宗，「斌」作「进」。明史纪事本末作「锺凌秀」）。自闽海至广东澳，所在侵略；之浙江，诱明兵败之，总哨皆阵没（绥寇未刻编）。后就抚，复叛，寇福州（明史）；肆妨商贩，居民被害甚惨（武经开宗）。文灿诱而遣泉州（明史、明史纪事本末），芝龙迎击败之；既而蹙之大洋，斌投海死。数平闽中巨寇，芝龙力也（明史），以功任都督（郑成功传）；文灿亦叙功增秩（明史）。
初，芝龙之居平户也，娶平户士人田川氏女，生成功及弟七左卫门（参取郑成功传、田川七左卫门诉状。或曰：「以七左卫门事问之平户藩；曰：七左卫门冒母氏称田川，田川氏今微而事迹不详」。新着闻集稍记七左卫门事，而「田川」作「田中」，误。谈往曰：「芝龙日就岛主宴饮歌舞，主室有文君悦之，即成功生母也」。南塾乘曰：「芝龙娶长崎妇生成功」：按据华夷变态考之，长崎妇，芝龙妾，而与成功母异）。成功初名森材（明史稿）。其生也，岛中万火齐明，芝龙心异之（