别以奇兵分袭南路打狗港及北路文港、海翁堀，贼分则力薄、合则势蹙，台湾计日可平』。事下部议，以「风涛莫测，难以制胜」寝其奏。于是裁水师提督；授琅内大臣，隶镶黄旗汉军。
二十年七月，内阁学士李光地奏：『郑锦已死，子克塽幼，部下争权；征之必克』。因荐琅素习海上情形；上遂授琅福建水师提督，加太子太保，谕之曰：『海寇一日不靖，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副委任』！琅至军，疏言『贼船久泊澎湖，悉力固守；冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣现在练习水师；又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。一俟风便，可获全胜』。二十一年四月，给事中孙蕙疏言：『征台湾宜缓』。七月，彗星见，诏臣工指陈时务；户部尚书梁清标谓『天下太平，凡事不宜开端，当以安静为主』。上因命暂停进剿台湾。九月，琅疏言：『臣于水师营中，已简精兵二万余、战船三百，足破灭海寇。请令督、抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼；无拘时日，但遇风利，即可进兵』。诏如所请行。琅旋复请调陆路官兵随征；并从之。时郑克塽虽仍其祖父伪爵称延平王，凡事皆决之伪武平侯刘国轩、伪忠诚伯冯锡范；共恃海道险阻，致书总督姚启圣，言『克塽愿称臣入贡，不薙发登岸，如琉球、高丽例』。启圣以奏，上不许，趣琅进师。二十二年六月，琅由铜山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩。国轩据澎湖，凡缘岸可登处筑短墙、置腰铳，环二十余里为壁垒。琅遣署游击蓝理以鸟船进攻，贼船乘潮四合，琅乘楼船冲突贼阵，流矢伤目，以帕渍血，督战益力；总兵吴英继之，斩贼将及贼兵三千余人，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分别东西，遣总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵东指鸡笼屿四角山、西指牛心湾，以分贼势；琅自督五十六船分八队，以八十船继后，扬帆直捣。贼悉众来拒，我师联络齐进，总兵林贤、朱天贵突入贼阵，八队踊跃奋呼、东西两路夹攻，波涛腾沸；自辰至申，焚贼船百余、毙贼将及兵卒万余人，遂取澎湖。国轩乘小船遁归台湾，与克塽及冯锡范等皆震慴无措；乃遣使乞降。琅为奏请，上许之。八月，琅统兵自澎湖入鹿耳门，至台湾；克塽率其属薙发迎于水次，缴伪延平王金印，台湾平。上谕吏、兵二部曰：『向来海寇窜踞台湾，出没岛屿、窜伺内地，扰害生民；虽屡经剿、抚，余孽犹存，沿海地方烽烟时警。迩者滇、黔底定，逆贼削平；惟海外一隅，尚梗王化。爽以进剿方略咨询，廷议咸谓海洋险远、风涛莫测，驰驱制胜，难计万全。朕念海氛不靖，则沿海兵民弗获休息；特简施琅为福建水师提督，前往相度机宜，整兵进征。施琅忠勇性存、韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，力任克期可奏荡平；遂训练水师、整顿战舰，扬帆冒险直抵澎湖。鏖战立功，大败贼众；克取要地，立奏肤功。余众溃遁台湾，慑服兵威，乞降请命；已经纳土登岸，听侯安插。自明朝以来，逋诛贼寇，始克殄除；濒海远疆，自兹宁谧。此皆施琅矢心报国，大展壮猷，筹画周详、布置允当，建兹伟伐；宜霈殊恩。施琅着加授靖海将军，封为靖海侯，世袭罔替；以示酬庸』。遣侍卫豑御用袍及诸服物赐之。琅疏言：『臣蒙特简，征剿海贼；受命之初，窃意藉此可雪父弟子侄仇恨。迨审量贼中情形，要当服其心；又不敢因私仇而致多伤生命。幸仗圣主威德，克成厥功。且大海风涛，尤赖各镇臣吴英、林贤等及协营将弁同心鏖战；臣又何敢贪为己力！兹荷恩加授靖海将军，为荣已极。乃锡封侯爵，世袭罔替；则不惟分所难当，深恐武夫福薄，弗克庇及子孙。前此在内大臣之列，蒙赐戴翎；自离阙下，梦想时萦。伏乞皇上收回靖海侯世袭之成命，仍恩赐戴翎，俾有生之年虽远在万里，犹如侍从班行，日觐天颜，臣颜足矣』。疏上，谕勿辞，余下部议。部臣言：『在外将军、提镇，无议准给翎之例』。上特旨赐戴孔雀翎，遣侍郎苏拜往福建与督、抚及琅议善后计。
时有议迁其人、弃其地者；十二月，琅疏言：『明季设澎水标于金门，出汛至澎湖而止；台湾原属化外，土番杂处，未入版图。然其时中国之民潜往生聚于其间，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年郑芝龙就抚，借与红毛为互市之所；红毛遂联结土番、招纳内地民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，海逆郑成功攻破之，盘踞其地；纠集亡命、胁诱土番，荼毒海疆、窥伺南北，侵犯江、浙。传及其孙克塽，积数十年；一旦畏天威、怀圣德，纳土归命。此诚天佑皇上以未辟之方舆，资东南之保障，永绝海滨之祸患；岂人力所能致！善后之计，尤宜周详。若弃其地、迁其人，以有限之船渡无限之民，非阅数年难以报竣；倘渡载不尽，窜匿山榖，所谓「藉寇兵而齎盗粮」也。且此地原为红毛所有，无时不在垂涎；乘隙复踞，必窃窥内地，鼓惑人心。重以夹板船之精坚，海外无敌；沿海诸省，断难晏然无虞。至时复勤师远征，恐未易见效；如仅守澎湖，则孤悬汪洋之中，土地单薄，远隔金门、厦门，岂不受制于彼而能一朝居哉！部臣苏拜、抚臣金鋐等以未屐其地，莫敢担承。臣伏恩海氛既靖，汰内地溢设之官兵分防两处，台湾设总兵一员、水师副将一员、陆营参