來  南無無量壽佛  南無盡十方遍法界過去一切諸佛  南無盡十方遍法界現在一切諸佛  南無盡十方遍法界未來一切諸佛  南無藥師琉璃光如來本願功德經  南無日光遍照菩薩  南無月光遍照菩薩  南無文殊師利菩薩  南無觀世音菩薩  南無得大勢菩薩  南無無盡意菩薩  南無寶曇華菩薩  南無藥王菩薩  南無藥上菩薩  南無彌勒菩薩  南無消災障菩薩  南無增福壽菩薩  南無樂音樹下三萬六千菩薩  南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧  南無救脫菩薩
  禮諸佛已。次復懺悔。(弟子某)等。普為四恩三有。及法界一切眾生。悉願斷除三障。歸命懺悔。我與眾生。無始來今。由愛見故。內計我人。外因惡友。不隨喜他。一毫之善。惟遍三業。廣作眾罪。事雖不廣。惡心徧布。晝夜相續。無有間斷。覆諱過失。不欲人知不畏惡道。無慙無愧。撥無因果。如斯罪障。未經懺悔。我於今日。對十方佛。藥師如來。深信因果。生重慙愧。生大怖畏。發露懺悔。斷相續心。發菩提心。斷惡修善。勤策三業。翻昔重過。隨喜凡聖。一毫之善。念藥師佛。有大願力。能救拔我。出二死海。置三德岸。惟願慈悲。哀憐攝授。各各志心。歸命頂禮。
  南無毗盧遮那佛  南無本師釋迦牟尼佛  南無藥師琉璃光如來  南無無量壽佛  南無盡十方遍法界過去一切諸佛  南無盡十方遍法界現在一切諸佛  南無盡十方遍法界未來一切諸佛  南無藥師琉璃光如來本願功德經  南無日光遍照菩薩  南無月光遍照菩薩  南無文殊師利菩薩  南無觀世音菩薩  南無得大勢菩薩  南無無盡意菩薩  南無寶曇華菩薩  南無藥王菩薩  南無藥上菩薩  南無彌勒菩薩  南無消灾障菩薩  南無增福壽菩薩  南無藥音樹下三萬六千菩薩  南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧  南無救脫菩薩
  禮諸佛已。次復懺悔。(弟子某)等。自從無始以來。至於今日。所有貪瞋嫉妬之病。憍慢自傲之病不識善惡之病不信罪福之病不孝五逆之病。破辱三寶之病。不修齋戒之病。破犯尸羅之病。自讚毀他之病。貪得無厭之病。迷聲逐色之病。貪香愛觸之病。信邪倒見之病。躭婬嗜酒。放逸無度之病。設復遇醫。授與非藥之病。及無餘量災難陵辱。悲愁煎逼。身心受苦之病。欲令是等病苦消除。所求願滿。爾時藥師琉璃光如來入三摩地。名曰。除滅一切眾生苦惱。既入定已。於肉髻中。出大光明。光中演說大陀羅尼曰。
  南無。薄伽伐帝。[鞥-合+(白-日+田)]殺社。窶嚕薜琉璃。鉢囉婆。喝喇闍也。怛他揭哆耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀野。怛姪他。唵。[鞥-合+(白-日+田)]殺逝。[鞥-合+(白-日+田)]殺逝。[鞥-合+(白-日+田)]殺社。三沒揭帝莎訶
  爾時光中說此呪已。大地震動。放大光明。一切眾生。病苦皆除。受安隱樂。是知懺悔之功。諸病心瘳之靈。劑。了生脫死之奇方有。
  大醫王。應病設藥。所謂慈悲喜捨是藥。忍辱柔和是藥。正信三寶是藥。勤修福慧是藥。六波羅蜜是藥。飽飡甘露是藥。貪求法味是藥。修真養氣是藥。返本還元是藥。有過能改是藥。善巧方便是藥。不動聲色是藥。清心斷慾是藥。常用如是等藥擣篩和合。時取服之。眾生若病。應同一病。眾生須藥。應同一藥。若說多法。是名顛倒若據一乘實相而言。則何增何減。何垢何淨。何善何惡。何罪何福。何病何藥。觀昔方便。如夢中人。夢身患病。求醫服藥。而得除愈。及其夢醒。則悟本來無病。無病亦無。而況醫藥。故眾生之病。同一幻病。如來之藥。同一幻藥。故知如來說法。一相一味。所謂解脫相。離相。滅相。究竟涅槃。終歸於空。如一雲所雨。而藥樹大小。各得滋茂。我等今者。蒙佛恩力。得聞。
  世尊藥師琉璃光如來名號。不復更有病苦之難。乃能究竟無上菩提。是故今日。我等相率。皆同一心乃至盡形歸佛法僧。今當歸命一切諸佛。
  南無毗盧遮那佛  南無本師釋迦牟尼佛  南無藥師琉璃光如來  南無無量壽佛  南無盡十方遍法界過去一切諸佛  南無盡十方遍法界現在一切諸佛  南無盡十方遍法界未來一切諸佛  南無藥師琉璃光如來本願功德經  南無日光遍照菩薩  南無月光遍照菩薩  南無文殊師利菩薩  南無觀世音菩薩  南無得大勢菩薩  南無無盡意菩薩  南無寶曇華菩薩  南無藥王菩薩  南無藥上菩薩  南無彌勒菩薩  南無消灾障菩薩  南無增福壽菩薩  南無樂音樹下三萬六千菩薩  南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧  南無救脫菩薩
  禮諸佛已。次復懺悔。若有眾生。欲脫病苦。當為其人七日七夜受持八關齋戒。應以飲食。及餘資具。隨力所辦。供養苾蒭僧。晝夜六時。禮拜行道。供養彼世尊。藥師琉璃光如來。讀誦尊經四十九遍。燃四十九燈。乃至四十九日。光明不絕。可得過度危厄之難。不為諸橫惡鬼所持。是故今日。與現前眾等。各各翹懃。燒香散華。燃燈造旛。放生修福。令度苦厄。不遭眾難惟願如來。證明懺悔。(某)等又復無始以來。至於今日。凡有所