察库项被窃，降调。七月，补吏部员外郎。
十三年正月，随兵部尚书班第赴金川军营办事。是年冬，经略讷亲、总督张广泗坐贻误军机获罪，提督岳钟琪劾阿桂勾结张广泗朦蔽讷亲；奉旨逮问。十四年六月，谕曰：『阿桂年少无知，自干罪戾，固应按律重惩。但其获罪之处，与贻误军务者有间。伊父阿克敦办事勤勉，高年仅有此子；着加恩释放』。十五年四月，授吏部员外郎。十六年十月，仍在军机处行走。十七年正月，升郎中。十一月，升江西按察使。十八年三月，授内阁侍读学士。
二十年四月，擢内阁学士。是时大兵征准噶尔；六月，命赴乌里雅苏台办理台站。二十一年，丁父忧，回旗。六月，署镶蓝旗满洲副都统。七月，谕曰：『青滚杂卜遣人至乌里雅苏台煽惑喀尔喀等，着舒明会同亲王成衮、札布德、沁札布等相机查办；再着阿桂速赴军营，协同办理』。九月，授参赞大臣。十二月，以北路军务大臣应分驻地方办事，命阿桂驻科布多。是月，补镶红旗蒙古副都统。二十二年正月，命仍留乌里雅苏台办事。八月，授工部侍郎。十月，命仍赴科布多办事。二十三年三月，上以定边将军兆惠奏辉特贼人舍楞将入鄂罗斯，命阿桂行知领兵大臣和硕齐唐喀禄留意截擒。五月，奏『舍楞遣人约降，和硕齐唐喀禄领兵往会，为贼掩袭，见已领兵前往策应』。谕曰：『阿桂闻我兵为舍楞所诱，即领兵策应，甚属奋勉；着赏戴花翎。逆人狡诈如此，传谕策布登札布乘其未入鄂罗斯境，领兵速进，与阿桂合力攻击』。六月，奏『臣询问舍楞处逃出之额鲁特额勒椿，谓舍楞不能入鄂罗斯，将由哈萨克逃往土尔扈特；或又不达，恐复回准噶尔。当即派兵在彼守候，探取实信；若已入哈萨克，即带兵索取，候其擒送』。上以阿桂观望迟延，严饬之。七月，谕阿桂不必回科布多，即来京请训。十月，回京。十一月，命仍赴西路与副将军富德合兵追剿准夷余孽。二十四年五月，命往霍斯库鲁克，同副将军富德剿办逆回霍集占。八月，追贼至阿勒楚尔，又追至伊西洱库尔诺尔，回众乞降，收获贼众万二千人、军器二千余件、驼马牛羊无数；霍集占遁走，拔达克山。是年，回部悉平。九月，上以阿克苏新附，为回城要地；命阿桂驻劄办事。十月，奏『查看阿克苏牧群牛羊，除解往叶尔羌外，请将见存牛羊为伊犁驻防兵来年行粮之需；已令该管官加意牧放，以济军需』。十一月，奏将军兆惠经过阿克苏会议伊犁驻兵及迁移回人屯田事宜；谕曰：『屯田回人需兵弹压，自阿克苏至伊犁安台传事声息相通，最关紧要。阿桂即领驻防兵丁护送回人往伊犁，管理屯田事务』。二十五年二月，谕曰：『据阿桂奏伊犁所派屯田及阿克苏调兵兼办吗哈沁各事宜，甚属勇柱可嘉！此时自以屯田为要务。阿桂着专办耕作、营造诸事，务使兵丁、回人乐于从事』。三月，谕曰：『阿桂奏伊犁河以南有地名海努克，水土沃衍；请于此处先行屯种。所办甚是！果能实心奋勉，则屯田一事当录伊经始之功也』。七月，加都统衔。九月，奏筹办伊犁耕牧、城守各事宜：一、增派回人屯田；一、增派官兵驻防，协同耕种；一、增派官兵，随时酌量定数；一、次第建置城邑；一、预备屯田官兵、马驼。又奏：请定伊犁山川、土榖诸祀典。俱得旨允行。十一月，奏『伊犁土田沃衍，来年复添回人、兵丁屯种，收获益丰；军实既足，可无庸阿克苏接济』。报闻，并给优叙。是年，以西陲底定，图像紫光阁；御制赞曰：『阿克敦子，性颇捷敏；力请从戎，宜哉惟允！身不胜衣，心可干城；楚才继出，为国之桢』。二十六年四月，奏伊犁牧群蕃息，请停止内地购办。又奏招徕叶尔羗、喀什噶尔、阿克苏、乌什等处回人，添驻伊犁耕种。屡奉优旨嘉奖，授内大臣。六月，御书诗扇赐之；诗曰：典『属今时班定远，冠军昔日霍票姚；雪涂无藉持清暑，欲扇仁风万里遥』。七月，授工部尚书、议政处行走兼镶蓝旗汉军都统，仍留伊犁。是月，奏『伊犁、乌鲁木齐之间有玛斯纳库尔、喀喇乌苏、晶河三处，请各酌派屯田兵，人各垦地十五亩。晶河以西，归伊犁管辖；托克多以东，归乌鲁木齐管辖。』下军机议行。二十七年正月，疏定约束章程：一、甲缺宜均济；一、钱粮宜画一；一、员缺宜变通；一、产业宜均分；一、家口宜量给养赡。四月，奏『叶尔羌等城回人续请移驻伊犁者二百四十户，其年力强壮者给秄、牛，令往屯田；老弱者，交伯克养赡。幼者长成，补屯田之缺。并请于霍济格、巴克海努克分屯安插』。六月，疏请建关帝庙；以原任将军班第、参赞大臣鄂容安竭忠全节，请于庙后设位附祀。十月，予骑都尉世职。二十八年正月，回京；命军机处行走，赐紫禁城骑马。五月，上幸避暑山庄，命留京办事。六月，充经筵讲官。谕曰：『阿桂在军营殊为出力，且在伊犁办事亦甚妥协。着加恩抬入上三旗』。嗣是隶正白旗。七月，调正红旗满洲都统。十月，加太子太保。二十九年三月，署伊犁将军。寻调署四川总督。时金川酋郎卡与绰斯甲布等九土司构衅，阿桂巡边至杂榖脑，查阅营伍、体察番情，尽得郎卡狡狯怙恶状，并悉其山川形势；奏入，上嘉之。又奏：『松茂道有弹压诸番之责，请加兵备衔；自松