杀十二人，欲为兴兵报复；其气甚锐。内忧外患，萃于一时，亦甚费手矣。余再四开导，夷酋欣然而去。阅日，吴子俊自彰化亲解伪大都督赵戆来郡，即属其前赴学甲调和黄西春与新左营毛副将惠德等。二十一日，得报学甲拏得正犯四名，诛之；官威自此伸矣。二十三日，复得西春书，与吴子俊、邓子敬攻破沤汪匪庄，获贼甚伙。阅日，又攻西港仔匪庄，得着匪一名；立诛之。
四月四日，西春等自学甲撤队回。成「剿办土匪奏稿」。是时久雨，心常郁郁，默祷于天；至二十二日，始得放霁。二十四日，奉去冬批折回，尚蒙奖借。次日，于「剿办土匪奏疏」外，作附片稿。是月，新任吴督派人来台密查，余置若弗闻
五月二日，拜发「修造战船拏办土匪」并「自陈办理情形」两折、一片。十四日，作「合众国兵船至琅娇报复生番奏稿」。是日，接行知，奉旨加按察使衔。次日，即作「谢恩奏稿」。接寿山、筱涛书，两院新来，于前任事大有更改。是时，全台绅商知省中大吏意在报复左公宿嫌，因为牵制鄙人之计，知余有意求退也，合辞胪余治绩，赴省吁留；余峻却之。十四日，澎湖绅士以赈济迅速、民沾实惠，台商以土匪敛戢、商旅畅行，来送牌、伞。近日又伤亢旱，恐误晚稻栽种；正拟设坛祈祷，次日大雨连绵：天人相感之理如此，益用寅惕。成「台阳书事」五言古诗一首。每日十一月，新添诗课，皆面试，亲为指点；自此台湾诸生诗学大进，差为一快。及见省中举动，畏夷如虎；而于贪鄙昏愦之夫，无不奖进：又不禁为之闷闷也
七月二十二日，奉到六月十二日批折。二十九日，作「早稻收成」一折、一片奏稿。
八月初九日，奉到「洋番交涉」批折回，而李领事亦至。吴制府以余前书力陈生番不可剿、夷人不足畏之状，大怫其意；奏明责成镇、道办理。是时，余早图引退，坐此羁绊，未便上陈。乃谋之刘简青（明灯）镇军，与督委前镇曾辑五（元福）、台防王柳庄（文棨）会同领事李让礼前往图之；而自留镇守全台，并为筹划军饷。二十日，成「寄周寿山」七言律诗一首，又成「送刘个亭」七言绝句一首，并上「乞病」之禀。其时，天热事逆，体已惫矣；成五言律诗一首。
重九日，送黄西春之鹿港厅任，成「送行」五律四章。十三日，余峙亭来自艋舺，述及沪尾何酋为霖凶横，谋夺樟栳之事；紊乱二百年军工厂旧章，殊堪痛恨！然大吏畏夷，无如之何。因默授机宜，令峙亭回艋相机图之，以求保全地方；匪直樟栳一事巳也。连日外间议论琅娇一案，李酋反为番子求和，而刘镇不允；余正忧其贪利忘害。十八日，简青移军大绣房庄，以剿、抚两策相决；余乃手陈「不可剿」五条以覆之，力主和议，祸福愿独肩之。次日，曾辑五书来，洋番和议已定局矣。未三日，而督、抚密函谓「布国有轮船于同治三年在台湾梁各口遭风失浅被抢，人赃未获；欲仿照美国琅娇故事，愿以兵船助剿来相恫愒」。毋论此案已据前台湾府陈芍亭（懋烈）查覆「并无「梁各」地名，亦无布国洋船被抢之事」；就令有之，何以事隔三年，复翻成案！夷人之狡悍固可恶，而大吏之巽懦更可耻也！
十月朔，王柳庄自琅娇回，述及李酋颇有勾结生番，贿通闽、粤客庄之事。余早逆料及此，曾致书柳庄设法破之；柳庄能从吾言，未堕李酋之计。若简青一味主剿虽系虚声，然生番与客庄愚而昧事，必真以为官兵不能相容，反不如夷人之爱我；其后患乃更大耳。日来省中小人藉端倾陷情状大露，而台中巧滑从而应之；悲悯之怀，恨不获质诸彼苍！否则，将挂冠而去矣。二十五日，自定「旌表节孝奏稿」。盖举报节孝，例由督、抚、学政会题；余悯台俗淫佚，故破例由台径奏，以省经费而期迅速；有裨与否，不敢计也。欲上第二次「乞病」禀，而前「乞病」之禀甫上，正值全台绅商公呈吁留，兼督英、抚部李乃优批慰藉，不准引退。
冬月初四日，赴弥陀寺、城隍庙、上杭街、保安宫各义塾面阅捐设义塾幼童工课。十六日，作三次请病假禀。十八日，奖赏各塾幼童，各欢欣叩头而去。
十二月，查覆布国洋船被抢之事，听督、抚如何咨呈总理衙门能使布国听从甚好；否则，听之亦不惧也。连日亢燥郁蒸，久于台地考均恐有地震之灾；余夜半焚香吁天，愿以身独受其罚。初七日，竟得大雨，地气宣泄，无虞震动矣；为之寅感不已。先是，英将军兼署督部，得余二次「乞病」之禀，准予内渡就医；催议琅娇设官添汛之事，必自余定之。余不喜设兵，而刘镇则谓非设兵不可；以将军催议不能延缓，乃摭拾与署府叶峭岩（完元）前议，少设塘汛营兵以应之，而佐以屯弁、屯丁，或无大碍也。十一日，覆巴陵吴南坪（敏树）先生书，并「次去夏见怀」七律元韵一首。十三日，面试教读杨元鸿取课幼童，亦多能成诵者；孰谓台人独愚，亦由无好官倡导于上、无明师益友切劘于下，故堕于荒陋耳。次日，复召幼童，当堂奖赏之。十九日，定「续办土匪奏稿」。二十二日，成「书事」五古一首，又成「赠福州某某」七律一首，以纾牢愤。又成五