操江兼安徽巡抚。十五年八月，部议国柱任工部时监造干清宫工程不固，应革职；得旨：『追夺赏赉，从宽留任』。九月，以漕额全完，又捐赈宁国太平水灾贫民，加兵部尚书。
十六年二月，疏言：『海贼郑成功谋犯内地，臣膺操江重任，未敢刻忘戒备。如下江南岸圌山营、北岸三江营偪近海洋，洲港错杂；上之瓜洲、京口，人烟辐辏。漕粮数百万；由兹北上。海逆眈眈思逞，匪伊朝夕；臣数次巡视，凡烟墩、炮台、木楼，悉修整以资侦守。抽调操、抚两标官兵，随带战马、船只设防于瓜洲等处溢口，分班巡檄圌山、三江之界。谭家洲以北，则列巨缆横江；洲以南，则置木簰截留。谨以布置机宜及长江险要形势绘图陈奏』。得旨：『图留览；下部知之』。三月，调江宁巡抚。先是，正月，国柱疏劾按察使卢慎言贪虐在巡抚卫贞元纠参之后，奉旨回奏，以「司道未揭、百姓未控」申辩。下部察议：始即徇隐、后复巧言支饰，应草职；得旨留任。六月，国柱自江宁之苏州，抵镇江；「海贼」已陷瓜洲，国柱与提督管效忠率兵沿江堵御。贼众登岸，官军迎战失利，退回江宁；副将高谦等以镇江城降贼，国柱退驻常州，檄调崇明总兵梁化凤率兵四千赴援。七月，国柱进军丹阳，梁化凤趋江宁。会满、汉兵击贼溃遁，国柱即率标兵驰至镇江；遇贼，击败之。城中贼纵火乘船遁，遂复镇江。郑成功引贼船二十余将袭崇明，国柱遣游击刘国玉等趋崇明守御，檄梁化凤还镇。八月，疏言：『自江宁大捷之后，料贼必犯崇明，急令镇臣旋师；未渡而贼■〈舟宗〉大至。臣亲至七了海口，相度形势，海面辽阔，距崇邑二十余里，遥见施翘河等处贼■〈舟宗〉密布；即发各营兵船出口，拒贼于白茆。翌日，郑成功亲统大■〈舟宗〉二十余齐至崇明，上抵平洋沙、下至排沙，衔尾停泊；别遣兵数万登陆，竖木寨、云梯，用炮攻城。游击刘国玉等奋勇堵御，连败贼众；大军出七了口，贼乃南遁，获大炮、器械、船只、木寨无算』。得旨：『下部察叙』。十七年三月，论失陷镇江罪，应斩；诏从宽革职，籍没。十八年四月，国柱以镇江失守后即檄梁化凤军援江宁及崇明败贼事，列疏自陈；圣祖仁皇帝谕曰：『蒋国柱失陷地方在先，其后有效力立功之处，酌量官职补用』。九月，补右通政。十月，迁秘书院学士。
寻授山东巡抚。康熙元年，疏言：『登文两营岁需兵饷十五万有奇，坐派登州府属就近支领。自遭于七变乱以来，征输难继。请动藩库银五万两解运支应，俟催征补还』。下部议行。二年三月，疏报文量清出乐安、寿光等各州县欺隐迷失及混入民地之灶地共一千四百十一顷有奇，有自前明以来编入民粮者、有因人口俱绝报作迷失者；应撤出归灶。其民地缺额粮银，请于荒芜民地内劝谕开垦，补足完课』。从之，五月，丁忧回旗。六月，议叙国柱在山东察解逃入九百余名，加工部尚书，晋阶正一品。
三年六月，授浙江巡抚。四年三月，疏言：『杭州地狭民稠，无尺土不输将国课；驻防满兵樵采，未免病民。请于额饷之外，加给柴价银两』。部议：『各省满兵饷有定额，无支给柴薪之例。其兵丁樵柴，恐损民间桑树，令将军禁止』。五年三月，疏言：『浙江宁、台、温三府，频经海寇自顺治十八年间迁沿海居民于内地，树桩为界以杜通海之奸，而患始息。其界外丁田钱粮，已于康熙元年题准蠲除。界内荒田，招垦九万余亩；尚有水冲沙压一十六万二千一百余亩旧课未除，莫敢承佃：此界内土田之无征也。界外虽经蠲除，尚有匠班、渔户等课不入丁田，失于开报。今海禁既严，片板不许下海，匠户、渔户逃亡，税课叠欠：此界外田土之失报也。今勘丈属实，合界内、界外，请蠲银一万五千八百余两、米二千二百余石以苏民困；仍将界内田地设法招垦，俟三年成熟起科』。又，请捐仙居、临海二县续报荒田无微银五千四百余两。又奏：『台、温等六卫所及归并县征之金乡、海门等四卫屯粮蠲除军兴时加增银数，照旧额征输；内有积欠金乡改入平阳界外屯田无征银三百二十余两，并请捐免』。俱下部议，从之。四月，疏言：『处州一郡僻处万山之中，叠石为田，水旱易困。前明即遭寇虐，至顺治十五、六年始尽减除丁户凋零，岁税缺额。统计丽水等九县荒田三十九万五千三百余亩、荒地五千八百余亩，每岁无征银三万二千余两、无征米二千四百余石，积下未完正项钱粮十余万两。自顺治十六年以来，县官因钱粮被参降革与忧郁身亡、愤激自经者，计三十余员；催科计拙，官民交困。请全行蠲免逋欠荒额，责令道、府、县招垦，照例起科』。得旨：『丽水等九县田土荒芜，钱粮叠欠，经征县官被参降革、亡故至三十余员，巡抚以下官平日所司何事？着明白回奏』。于是前任巡抚朱昌祚、总督赵廷臣皆奏言：『向以处州田荒赋欠，屡檄清查实荒田亩确数，实因处属田段零星，崖榖溪涧按弓积步，未易科算。且数年间印官缘逋赋降革、死亡者多，册报不齐，未经题请。今丈量确实，应如国柱奏捐免』。并下部议行。六年九月，自陈求罢。下部议：『国柱莅任以来，于地方事务颇有勤劳』；诏照旧供职。七年正月，疏言：『部议裁守、巡各道一百八员，以为