黄宗羲「谢时符墓志」：躬耕于柴楼之野。徐闇公、张子退避地海滨，与柴楼左近，款狎相过从，抵掌指画，继之以章皇痛哭。樵牧见之，不知此数人者一日而哀乐屡变也。
「镇海县志」先生传：闽溃入浙，结寨于柴楼。又张密传：从孚远至定海，共结山寨，及滃洲破，从亡。密独居浃口者有年。
洙按：先生集中有初至舟山诗，当作于此年。自注：张、朱二公重晤于此。首二句云：北来昌国晚，此地尚车书。昌国即舟山也。又按：黄氏「东井文钞」载孚远在柴楼事，与此略同。又张煌言有是秋九月陪安昌王诸人及先生登锁山和韵七律一首，见「苍水集」。
是年，为安南黎维佑之福泰五年。五月，该国正使阮仁政等候明使赍封印到关，乃由该国礼部尚书杨郡公阮宜、户部左侍郎阮寿春、佥都御史同仁派、户科给事中阮策显、提刑张论道、吏科给事中阮文广等迎至安南京城，行册封礼。
册文曰：朕惟帝王之兴，务先柔远；春秋之义，独奖尊王。昔我王祖疆理天下，海隅日出，尽入版图。惟尔安南，独承声教，礼乐衣冠，渐为风俗。其食国家之恩者百世，贻子孙之庆者数传。尔都统司黎祜贤良风昭，恭顺不懈，宜德服龙荒，而声驰象魏。当我隆武皇帝御极闽甸，尔独航海来王。惟国家不宝远物臣人享贽，祗嘉「事大」之诚。念要荒皆吾赤子，锡社分藩，所谓柔远以德。朕以神宗皇帝嫡孙，为四海臣民推戴，缵承大统，抚临万方。远慕唐帝协和之风，近想汉宣兼临之盛。值兹丑类犯顺，为我薄海同仇。楚、蜀之壮士云兴，吴、越之义旗响应。灭此胡虏，绥彼四方。嘉尔忠诚，深予眷注。是用遣词臣潘琦、科臣李用楫持节封尔为安南国王。呜呼！章服奉龙光之命，圭璧余燕翼之休。君尔国、子尔民，耕桑亦属帝德，荒服王宾，服享共球，无怠前修。朕惟汉家铜柱之封，永绥南服；夏后涂山之会，再见中原。钦哉（洙按：此文载安南吴氏奉其国敕编之「大越史记」全书。安南与朝鲜、琉球向为中国册封各邦中同文之国。朝鲜、琉球昔在其国，皆仅称王；安南则除职贡称臣外，独自帝其国中，盖又沿老夫佗窃号自娱之遗习。维祜为安南之真宗皇帝。其父名维祺，庙号神宗，在位二十五年，逊位于子。又六年而复位。此时尚系维祜秉政，维祺称太上皇，故「越史记」于前年书明使册封太上皇为安南国王，于此年使到，宣读册文。则仍书封黎祜，殆永历先拟封维祺，后查知秉政者乃维祺之子，故又改封维祜欤？至其国之官制，无一不仿中华。其进贡于中国，尊曰天朝。虽桂王之使，亦称曰天朝使。而其史于明人郡县该国时，又斥之曰「明贼」。至行受册封礼时，乃直书曰帝受明册封为安南国王。盖小邦史乘，据事直书，不复能存体统。然以视我中国历史之亡晋太后妾、大宋皇帝臣者，其称谓之离奇虽同，而荣辱犹或有间。观于越史之纪载，而愈叹有国家者之不能不自强也）。
永历二年（监国三年、顺治五年）戊子（一六四八），五十岁。
正月，鲁王在琅琦。传言唐王在五指山为僧（「东南纪事」）。
三月，桂王使林察谕成功；成功乃改永历年号，遣使称贺（沈云「台湾郑氏始末」）。七月，永历封成功为延平公（「明通鉴」）。郑彩杀大学士熊汝霖、义兴侯郑遵谦。鲁王移沙埕。御史冯京第如日本乞师（「东南纪事」，参「海东逸史」）。
冬，桂王遣兵复取湖南州县，议进兵长沙（「湖南通志」）。
是年，桂王奔南宁，又奔浔州，旋改次梧州。冬，金声桓、李成栋以江西、广东叛归明，迎王复居肇庆（「明通鉴」）。
永历三年（监国四年、顺治六年）己丑（一六四九），五十一岁。
正月，清兵入湘潭。桂王督师大学士何腾蛟死之（「通鉴辑览」）。
三月，张名振迎鲁王还浙，次南田。七月，至健跳。九月，至舟山。进张肯堂为东阁大学士，以先生为国子监祭酒。先生至舟山朝王。
十月，晋先生为左佥都御史。
洙按：「通鉴辑览」、「明通鉴」诸书均谓孚远以兵科给事中朝王于舟山，晋左佥都御史；「明史纪事」、「镇海县志」亦称在舟山授左佥都御史，而不记年月。「海东逸史」又系之次年九月，称授国子祭酒。「定海厅志」于本年一年中载鲁王以先生为祭酒，又于别条下载以先生为左佥都御史。详考各书误处，证以当时官制，则祭酒在当时与左佥都御史同品而分正、从，孚远必系先授祭酒，闻命朝王，因而晋授左佥都御史。知此，则各书之异辞者可以核矣。
附敕：皇帝敕谕台臣徐孚远：朕惟中兴启运，必有名世之臣，共翼王室，并济艰难，削平祸乱，绥定土疆。上天生才，原深简在。今国家多难，中原未靖，残虏外骄。朕宵旰竞惕，日翼尔封疆诸臣，锐奋匡扶，同仇光复，慰朕殷忧。咨尔孚远，先朝名硕，夙着忠贞，与勋臣鸿逵、国姓成功数载同心，绸缪海上，戮力疆场，矢忠王国，朕心嘉尚。兹特颁敕奖劳，命主事万年英赍赴军前，