，使于锦告丧。锦出全斌使为将，以永华为咨议、冯锡范为侍卫，引兵至台湾。诸将有欲拒锦立世袭者，全斌力战破之；锦乃入，嗣为延平王，世袭走泉州降。
二年，锦还思明。泰尝与台湾诸将通书，锦得之，遂杀泰；泰弟鸣骏、赓、子缵绪亦走泉州降，诏封鸣骏遵义侯、缵绪慕恩伯，世袭、赓皆授左都督。诸将蔡鸣雷、陈辉、杨富、何义先后举军降，锦渐弱。耿继茂、李率泰大发兵规取金、厦，出同安；马得功将降卒并征红毛兵出泉州，黄梧、施琅出海澄。锦令全斌当得功，遇于金门外乌沙。得功舟三百、红毛夹板船十四，全斌以二十舟入陈冲击，红毛炮皆不中，诸舟披靡，得功战死。而同安、海澄二道兵大胜，直破厦门。琅复进克金门、浯屿，锦退保铜山。
三年，锦将杜辉以南澳降。铜山粮垂尽，全斌亦出降，封承恩伯；锦与其将黄廷坚守。继茂等复以水师出八尺门，廷与诸将翁求多等以三万人降，遂拔铜山；焚之，得仗舰无算。锦与永华及洪旭引余众、载其孥尽入台湾。改东都为东宁国，置天兴、万年二州，仍以永华综国政。诏授施琅靖海将军，周全斌、杨富为副，督水师攻台湾，阻飓不得进。
四年，廷议罢兵。李率泰请遣知府慕天颜谕降，假卿衔赍敕往。锦请称臣入贡如朝鲜，上未之许。
六年，征琅入京师，撤降兵分屯诸省，严戍守界，不复以台湾为意。锦兵亦不出，相安者数年，滨海居民渐复业。十二月，耿精忠将以福建叛应吴三桂，使约锦为援。
十三年，精忠遂反。锦仍称永历年号，以永华辅长子克■〈臧上土下〉居守，与诸将冯锡范等督诸军渡海而西；入思明，取同安。锦以族人省英知思明；省英，芝莞子也。集舟航，整部伍，方引军复出，而精忠与争泉州。泉州兵内乱，精忠所遣守将溃围走，迎锦师入；复攻下漳州。精忠遣兵围潮州，潮州总兵刘进忠降于锦。锦遣其将赵得胜入潮州，击破精忠兵。锦更定军制，以锡范及参军陈绳武赞画诸政，诸将刘国轩、薛进思、何佑、许辉、施福、艾祯祥分领各军；省英为宣慰使，督各郡钱粮。令人月输银五分，曰「毛丁」；船计丈尺输税，曰「梁头」。盐司分筦盐场；盐石值二钱，征饷四钱。饷司科杂税给军。复开互市，英圭黎、暹罗、安南诸国市舶并至。思明井里烟火，几如承平时。
十四年，精忠使贺年，锦亦报礼；自是复相结。永春民吕花保所居村曰马跳，不应征索；使进思围之，三月不下，诱花降而杀之。续顺公沈瑞屯饶平，进忠攻之，何佑击破援兵，遂执瑞及其孥归于台湾。海澄公黄梧卒，子芳度保漳州。锦自海澄移军万松关，佑亦自潮州攻平和，降守将赖升。芳度孤守漳州，围合，总兵吴淑以城降，芳度死之，其孥皆殉。
十五年，康亲王杰书下福建，精忠降，克泉州；国轩复围之，两月不下。李光地迎师自间道赴援，总兵林贤、黄镐、林子威以舟师会。国轩退次长泰，堕同安；稍进，屯漳州溪西。师进击国轩，国轩败，弃长泰走。锦将许辉以二万人攻福州，壁乌龙江；康亲王遣副都统喇哈达等渡江奋击，破其垒，逐北四十里。兴、泉、汀、漳诸郡尽复，惟海澄未下。
十六年，师克海澄；锦复破之，遂围泉州。锦下教叙国轩、淑、佑等功。副都统穆赫林等克泰宁、建宁、宁化、长汀、清流、归化、连城、上杭、武平、永定凡十县，喇哈达等解泉州围；锦撤兵还思明。
十七年，康亲王遣知府张仲举招锦，不纳。国轩自长泰退据三■〈氵义〉河、玉州、水头、镇门诸寨，屡遣兵攻石玛、江东桥，又遣其将林耀、林英犯泉州；提督段应举击破之，获耀、吴淑。又自石玛登陆，海澄公黄芳世、都统孟安击破之，沉其舟。上令复徙滨海民，如顺治十八年例，迁界守边。穆赫林、黄芳世会师湾腰树，攻国轩，师败绩。国轩陷平和、漳平，遂复破海澄；段应举、穆赫林及总兵黄蓝死之。蓝，梧族，芳度所遣诣京师奏事者也。国轩进围泉州，诏趣诸军合击。将军喇哈达、赖塔、总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷分道并进，贤、镐、子威以舟师会克平和、漳平、惠安，复解泉州围。启圣与赖塔等逐国轩至长泰，及于蜈蚣山，大破之，斩四千余级；进克同安，斩锦将林钦。赖塔又破锦兵万松关。启圣、捷及副都统吉勒塔布等与国轩战于江东桥、于潮沟，国轩屡败。副都统瑚图又击吴淑于石街，尽焚其舟。锦敛兵退保思明，诏厚集舟师规取金、厦。
十九年，兴祚出同安，与启圣、捷会师，自陆路向厦门。提督万正色以水师攻海坛，分兵为大队前进，自统巨舰继，又以轻舟绕出左右发炮，毁锦师船十六、兵三千，余入水死，锦将朱天贵引退。正色督兵追击，斩锦将吴丙、林勋；湄洲、南日、平海、崇武诸澳皆下，天贵出降。副都统沃申击破锦将林英、张志，水陆并进趋玉洲；国轩走还思明，锦将苏堪以海澄降。启圣分遣总兵赵得寿、黄六来从赖塔击破陈洲、马洲、湾腰山、观音山、黄旗诸寨；兴祚复与喇哈达等逐锦兵至浔尾，遂克厦门、金门。锦还台湾。
二十年，锦