不觉心华开发。义泉沸涌。急秉笔而随记之。共成玄义一卷。合注七卷。
“案”梵网合注初刊之板。存金陵古林庵。后康熙丙辰岁。沈书准应成时师之请。重刻板。送嘉兴楞严寺入藏流通。（见沈书准跋）日本元禄五年所刊之板。即据此也。
撰完梵网告文。赞礼地藏菩萨忏愿仪。
自观印阇梨自武水寻大师于九子别峰。商证梵网佛顶要旨。大师见其躬行有余。慧解不足。设坛中十问拶之。
梦感正法衰替。痛苦而醒。写怀二偈云：“魔军邪帜三洲徧。孽子孤忠一线微。梦断金河情未尽。醒来余泪尚沾衣”。“休言三界尽生盲。珠系贫衣性自明。肯放眼前闲活计。便堪劫外独称英。”
戊寅。四十岁。
结夏新安。重拈佛顶妙义。加倍精明。
四十初度诗云：“物论悠悠理本齐。年来渐觉脱筌蹄。拳开非实掌元在。翳去惟空眼不迷。流水有心终汇海。落花无语亦成溪。刹那生处生何性。却笑威音劫外提。”
自辑绝余编。
秋。践诵帚师之约。入闽。渡洪塘。往温陵。
十一月撰陈罪求哀疏。
己卯。四十一岁。
住温陵。
诵帚昉师及一切知己坚请疏解大佛顶经。大师感其意。兼理夙愿。在小开元撰述玄义二卷。文句十卷。
刊佛顶玄义。板藏大开元寺之甘露戒坛。
如是师示寂。助其念佛。并为撰诵帚师往生传。
撰为如是师六七礼忏疏。挽如是师诗。
庚辰。四十二岁。
住漳洲。
述金刚破空论。（在温陵刊）蕅益三颂。斋经科注。
辛巳。四十三岁。
结冬温陵月台。有郭氏问易。遂举笔述周易禅解。稿未及半。以应请旋置。
（录者注）今泉州大开元寺藏有大师施赠之梵网经两部。卷末有大师亲笔题识。文曰：“崇祯辛巳。古吴智旭。喜舍陆部。奉大开元寺甘露戒坛。永远持诵。”
壬午。四十四岁。
是夏。自辑闽游集。
自温陵返湖州。
述大乘止观释要。
灵峰山中藏经装成。
撰铁佛寺礼忏文。
癸未。四十五岁。
结夏灵峰。
是岁结制。简阅藏经。仅千余卷。
崇祯十七年（清顺治元年）甲申。四十六岁。
是秋。居槜李。游鸳湖宝寿堂。撰游鸳湖宝寿堂记。
返灵峰。有句云：“灵峰片石旧盟新。”
九月。述四十二章经、遗教经、八大人觉经解。
是岁。大师退作但三归依人。
撰礼慈悲道场忏法愿文。佛菩萨上座忏愿文。
乙酉。四十七岁。
自去岁退作但三归人以来。勤礼千佛、万佛及占察行法。于今岁元旦获清净轮相。
夏。撰周易禅解竟。
撰大悲行法道场愿文。
是秋。住祖堂及石城北。共阅藏经二千余卷。
是岁。紫竹林颛愚大师遣七人来学。
丙戌。四十八岁。
晤妙圆尊者于石城之隈。同住济生庵。
撰占察行法愿文。
丁亥。四十九岁。
三月。述唯识心要。相宗八要直解。九月。述弥陀要解。四书蕅益解。
去岁。颛愚大师坐脱于紫竹林。门人以陶器奉全身供于林之山阳。今年弟子请归云居。于是金陵缁素以所存爪发衣钵。就山阳建塔供养。大师为撰志铭。
是冬。自辑净居堂续集。
居祖堂幽栖寺。除夕普说。
戊子、五十岁。
成时师始晤大师。大师一日顾成时师曰：“吾昔年念念思复比丘戒法。迩年念念求西方耳。”成时师大骇。谓何不力复佛世芳规耶。久之。始知师在家发大菩提愿以为之本。出家一意宗乘。径山大悟后。彻见近世禅者之病。在绝无正知见。非在多知见。在不尊重波罗提木叉。非在著戒相也。故抹倒禅之一字。力以戒教匡救。尤志求五比丘如法共住。令正法重兴。后决不可得。遂一意西驰。冀乘本愿轮。仗诸佛力。再来与拔。至于随时著述。竭力讲演。皆聊与有缘下圆顿种。非法界众生一时成佛。直下相应。太平无事之初志矣。
是冬。自辑西有寱余。
己丑。五十一岁。
九月。从金陵归卧灵峰。
撰北天目十二景颂。
腊月。力疾草法华会义。翌年正月告成。
庚寅。五十二岁。
结夏北天目。究心毗尼。念末世欲得净戒。舍占察轮相之法。更无别涂。
六月。述占察疏。
自癸