炮、器械甚多。
十四年二月，疏言：『臣统师衢郡，日夕对垒；凡筹画战守、接济刍粮、策应调遣，时刻勿遑。军机紧要之事，万不能辍；更无暇晷鞫理盗案。且臬司驻劄省会，解审既虑疏虞，核驳又恐迟滞。乞敕归抚臣就近覆审，径行题结』。又疏言：『凡城乡盗案，专汛、兼辖武职有住俸、罚俸、降级之例，所以责其督缉逸盗也。今用兵之际，或本汛防剿、或调遣随征，业已披坚执锐，展绩封疆，不能分身缉盗；俸银停支，情属堪悯！宜破格开复，以示恩养将士之心』。又疏言：『金、衢、台、严、绍等处贼寇屡经征剿，附从乌合之徒渐已解散，仍复故业；臣饬所在官吏安集抚绥，俾投诚众多。惟贼寇蹂躏之地，一望萧条，啼号载路。即如衢州近城，难民见有九千七百余口；其散处各乡者，尚不可数计。臣与府、县官虽捐赀量给，要不过涓滴之微。请于布政司所收捐助军需内，动支散给』！诸疏下部议，并从之。时贼帅马九玉、朱怀德等踞江山、常山、开化三县，于溪口、清湖、大溪滩、茅村东南列贼营四，又列营前岭以联络东南各贼巢；且散布处州、金华山榖，四出窥犯。李荣、陈世凯、王廷梅等分路搜剿，所至大捷。五月，之芳与赖塔议乘连旬大雨、河水泛涨，由南塘捣贼前岭，阵斩七百余级，坠崖落水死者无算。
十五年三月，遣将由遂安截贼后路；连破贼寨，复开化县。疏言：『衢州控贼要害，满、汉官兵擐甲枕戈已踰二年。因浙省处处用兵，分布各路，以致兵力不敷。前此专望一处扫平，便可并力攻取，直捣仙霞。不意各路寇氛虽屡经剿创，尚未扑灭；江西广信各逆，又出没常山、开化，欲与马九玉贼营联合。在衢州满、汉官兵，仅能堵御；若欲急图灭贼，非厚集兵力不可。目下贼势，断不能窥犯江南；宜酌调松江、崇明提标兵五、六千赴浙，听大将军康亲王调度，并力进剿』。疏入，上命康亲王于浙省分驻兵酌调统率，谕之芳议定由何路进剿。之芳疏言：『自耿精忠叛变，分遣贼众一由衢州、一由温州、一由处州三路入犯；兼以海洋贼舟往来牵制，而且广布伪劄、煽惑人心，不逞之徒所在蜂起。官兵各路堵御，屡奏捷功；而负固抗逆者，尚有温州之曾养性、祖宏勳、处州之连登云、徐尚朝、沿海出没之熊进学等。因衢州向为入闽大路，劲卒毕集；今必先由衢州进击，歼其精锐，则诸路之贼自然瓦解。逆贼马九玉、朱怀德等见在深沟高垒，死守河西；然其南则江山、西则常山，皆可以间道截其粮运、断其归路。我兵一进，使贼首尾受敌，势难仍保巢穴；从此，八闽可奏荡平矣』。疏入，从之。八月，康亲王抵衢州，与之芳及赖塔议先断贼饷道，以夺河西贼势；遂进兵大溪滩，复江山县，马九玉弃营遁。之芳遣副将马化龙、参将阎进、赵得寿率兵随赖塔进剿，降伪参将金应虎等，克仙霞关。康亲王进定建宁、延平，将至福州，耿精忠率众降；贼之在温州、处州者悉解散。伪总兵马鹏、汪文生、陈山、伪将军程凤等犹分踞江西之玉山、铅山、弋阳、德兴等县，之芳奏请会剿；得旨俞允。而江西兵方以御吴三桂逆党于吉安、袁州，不遑东顾；之芳遣兵，一由常山进剿玉山、一由开化进剿德兴。十月，攻克玉山城；汪文生潜遁。十一月，破贼木城六，自白沙关趋德兴，连克贼寨十有三；擒马鹏，械至衢州斩以徇。游击郭守金等复铅山、兴安、弋阳、贵溪等城。上嘉之芳遣兵剿贼邻省、恢复城邑，调度有方；下部议叙，加兵部尚书衔。
十六年四月，遣参将蒋懋勳等剿贼于玉山之椒岩洞，伪总民陈山率众出降。先是，马鹏就擒，汪文生、程凤俱乞降。俄，程凤病死，其妻王玉良以伪「扬烈将军」印，籍所属六万七千余人就抚。而伪总兵林尔瞻拥众数万，以铅山、上饶与福建光泽县错壤之石垄地为巢穴，恃山险崎岖，招之弗出。之芳令蒋懋勳等由铅山进剿，分扼要隘，率数骑入寨慰抚；乃挈伪官百余、兵二万余出降。别有伪都督李日生、伪提督洪成龙分距玉山之八仙洞、老鼠洞，出掠子午口；十七年三月，蒋懋勳等击贼子午口，斩级数百。之芳复遣参将阎进会剿，克八仙洞、复克老鼠洞，各斩贼千余，毁平贼寨。
时「海贼」郑锦尚踞闽境，设五镇；其伪总统刘国轩、朱天贵等纠集贼众，乘船窥伺濒海郡邑。之芳檄各营汛严密守御，象山副将汪国祥等败贼于庙岭湖边。贼复犯温州各汛地，皆有备；击毁敌船，溺死者甚众，伪副将詹天枢杀贼将麦仁赴总兵陈世凯军前归顺。十八年冬十二月，令定海总兵牟大寅率兵巡海，见岛屿而木城、草屋者悉焚毁搜斩；又令游击卫圣畴等更番出哨，遇贼孝顺洋，斩伪参将童耀等及贼兵三千余，毁沈十九船，获十五船并器械、伪印劄以还。
二十年七月，疏言：『浙省上游险要，莫重于衢州；而衢之恃为咽喉门户者，莫重于仙霞一关。自康熙九年拨旧驻江山之枫岭营归闽省总兵官，于浙不相统辖；迨闽中变乱，致仙霞天险反为贼踞，声息不通，寇兵遂得深入。仰赖天威，扫荡恢复，以浙省官兵驻守。近见福建总督姚启圣请设枫岭营，隶闽省。伏思守关之法，应从内以控扼于外，未有反借外以遥制乎内者！宜设左、右两营，左军守备以下，闽省支饷；右军守备以