潘各营都司以下，均听节制』。十二月，回京，任工部尚书。三十年正月，上南巡，命留京办事。闰二月，乌什逆回赖和木图拉作乱，命赴伊犁办事。三月，命驰至乌什，与将军明瑞协力攻城。五月，贼出劫营，我兵击败之；赖逆中箭死，众伯克复推额什木拉图为首以抗我师。六月，阿桂设伏，督将弁往来冲击；贼据城死守，我兵持云梯登城，亦不克。贼粮尽计穷，屡有密约出降者，贼渠悉囚之。八月，贼内讧，有沙布勒等擒额色木拉图以献；乌什平。奏至，上以阿桂等剿办迟延，示怯损威；获犯后，又未确讯起衅缘由，草率错谬：交部严议。寻议革职；命从宽留任。十一月，命驻雅尔城。十二月，上以阿桂办理乌什事务毫无章程，革尚书任。三十一年五月，上以伊犁生齿日繁，筹办安置事项，须有准则可垂永久；命阿桂回伊犁，与明瑞协同办事。七月，奏『雅尔城距牧场遥远，近城地亩不敷耕种；查有楚呼楚地方田土膏腴、形胜亦便，请移雅尔城于楚呼楚』。从之。三十二年二月，授伊犁将军。九月，奏雅尔地方未设驿站，请由楚呼楚至乌尔图布拉克地方设台三座；下军机议行。
三十三年二月，授副将军，命偕经略大学士傅恒、副将军阿里衮进剿缅甸。四月，授兵部尚书。六月，授云贵总督。三十四年，罢总督任，以副将军专办军务；寻授正白旗领侍卫内大臣。八月，谕曰：『阿里衮、阿桂进兵野牛坝，阿桂见事较为敏捷，所有诸事主见决断，朕皆责成阿桂；当竭力抒诚，妥协为之。九月，大兵收服猛拱，阿桂进滚弄；奏言：「俟经略傅恒到时，即进攻老官屯』。十月，奏军营粮不敷食用；谕设法办理，毋再坐待内运。又谕曰：『阿桂诸事畏怯，此次进攻猛密，岂伊一人所能胜任！着革去副将军，授为参赞大臣』。十一月，以阿里衮病故，仍授阿桂副将军。寻奏：『傅恒染瘴，见患腹泄』。上以老官屯水土恶劣，官兵不耐瘴疠，命傅恒回京，留阿桂筹办撤兵事宜。是月，缅酋遣头目齎书诣军营投诚；奏入，谕曰：『懵驳乞降，如果愿为臣仆、纳贡输诚，则缅地皆我版籍，贸易无妨相通。倘仅求撤兵、未请纳贡，通商断不可行』。十二月，授礼部尚书。三十五年，上以缅酋奉表纳贡久未至，情伪殊不可信；屡饬阿桂整备边防事宜。时木邦蛮暮土司及孟连土目等虑为缅夷所害，求安置内地；阿桂疏言：『永昌大理、蒙化地方有旧存马厂官庄田，可以拨给；请附近安插』。从之。二月，兼授镶红旗汉军都统。三月，阿桂遣都司苏尔相齎檄至老官屯交缅夷头目诺尔塔转递阿瓦，缅人拘留之；并给回文，请还木邦等三土司。上以阿桂等遣使失当，又撤兵时办理匆遽，为敌所轻；革退其子阿迪斯、阿弥达官，阿桂交部议处。六月，奏请派兵三千分驻陇川、遮放，至冬袭取猛密；谕曰：『此次进兵，意在惩创，使人警慑国威，非利其土地。宜相机行之』！八月，部议上；谕曰：『阿桂办理军务，一味取巧，屡加宽宥。此次部议革任，难以再为曲贷。所有领侍卫内大臣、礼部尚书、镶红旗汉军都统，俱着革去；以内大臣留办副将军事务，令其自效』。三十六年二月，奏『缅匪狡猾已极，应于今年大举进剿，请入觐面陈机密』。上诘责之。阿桂复以筹备军粮各条胪奏；上以大举断不可行，又复饰词渎告，令革任，仍留军营效力。
九月，命随副将军尚书温福赴四川效用。先是一年，金川酋郎卡故，其子索诺木夜袭革布什咱土司，据其寨落；而小金川酋泽旺之子僧格桑亦与鄂克什构衅，并侵扰明正土司。四川总督阿尔泰调兵进剿。至是，上以阿尔泰办理年余，不能克期蒇事，宜集大兵分路击之；故有是命。十二月，命署四川提督；攻克巴朗、拉达木、巴宗各寨。三十七年二月，攻克资哩山，进克阿喀木雅；会松潘镇总兵宋元俊亦收复革布什咱。两金川势日蹙，于是合谋以抗大兵。上以两酋同恶相济，罪在必诛；命温福等三路进兵。阿桂自西路阿克木雅进攻喇卜楚，克之；又攻夺普尔玛寨，进偪美美卡。小金川酋泽旺遣人诣军营，以伊子僧格桑获罪天朝、不敢亲来，先遣人谢罪；而金川酋索诺木亦遣人投禀，愿为小金川与鄂什克讲和，令僧格桑退还鄂克什侵地、令泽旺率其子僧格桑诣营请罪。奏入，谕曰：『金川酋狡诈百出，今虽力竭计穷，吁求免死，能保其永不复反乎？宜一并擒获，两金川地方全行平定，以靖边徼』。是月，授参赞大臣。四月，谕曰：『顷令丰陞额往阿桂处，协同攻剿。伊系御前大臣、领侍卫内大臣、尚书，奏事列名应在阿桂前；但阿桂历练军务，着阿桂列名在前，丰陞额不可稍存意见，致有掣肘。阿桂亦须和衷办理，期于军事有益』。五月，总督桂林在墨垄沟失利，革职逮问；命阿桂驰赴南路接剿。六月，抵卡了军营；奏『西路军营以鄂克什为正路，而曾头沟为协剿之师；南路军营以卡了为正路，而绰斯甲布、革布什咱为协剿之师。今卡了一路再得多兵捣其西南，犄角之形既成，贼腹背受敌，必难支御。所有续调官兵，请添派南路以资进取』。八月，奏『甲尔木山梁偪近金川，为进取僧格宗要路；由墨垄前进，山形虽险，至山顶道路较宽。前次失利后，贼必骄怠；正可乘其不备，迅击之。随派弁兵分防各隘口，并调派侍卫、镇