之论三焦。以揭露鞠通之三焦，与中医三焦原有之本义不个，然后指出：“假使有精当之学理，真确之经验，原不妨于古人所言者之外，别树一帜，然必所言者，与古人相发而后可？如其与古人所言相背，则必古人所说之理论不圆满，吾能证明其误处而后可，若表面崇古，里面反古，用以欺世敛钱，原滔滔皆是，不足深责，著书垂后，其罪不胜殊矣。”卷三继简要抨击“温病从口鼻入”说之后，大段节录《世补斋医书》中抨击叶吴学说之文，来表明自己见解，“证明条辨、经纬、叶案之谬”，并指出：“伤寒太阳证，是寒邪从肌表入。伤寒门明病，是病毒从口入。”但“惟其内部有弱点，然后外邪得以入里。”卷四详论《伤寒论・痉湿⒉∑》的湿⒍病，认为湿即湿温，恽氏借用了当时的西医学知识，来解释此二病之病理，通过病理解释以证明叶派学说之误。尤其是认为：吴鞠通别创一三焦之说，“说理无有是处，用药亦无有是处。“并有自己的诊治经验介绍。
四、治学精神
恽氏冶学，不因循流俗，不迷信权威，快人快语，文如其人，这从上论，已足反映。此外，他虽崇古而不泥古，虽信奉陆、戴之学，但不因此而偏爱，现举二例以证之：
1・不盲目泥古：他说：“《难经》自是古医书之一种，唐张守节史记正义扁鹊传中所指，即为今本《难经》文字，虽随书经藉志不见其目，唐人已认此书出自扁鹊，昭然无疑。然书之佳否，当以说理精粗力断，不以年代古近为衡，考《难经》全书所言，皆内经中表面文字，于《内经》之精义丝毫不曾有得，假使扁鹊读《内经》，亦只见五行六气，不知形能德藏，则所谓见垣一方者，真可谓寸无英雄，竖子成名矣。故吾于《难经》一书，总不敢绝对信奉。”这段文字，足证恽氏之推崇《内经》、《伤寒》，与盲目宗法汉唐、排击金元者，貌似雷同，实相悬绝。”
2・不偏爱一派：中医流派众多，有些医者，由于先入为主，志趣为夺，往往入主出奴，对自己一派之学有偏好。但恽氏则不如此。恽氏初步治医，从《广温热论》入手，他对此书虽十分推崇，认为“较之条辨、叶案，高出十倍。”但他也不讳言此书缺憾，他说：“若谓吾侪信奉此编，即此已足，正未必然，须知此书浅而狭隘，读之既久，恒偏于用凉，转以凉药误事，亦往往不免。又其辨舌一节，亦未可为训。”又如他虽推崇陆九芝，但遇不同看法，亦秉笔直言，他说：“九芝先生谓照阳明治法，葛根芩连清之，无勿愈者，此可以施于伤寒类之温病，不能施之于与伤寒相滥之湿。”谓其言系误。这样一分为二的看问题，较之有些医者，视《温热论》竟若天书，从不见内中有丝毫之瑕疵，甚至一旦他人言之，即便视作异己而深恶痛绝之的治学方法，是多么的不同。
五、争鸣论点
1・伤寒为温病之原：温热派说温病是温邪所致，恽氏认为温病也是寒邪所致。他说；“温病者，热病也，热病者，伤寒也。”“冬之热病是伤寒，春之热病，仍是伤寒，夏之热病，秋之热病，依然是伤寒，故曰：凡热病皆伤寒之类也。是故谓春之热病伤于风，夏之热病伤于热，秋之热病伤于燥，长夏之热病伤于湿，无有是处。”恽氏认力伤寒而病热，之所以有风温、暑温、湿温等之称，“是因时令之异而兼六气之化，故命名如此。”“凡热之而热，寒之而寒，惟死体为然，生物则否。”人体唯受寒而病热，“谓受热而病热，无有是处，须知受热竟不病热。”这实足以后祝味菊否定温邪致病说之先声。
2・石斛为热病大忌：恽氏对叶派药法有很多异议，他除了“清宫，增液，一甲，二甲，大、小定风珠，一派滋腻之药，无非痴人说梦。”等论说外，对叶氏以石斛治热病，亦痛加惩创，他说：“石斛用以治热病，亦始于叶氏，此物最为热病所忌。鲜生地可用，石斛不可用也。何以言之，生地黄之功，专能凉血，血之就干者，得此可以转润，故暑温证之汗多舌绛者最宜。石斛则非血分药，本经言其能厚肠胃，实与血分无与，且此物之功效，专能生津，暑温无不兼湿，生津则助湿，胸痞乃益甚，所以不可用。”“今之寸医，乃以羚羊犀角为习用之晶，以石斛为藏身之窟，不问伤寒温病。甘凉之剂，一例混施。最可恶者，以石斛施之风温痧疹，致咳嗽发热之病，十九成急性肺炎，当出痧子者，痧不得出，终成内陷，病家不知其故，医家不知其故，覆辙相寻，滔滔皆是，皆吴鞠通，王孟英所造孽也。”后谢诵穆论治湿温，谓其即用滋阴药，亦宁“用生地、玄参，麦冬，不用石斛、阿胶、熟地炭、龟板、生地、玄参，号为滋阴，实兼有解毒作用……与石斛，阿胶等之腻隔留邪者，有上下床之判。”这似亦系受恽氏之影响。
3・驳温风伤肺之说：条辨崇天士之说，谓“凡病温者，始于上焦，在手太阴。"对此，恽氏列举了四点理由来加以驳斥：(一)《内经》说邪风伤人皆始于皮毛，皮毛并非言肺之合，而是言驱体之外层。今言从口鼻入，由里出外，则这种温病，必须在《内经》“凡热病”三字范围之外而后可。(二)既言从口鼻入，鼻固通于沛，邪从口入伤脾，又与