罕庙试行。俄国游历官称其国在山诺尔地方，距古城不远，产粮甚多；由俄代办起运送交古城，每百斤费银七两五钱。比与订定：年内运交二百万斤、明夏运足三百万斤。南路肃州、安西二局存粮，赶紧灌运。哈密报垦荒地万九千余亩，获粮数千石；新粮市价渐减，转运亦较易。由甘运肃、运安西，用车驮；由安西运哈密、运巴里坤，用驼只。节设厂局，浚水泉、刈草薪以利运道，派员经画哈密、巴里坤、古城屯垦事宜。西路旗、绿诸营宜划兵农为二：精壮者束以营制，不任战者散之为农；庶营伍实、屯垦增。哈密、巴里坤、古城所驻各大臣就见在存营核定粮饷，如缺额过多，准照旧额马步就地挑募丁壮补码；但令保守城隘，不必责以战事』。上如所请行。八月，奏以刘锦棠率所部老湘全军从征，并委总理行营事务。十二月，奏『整军出关饷源涸竭，请筹借洋款一千万两』。下部议行。
二年二月，奏言：『帮办军务刘典抵兰，臣与商定留防善后事宜，启行而西。前路进止机宜，面授刘锦棠相机办理。巴里坤有数路可通安西，不由哈密，饬徐占彪驻之；张曜扼哈密，防吐鲁番东犯之贼，庶后路常通，粮运不匮。乌鲁木齐踞逆，本地土回居多；白彦虎带陕、甘逆回踞红庙子、古牧地、玛纳斯等处，皆与南路踞逆安集延回酋帕夏通。自俄罗斯灭浩罕所部，安集延独免。同治四年乘回部之变，入踞喀什噶尔及各回城；于是吐鲁番辟展以西，土回附之。官军出塞，宜先剿北路乌鲁木齐之贼，而后加兵南路。臣年六十有五，岂思立功边域，觊望恩施；顾事有万不容已者。乾隆中，准部既克，即平回部，于各城分设军府，然后九边靖谧者百数十年。今虽除异世殊，不必尽遵旧制；而伊犁为俄人所据，喀什噶尔各城为安集延所据，事平后应如何布置，尚费绸缪。若此时即置之不问，似后患环生，不免有日蹙百里之患』。奏入，上嘉宗棠公忠体国，力任其难；所陈贼势、军情，了如指掌。命随时相机筹办，奠定西陲，为一劳永逸之举。三月，宗棠驻军肃州，刘锦棠率所部分起出塞。闰五月，于古城取齐。六月，与金顺会师阜康，拔黄田贼卡，克古牧地贼巢，乘胜复乌鲁木齐、迪化州、昌吉呼图壁及玛纳斯北城。宗棠檄锦棠布置后路，进规南路，达阪城；张曜取道七克腾木，徐占彪由木垒河搜捕而进，会师辟展，以规吐鲁番，由锦棠酌定师期。九月，克玛纳斯南城，北路肃清。
三年三月，徐占彪会张曜部将孙金彪克辟展、鲁克沁、哈拉和卓城，会湘军部将罗长祜复吐鲁番满汉城，刘锦棠克达坡、托克逊两城。四月，逆酋帕夏阿古柏仰药自毙；子海古拉负尸西窜，为其兄伯克胡里所杀。宗棠以闻，得旨：『关外军情顺利，吐鲁番等处收复后，南八城门户洞开，自当乘胜底定回疆，歼除丑类，以竟全功。其即统筹全局，直抒所见，以慰廑念』。六月，宗棠奏言：『重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以卫京师。西北臂指相联，形势完整，无隙可乘；若新疆不固，则蒙部不安，匪特各边防不胜防，即直北关山将无晏眠之日。况俄人拓地日广，由西而东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂，尤不可不豫为绸缪。今北路止伊犁未收，南路已复吐鲁番全境；惟白彦虎率其余党偷息开都河西岸，喀什噶尔尚有叛弁逃军，终须兵力。此外各城，则如去虎口、投慈母之怀，无更抗颜行者。新秋采运，足供鼓行而西；且剿且抚，无难挈旧有疆宇，还隶职方。安集延、布鲁特诸部落，则等诸邱索之外，听其翔泳故区。俄人方争土耳其，与英相持；我收复旧疆，兵以义动，设有意外争辩，在我仗义执言，决无挠屈。窃以为地不可弃、兵不可停，饷事匮绝，非速复腴疆，无从着手。至省费节劳，为新疆画久安长治之策，纾朝廷西顾之忧，则设行省、改郡县，其事有不容已者』。奏入，上谕令督饬将士戮力同心，克期进剿；并揆时度势，将如何省费节劳为新疆计久远之规，与拟改行省郡县，一并通盘筹划具奏』。七月，刘锦棠由托克逊进师。九月，复喀喇沙尔、库车等城。十月，复阿克苏、乌什等城。十一月，复叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀什噶尔等城；安集延贼党及陕、甘、新疆逆回悉数诛戮，南路回疆肃清。
四年二月，捷闻，谕曰：『左宗棠督办新疆军务，剿抚兼筹，定议先规北路，首复乌鲁木齐，以扼其总要；旋克玛纳斯数道，并进规复吐鲁番等城，力争南路要隘。然后整队西行，势如破竹，见在南八城一律收复。允宜特沛殊恩，用酬劳勋。左宗棠筹兵、筹饷，遍历艰辛，卒能谋出万全，肤公迅奏；着加恩由一等伯晋为二等侯』。寻有旨：『仍用「恪靖」字样』。三月，宗棠疏辞至再；上温谕勉之。十一月，奏逃匿俄境陕回分道寇边，截剿净尽。十二月，奏阿克苏缠回聚众谋叛，安集延逆目阿里达什入卡谋逆，均剿捕竣事。
五年三月，奏安集延、布鲁特两部合谋入寇，刘锦棠大破之，十月，奏贼酋复犯边，追剿大胜；并请以刘锦棠帮办新疆军务。从之。
六年四月，『奏新疆善后事宜，以修浚河渠、建筑城堡、广兴屯垦、清丈地亩、厘正赋税、分设义塾、更定货币数大端为最