要，已次第兴办，兼推行蚕桑之利』。奉旨：『所陈井井有条，皆地方切要事务。既已渐着成效，即着认真经理，以期次第就绪，教养有资』。又履陈新疆开设行省事宜；下部议，如所请。是月，以俄人未交还伊黎，宗棠督师出屯哈密。七月，上谕：『左宗棠奏：见已行抵哈密；关外军务，谅经布置周详。见在时事孔艰，正须老于兵事之大臣，以备朝廷顾问；左宗棠着来京陛见，一面慎举贤员堪以督办关外一切事宜者，奏明请旨，俾资接替』。九月，命通政使刘锦棠督办新疆军务，宗棠交卸启程。
七年正月入觐，命管理兵部事务，在军机大臣上行走，并总理各国事务衙门行走。二月，奏请教练旗兵、兴修畿辅水利；诏允行。七月，因病屡请开缺，上一再慰留。九月，授两江总督，兼办理通商事务大臣。宗棠请回籍省墓，并便道查阅长江水师。十二月，抵任。
八年三月，筹办导维入海水利工程，修复淮南通泰场地堤墩。四月，奏请兴复淮鹾引地；为川、鄂两省总督奏格，不果行。十一月，奏开采铜山县属煤铁、酌减税银；从之。
九年，山东教匪王觉一等谋逆，饬将弁缉获匪目，解散余党。三月，出省勘收大江下游及朱家山、赤山湖水利工程。时法兰西兵扰越南，奏筹办海防机宜；略言：『自古谈边防者，不外战、守、和三事。要必能守，而后能战；能战，而后能和。吴淞为进黄浦江之口，系苏、松门户。敌船若不进黄浦，即由崇明趋狼、福山，径入长江；长江海口，应以狼、福山为第一要隘，江阴次之。臣因验工之便，会集各营将领熟商布置添造炮船、修理炮台，庶期有备无患』。诏嘉之。七月，因越南告警，请令前福建布政使王德榜募勇出关助剿，并请缓开龙江、西新、浒墅各关。诏如所请。十月，因病奏请开缺；赏假两月。
十年正月，以病尚未痊，仍恳开缺；谕曰：『左宗棠宣力疆圻，劳勚懋着，朝廷深资倚任。屡次陈请开缺，均经赏假调理。兹复迭据奏称目疾增剧、气血渐衰，非静心调摄，断难见效；情辞恳挚，不得不勉如所请。左宗棠着准其开缺，赏假四个月，回籍安心调理』。寻内阁学士周德润奏：『勋臣不宜引退，请旨责以大义，令其在任调理』。有诏：『赶紧医治。一俟稍愈，不必拘定日期，即行销假』。四月，遵旨销假；命即入朝。五月，到京；仍在军机大臣上行走。谕曰：『左宗棠卓著勋绩，年逾七旬，着加恩无庸常川入直。遇有紧要事件，豫备传问；并着管理神机营事务。所有应派差使，毋庸开列』。时法兵扰及福建台湾；七月，命以钦差大臣督办福建军务。十月，抵福州；恭遇慈禧、端佑、康颐、昭豫、庄诚皇太后五旬万寿，恩赏御书扁额并上方珍物。时法人封禁海口，宗棠派军潜雇商船渡台助剿。
十一年三月，法人议和；宗棠密陈要盟宜慎，防兵难撤。五月，和议成，恳交卸差使，回京复命；并恳先行开缺，回籍调理。诏赏假一个月。六月，请设海防全（船）政大臣，并保荐兵部侍郎曾纪泽堪胜海防重任。又奏：『台湾孤注大洋，为七省门户，关系全局；请将福建巡抚移驻台湾，以资镇摄』。卒如所请行。旋因病剧，再恳开缺。谕曰：『览奏病情，殊深廑念。左宗棠着准其交卸差使，不必拘定假期，回籍安心调理。该大学士吏治、戎机久深阅历，如有所见，仍着随时奏闻，用备探择。一俟病体稍痊即行来京供职』。七月，卒。遗疏入，谕曰：『大学士左宗棠学问优长，经济闳远；秉性廉正，莅事忠诚。由举人兵部郎中带兵剿贼，迭着战功；蒙文宗显皇帝特达之知，擢升卿寺。同治年间，剿平发逆、回捻各匪，懋建勋劳。穆宗毅皇帝深资倚任，畀以疆寄，洊陟兼圻，授为钦差大臣，督办陕甘军务。运筹决胜，克奏肤功。简任纶扉，优加异数。朕御极后，特命督师出关，肃清边圉，底定回疆。厥功尤伟；加恩由一等伯晋为二等侯爵，宣召来京，管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门行走。竭诚赞画，悉协机宜。旋任两江总督，尽心民事，裨益地方，扬历中外；格矢公忠，洵能始终如一。上年命往福建督办军务，劳瘁不辞。前因息病吁恳开缺，迭经赏假；并准其交卸差使，回籍安心调理。方冀医治就痊，长承恩眷；讵意未及就道，遽尔溘逝！披阅遗疏，震悼良深。左宗棠着追赠太傅，照大学士例赐恤。赏银三千两治丧，由福建藩库给疏；赐祭一坛，派古尼音布前往致祭。加恩予谥「文襄」，入祀京师昭忠祠、贤良祠，并于湖南原籍及立功省分建立专祠。其生平政绩事实，宣付史馆；任内一切处分，悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。伊子主事左孝宽，着赏给郎中；附贡生孝勋，着赏给主事。均俟服阕后，分部学习行走。廪贡生孝同，着赏给举人，准其一体会试。其二等侯爵应以何人承袭，着杨昌浚迅速查明具奏，用示笃念荩臣至意。寻闽浙总督杨昌浚、甘肃新疆巡抚刘锦棠奏陈宗棠历年勋积。昌浚略云：『宗棠三试礼部不第，遂绝意仕进，究心经世之学；伏处田里十余年，隐然具公辅之望。前两江总督陶澍、前云贵总督林则徐、贺长龄交相推重，湖南巡抚骆秉