等师薄城，成功将王秀奇、郝文兴督兵力御，不能克。上命芝龙书谕成功及鸿逵降，许赦罪授官，成功阳诺；诏金砺等率师还浙江。
十年，封芝龙同安侯，而使赍敕封成功海澄公、鸿逵奉化伯，授芝豹左都督。芝龙虑成功不受命，别为书使鸿逵谕意。使至，成功不受命，为书报芝龙。芝豹奉其母诣京师。成功复出掠福建兴化诸属县。
十一年，上再遣使谕成功，授靖海将军，命率所部分屯漳、潮、惠、泉四府。成功初无意受抚，乃改中左所为思明州，设六官理事，分所部为七十二镇，遥奉桂王，承制封拜。月上鲁王豚米，并厚廪泸溪、宁靖诸王，礼待诸遗臣王忠孝、沈佺期、郭贞一、卢若腾、华若荐、徐孚远等，置储贤馆以养士。名振进率所部攻崇明，谋深入，成功嫉之；以方有和议，召使还，名振俄遇毒死。成功托科饷四出，劫掠蔓及上游。福建巡抚佟国器疏闻，上密敕为备。李定国攻广东，急使成功趣会师；成功遣其将林察、周瑞率师赴之，迁延不即进，定国败走。成功又攻漳州，千总刘国轩以城献。再进，复陷同安。其将甘辉陷仙游，穴城入，杀掠殆尽。至是，和议绝。上命郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨成功。
十二年，左都御吏龚鼎孳请诛芝龙，国器亦发芝龙与成功私书，乃夺芝龙爵，下狱。成功遣其将洪旭、陈六御攻陷舟山，进取温、台。闻济度师且至，堕安平镇及漳州、惠安、南安、同安诸城，撤兵聚思明。济度次泉州，檄招降，不纳；易为书，成功依违答之。上又令芝龙自狱中以书招成功，谓不降且族诛；成功终不应。
十三年，济度以水师攻厦门，成功遣其将林顺、陈泽拒战；飓起，师引还。成功以军储置海澄，使王秀奇与黄梧、苏明同守。梧先与明兄茂攻揭阳，未克，成功杀茂，并责梧；梧、明并怨成功，俟秀奇出，以海澄降济度，诏封梧海澄公，驻漳州，尽发郑氏墓，斩成功所置官。大将军伊尔德克舟山，击杀六御。成功攻陷闽安城牛心塔，使陈斌戍焉。
十四年，鸿逵卒。师克闽安，斌降而杀之。成功陷台州。
十五年，谋大举深入，与其将甘辉、余新等率水师，号十万，陷乐清，遂破温州；张煌言来会。将入江，次羊山，遇飓舟败，退泊舟山。桂王使进封为王，成功辞，仍称招讨大将军。
十六年五月，成功率辉、新等整军复出，次崇明，煌言来会；取瓜州，攻镇江，使煌言前驱，溯江上。提督管效忠师赴援，战未合，成功将周全斌以所部陷陈，大雨，骑陷淖，成功兵徒跣击刺，往来剽疾，效忠师败绩。成功入镇江，将以违令斩全斌，继而释之，使守焉；进攻江宁。煌言次芜湖，庐、凤、宁、徽、池、太诸府县多与通款；腾书成功，谓宜收旁郡县，以陆师急攻南京。成功狃屡胜，方谒明太祖陵，会将吏置酒；辉谏不听。崇明总兵梁化凤赴援，江宁总管喀喀木等合满、汉兵出战，袭破新军，诸军皆奔溃，遂大败；生得辉，杀之。成功收余众犹数万，弃瓜洲、镇江出海，欲取崇明；江苏巡抚蒋国柱遣兵赴援，化凤亦还师御之，成功战复败，引还。煌言自间道走免。上遣将军达素、闽浙总督李率泰分兵出漳州、同安，规取厦门。成功使陈鹏守高崎、族兄泰出浯屿，而与周全斌，陈辉、黄廷次海门。师自漳州薄海门战，成功将周瑞、陈尧策死之；迫取辉舟，辉焚舟。战方急，风起，成功督巨舰冲入，泰亦自浯屿引舟合击，师大败；有满洲兵二百降，夜沉之海。师自同安响高崎，鹏约降，其部将陈蟒奋战；师以鹏已降，不备，亦败。成功收鹏杀之，引还。
十七年，命靖南王耿继茂移镇福建，又以罗托为安南将军讨成功。
十八年，用黄梧议，从滨海居民入内地，增兵守边。成功自江南败还，知进取不易，桂王入缅甸，声援绝，势日蹙，乃规取台湾。
台湾，福建海中岛，荷兰红毛人居之。芝龙与颜思齐为盗时，尝屯于此。荷兰筑城二：曰赤嵌，曰王城；其海口曰鹿耳门。荷兰人恃鹿耳门水浅不可渡，不为备。成功师至，水骤长丈余，舟大小衔尾径进。红毛人弃赤嵌，走保王城。成功使谓之曰：『土地我故有，当还我；珍宝恣尔载归』。围七阅月，红毛存者仅百数十；城下，皆遣归国。
成功乃号台湾为东都，示将迎桂王狩焉。以陈永华为谋主，制法律、定职官、兴学校。台湾周千里，土地饶沃，招漳、泉、惠、潮四府民辟草莱、兴屯聚。令诸将移家实之，水土恶，皆惮行，又以令严不敢请；铜山守将郭义、蔡禄入漳州降。是岁圣祖即位，戮芝龙及诸子世恩、世荫、世默。成功既得台湾，其将陈豹驻南澳，而令子锦居守思明。
康熙元年，成功听周全斌谗，遣击豹；豹举军入广州降。恶锦与乳媪通生子，遣泰就杀锦及其母董；会有讹言成功将尽杀诸将留厦门者，值全斌自南澳还，执而囚之，拥锦用芝龙初封称平国公举兵拒命。成功方病，闻之，狂怒啮指。五月朔，尚据胡床受诸将谒；数日遽卒，年三十九。成功子十，锦其长也，一名经。成功既卒，台湾诸将奉其幼弟世袭为招讨大将军