年，上以皇太子将出阁，召公为礼部尚书，管詹事府事。民聚哭辕门外，叩留公，又设匦敛钱为路费，将诣阙保留公；公出示晓谕，乃止。既行，遮道焚香送者无虑数亿万，踰千里不绝；公渡淮，乃返。国柱使人觇知之，更大愧；而忌公益甚。
公至京，入见；上命公坐，问途中年岁若何？公奏凤阳灾状，且言『徐州饥，入春尤甚』。上遽遣学士麻尔图赈之。自是廷议，上必问汤斌云何。诸大臣所奏，公未及知者，必访公然后行。于是明珠、国柱愈畏公，恐公发其阴私；而议下河事，与公不合，尤患公。下河者，山阳、盐城、宝应、高邮、江都、泰州、兴化地卑下，上流清口日淤，淮水溢；总河靳辅素出明珠门下，用幕客陈潢计，多设减水坝泄之。海口沙壅，水不能尽出，七州、县田庐尽没水中。上南巡，舟过高邮邵伯，悯之。御史李时谦请浚海口以出积水，上命尚书伊桑阿、萨穆哈往视。还奏：当如御史言。廷臣请命辅，上以命安徽按察使于成龙。寻因廷臣议，命成龙受辅节制。辅以己乃河臣，开海口而成龙董其役、己仅综理之，不悦。成龙议需银八十余万两，辅益愠；陈潢代辅草疏万余言以难之。其略曰：『海口高于内地五尺，疏海口则引潮内侵。请先筑一丈六尺高之堤，束内水高一丈，尽毁减水诸闸坝。建二大石闸于高邮邵伯，泄洪泽湖天长、盱眙之水使入堤；又建二大石闸于白驹场南北岸，束堤内之水使入海：共需银二百七十八万两有奇』。又请：增设官二百七十余员任其事。上命廷臣议，廷臣是辅言。上召辅及成龙至，成龙力排辅议，廷臣复多右辅。上讯淮、扬人官京师者侍读乔莱等十一人；皆言：『陛下行救民之事，靳辅建害民之议，断断不可行者有四』。上命尚书萨穆哈、学士穆成额会公及总漕徐旭龄再勘，兼询七州、县耆老。高邮、兴化民有受辅嘱者，言『开海口多损人庐墓，愿罢工』！公曰：『工不可罢也。上水日增，下无所泄，不十年无淮、扬矣；尚何庐墓可保乎！今两府灾粮尽蠲，所余不满三十万。不若尽乞与民，令民自开；开一尺有一尺之益，开一丈有一丈之益。不作大举、不设多官，州、县官督之便』。萨穆哈、穆成额曰：『公言良是』。第奉诏，问『民疏中，又可入公语耶？某归，当为公面奏之』。二人还，匿公语不奏，但言耆民愿停工役；上命暂止之。及公至，入见；上问公，公对如所语萨穆哈、穆成额者。上诘问二人，二人皆输伏；乃罢二人官，发帑金遣侍郎孙在丰浚之，而命廷臣议塞减水坝。廷臣言必不可塞；上问公，公对曰：『臣闻旧时止有四坝，今增至三十六；不塞，则水势分散，河流缓弱，河底必高』。国柱曰：『减水坝，明臣潘季驯成法』。公曰：『靳辅今与季驯不同；季驯减水坝放水出海，靳辅减水坝放水入田。塞之便』。其冬，下河水骤长数尺，在丰奏请闭诸闸坝。廷臣议召在丰及辅；上曰：『在丰不必来；在丰不能与辅抗明矣。永闭闸坝，在丰岂敢轻言；在丰所请，不过欲上河不放水耳。假令辅治下河，上流不塞，能于巨浸中从事乎？辅前欲闭诸口，今在丰为之；又云不可，岂非有意阻挠耶！其召辅来京，朕面问之』。辅至，言高邮坝可暂塞、高家堰坝不可塞。公言：『不塞，则七州、县水无所归，将来漕运亦大可虑』。辅曰：『下河浚，恐海水倒灌』。公曰：『海之潮汐，犹人之呼吸也。平日海潮所及，原不甚远；逆入者，江河水为海潮所涌，非海水也。飓风海啸，非常灾异；岂可预订』！上曰：『下河浚，海不内灌，朕可以理必之』。命廷臣再议；复俱以辅言为是。公语辅曰：『昔潘季驯用高堰偪淮刷黄，不敢轻开尺寸者。今开六坝、二闸矣，更加三十六湖之水尽注漕河，又开一百余丈之滚水坝泄之，独不思下河之地有限、上流之来水无穷，以有限之地供无穷之源，二、三年间黄水、淮水、三十六湖之水停蓄泛滥，一线漕堤，势必大坏。开海口、治下河，救七州、县民命，亦实为漕运久远计也。公所以坚执不移者，不过以开闸、开坝费帑金无算。今日可塞，昔日何以误开？恐有议之者耳。夫治水如治病，因病立方，补泄随时；不得以后日之用补，咎前日之误泄。又安用固执乎』？明日入奏，辅言：『南坝塞，恐淮水弱，不能引入清口；黄水弱，反逆灌入淮河』。上曰：『淮水不弱；或河南水少，以致淮弱耳。若塞高堰六坝，黄水岂能逆入耶！今欲浚下河而不塞高堰六坝，所谓「不揣其本而济其末」，何益』！辅语始塞。上发议时，廷臣悉主辅，惟通政司参议成其范、科道王又旦、钱珏主成龙；后不敢坚对，余皆莫敢异。自公还朝，终始与辅抵牾；上卒从公言，闭高堰六坝。明珠、国柱愈恶公，辅亦比而与公为仇，谋去公甚力；然以上知公深，无奈公何也。
春旱，上求直言；五官灵台郎董汉臣上书言十事，语侵明珠。朋珠惧，欲囚服待罪；大学士王某曰：『何必然！汉臣，小臣也；敢言国是，直以妄言戮之耳』。御史某闻之，劾汉臣希富贵；且言汉臣不知书，必有代草者。国柱时已为大学士，请命刑部究主使；上遣问九卿，公独白汉臣无罪。内阁传旨令九卿更议，国柱目公曰：『幸勿违众』！公曰：『汉臣应诏言事，何罪？大臣不言而小臣言之，反罪言者耶』！举手指心