定番业、曰通语言、曰禁仇杀、曰教耕稼、曰修道途、曰给茶盐、曰易冠服、曰设番学、曰变风俗；此数者，又孰非抚番之时必须并行者！虽然，此第言后山耳；其繁重已若此。山前之入版图也百有余年，一切规制何尝具备！就目前之积弊而论，班兵之惰窳也，蠹役之盘踞也，土匪之横恣也，民俗之慆淫也，海防、陆守之俱虚也，械斗、扎厝之迭见也：学术之不明，庠序以容豪猾；禁令之不守，烟赌以为饔飧。官斯土者，非无振作有为、正己率属之员，始苦于事权之牵制、继苦于毁誉之溷淆；救过不遑，计功何自！使不力加整顿、一洗浮浇，但以目下山前之规模、推而为他日山后之风气，虽多一新辟之区，适多一藏奸之薮；臣等窃以为未可也。尝综前、后山之幅员计之，可建郡者三、可建县者有十数，固非一府所能辖。欲别建一省，又苦器局之未成；而闽省向需台米接济、台饷由省城转输，彼此相依，不能离而为二。环海口岸，处处宜防；洋族教堂，渐渐分布。居民向有漳籍、泉籍、粤籍之分，番族又有生番、熟番、屯番之异；气类既殊，抚驭匪易。况以创始之事为善后之谋，徒静镇之非宜，欲循例而无自。使臣持节，可暂而不可常。欲责效于崇朝，兵民有五日京兆之见；倘逾时而久驻，文武有两姑为妇之难。臣等再四思维，宜仿江苏巡抚分驻苏州之例，移福建巡抚驻台，而后一举而数善备。何以言之？镇、道虽有专责，事必禀承督、抚而行；重洋远隔，文报稽延，率意径行，又嫌专擅。若驻巡抚，则有事可以立断：其便一。镇治兵、道治民，本两相辅也，转两相妨。职分不相统摄，意见不免参差；上各有所疑，下各有所恃。不贤者以为推卸地步，其贤者亦时时存形迹于其间。驻巡抚，则统属文武，权归一尊；镇、道不敢不各修所职：其便二。镇、道有节制文武之责，而无遴选文武之权；文官之贪廉、武弁之勇怯，督、抚所闻与镇、道所见时或互异。驻台，则不时采访而耳目能周，黜陟可以立定：其便三。城社之巨奸、民间之冤抑，见闻亲切，法令易行；公道速伸，人心帖服：其便四。台民烟瘾本多，台兵为甚；海疆营制久坏，台兵为尤。良以弁兵由督、抚、提、镇抽取而来，各有恃其本帅之见！镇将设法羁縻，祇求其不生意外之事：是以比户窝赌，如贾之于市、农之于田。有巡抚，则考察无所瞻徇，训练乃有实际：其便五。福建地瘠民贫，州县率多亏累，恒视台地为调剂之区；不肖者骫法取盈，往往不免。有巡抚以临之，贪黩之风得以渐戢：其便六。向来台员不得志于镇、道，及其内渡，每造蜚语中伤之；镇、道或时为所挟。有巡抚，则此技悉穷：其便七。台民游惰可恶，而戆直实可怜。所以常闻蠢动者，始由官以吏役为爪牙、吏役以民为鱼肉；继则民以官为仇雠，词讼不清而械斗、扎厝之端起，奸宄得志而竖旗聚众之势成。有巡抚，则能豫拔乱本而塞祸源：其便八。况开地伊始，地势殊异；成法难拘，可以因心裁酌：其便九。新建郡邑、骤立营堡，无地不需人才；丞倅、将领，可以随时札调：其便十。设官分职，有宜经久者、有属权宜者；随事增革，不至廪食之虚糜：其便十有一。开煤、炼铁，有第资民力者、有宜参用洋机者；就近察勘，可以择地而兴利：其便十有二。夫台地向称饶沃，久为异族所垂涎；今虽外患暂平，旁人仍眈眈虎视。未雨绸缪之计，正在斯时。而山前、山后其当变革者、当创建者，非十数年不可成功；而化番为民，尤非渐渍优柔，不能浑然无间。与其苟且仓皇、徒滋流弊，不如先得一主持大局者，事事得以纲举目张，为我国家亿万年之计。况年来洋务日密，偏重在于东南。台湾海外孤悬，七省以为门户；其关系非轻。欲固地险，在得民心；欲得民心，先修吏治、营政。而整顿吏治、营政之权，操之督、抚；总督兼辖浙江，移驻不如巡抚之便。臣等明知地属封疆、事关更制，非部民属吏所应越陈；而夙夜深思，为台民计、为闽省计、为沿海筹防计，有不得不出于此者』。上悉如所请。十二月，台事粗定，乃内渡。未几，狮头社凶番狙杀游击王开俊；光绪元年正月，又东渡讨平之。故例：禁内地民人偷渡，台民私入番者治罪；葆桢奏准尽弛旧禁，以广招徕。
四月，授两江总督兼办理通商事务大臣。二年，疏陈江宁府城属肜敝状，请酌减上元五县本年漕粮；下部议行。十二月，以病乞休。自此至四年二月，凡四请；均赏假，慰留之。四月，请停武科；诏以其率改旧章，不准行。五年四月，入觐；赐紫禁城骑马，仍回本任。十一月，旧疾增剧，复请开缺；得旨：「赏假两月，安心调理」。寻卒。遗疏入，谕曰：『两江总督沈葆桢，秉性沈毅，练达老成。历受先朝恩遇，由翰林外任知府，洊擢封圻。前在江西巡抚任内，筹办军务，悉协机宜。嗣因殄除粤匪余孽，赏给一等轻车都尉世职。朕御极后，擢任两江总督。于地方利弊，认真整顿；任事实心，不避劳怨。前因旧疾增剧，赏假两月；方冀调理就痊，长资倚任。兹闻溘逝，悼惜殊深！加恩追赠太子太保衔，入祀贤良祠，照总督例赐恤。任内一切处分，悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。伊子附贡生玮庆，赏给举人；莹