统兵赴隆德，进剿底店贼，马文熹率众降；由双岘小路至贼卡，立卡进偪。七月，率兵筑卡及壕，断贼水道，围益急；贼思扑卡窜。阿桂命参赞海兰察设伏于隘，福康安往来督战，歼贼数千，遂破石峰堡，生擒贼首张文庆等；晋封嘉勇侯。五十年正月奏：『回民习武者多，而习文应试者少。当使沐浴诗书、通知礼义，训其桀骜之气；既可化其顽梗之风，则教导回民洵为善后要务。请于循化厅设学校，以资训迪』。上嘉之。七月，转户部尚书。
五十一年，转吏部尚书、协办大学士。奏修宁夏各渠以兴水利，从之。
五十二年，台湾逆匪林爽文围嘉义县；七月，命福康安为将军，偕参赞大臣海兰察往剿。十一月，渡鹿仔港。登岸后，由新埤进兵援嘉义，遇贼搜剿；至仑仔顶，贼于竹围中突出抵御；福康安令兵屹立勿动，率巴图鲁侍卫冲入贼中，败之，攻克俾长等十余庄。会天暮，雨大至，战益力；复克北社尾等处。疾驰至县，慰抚毕，尽运所得贼粮入城，以助民食。围既解，追贼至大排竹，决溪水渡兵；悉焚贼寮，余匪皆歼焉。谕曰：『福康安调度有方，振作士气，克敌致果，迅奏捷音；着封一等嘉勇公，赏红宝石帽顶、四团龙补服以示优异』。初，嘉义被围时，提督柴大纪奏「城中食尽，竭力死守」；蔡攀龙奏「督兵赴援，杀贼通道」。至是，福康安劾攀龙「损兵多而围不解」；大纪「赖众民一心奋勉，以保孤城」，又「军饷未绝，所言诡诈不可信」。上以二人守战有功，恐因提督大员屡经恩旨褒嘉，或稍涉自满，在福康安前礼节不谨，致为所憎，遂尔直揭其短。会浙江钦差成德以柴大纪骫法牟利状上闻，上曰：『柴大纪贪纵不职、酿激事变，福康安前次奏到之摺，竟未言及，只含糊其辞，实大不是；岂欲待朕自为揣度！即着传旨严行申饬』。十二月，剿城西大仑庄；又焚城东兴化店及员林贼庄，督兵剿北路。时贼据大浦林、中林、大浦尾三庄，分兵三路并进；贼同时溃。又破庵古坑贼目蔡福栅，收复斗六门；抵水沙进，贼已遁；进攻大里杙贼巢，获贼目数十、贼党二百。贼首逃入番社，未获；擒其家属。初，福州将军恒瑞拥兵盐水港、不救嘉义，妄请益兵；上命福康安劾之。福康安袒恒瑞，奏不以实。五十三年正月，谕曰：『恒瑞自台湾带兵赴援，观望迁延，种种玩误；又妄行奏请添兵，张大贼势。若治以摇惑军心之罪，即应按照军法立斩。朕因念恒瑞年轻无识、且系宗室，姑援「议亲」之条，不即置以重典。乃福康安节次奏到之摺，曲为庇护。且屡经令福康安向恒瑞严诘「妄请添兵、摇或军心是其首罪」；乃福康安并不问此一条，转为之多方开脱。且称其打仗奋勉，仍请留于军营。其意不过遇有带兵打仗，既将恒瑞铺叙功绩，冀朕加恩录用；岂能逃朕洞鉴！福康安由垂髫豢养，经朕多年训诲，至于成人；今甫经委任，畀以军营重寄。即见在剿捕贼匪、攻克贼巢，皆朕指授方略、再三训示，将士等踊跃用命，始能所向克捷。今甫经解围得胜，朕即优加奖赏；福康安自当倍加奋勉，迅速擒拏贼首，克日蒇功，以期承受恩眷。乃竟敢藉此微劳，袒护亲戚；此等伎俩，岂能于朕前尝试耶！本应从重治罪；因念其见在带兵剿贼、业经攻克巢穴、拏获逆匪家属，姑从宽免其深究。着传旨严行申饬』。寻统兵由内山搜至打铁寮及鲰骨、合叹诸社至极北之炭窑，分兵截海口及各要隘，使不得遁；仍恐贼首见追急自戕，密令巴图鲁侍卫十人及屯练兵数百易装入缉，生擒林爽文于老衢崎，俘献京师。上念福康安功，亲解佩囊赐之。二月，督兵至南路，由湾里社剿南潭、大穆，杀散村寮、水底等贼党；令福州将军常青增兵严守诸海口。追贼至极南之琅峤，谕柴城陇峦居民伪留逃贼，以防惊窜；分军水陆并发。至柴城，陆路军队伍进至海岸，执凶渠庄大田以献，悉除余党；台湾平。谕曰：『福康安此次前往督办剿捕事宜，遵照节次指示，调度有方、用心周密，真能不负任使；朕为嘉许！着赏黄腰带、紫缰、金黄辫、珊瑚朝珠，用示优异』。又命于台湾郡城及嘉义县，建生祠塑像。又绘二十功臣于紫光阁，御制赞曰：『金川领兵，已着伟名；几处封疆，吏肃政成。解围擒逆，能人不能；崇封殊爵，嘉尔忠诚』。六月奏：『熟番募补屯丁，应按番社酌挑，令就近防守，设屯弁以辖之；给近山埔地资其养赡，免其徭役。清厘所垦田，以定界址；点验所制器械，以备稽核』。又奏善后十六事，其要在于习戎事、除奸民、清吏治、肃邮政。上皆从之。十一月，调闽浙总督。
五十四年正月，调两广总督。二月奏：『安南阮匪复纠众滋事，若俟奉谕旨始起程，则行已缓，心实不安。已赴漳、泉阅兵，俟再得粤中信，即兼程前赴粤西』。谕曰：『孙士毅前于黎城退出之后，朕以闽、粤境壤毗连，福康安得信必即奏请前往；早向军机大臣言及。今福康安果有此奏，不出朕之所料。福康安秉性公忠，能视国事如家事；其才猷识见又能明敏周到如此，方不惭为休戚相关、实心任事之大臣』。四月，奏安南阮光平恭顺输款，不必用兵；上允所请。六月奏：『蒇兵后，应以馗纛营辖镇南关汛，增兵巡察沿边各隘口；排栅开壕，禁防出入，以杜偷越。有内地人与夷人联