令行，此要务也。向见流贼遇弱则攻，遇强则走；今闻我军至，必遁而西。宜从蓟州、密云疾行而前，贼若走，则以精骑追之；若仍据京城以拒我，则破之更易。至入关路隘，我兵皆不便履险，恐贼伏精锐邀我；宜改骑为步从高觇之，俾步前马后。比入边，则步卒皆马兵也。抵京之日，连营城外，以断西路诸援兵；则贼可一战而歼矣』。五月，大军击走流贼，定京师；承畴奉旨，仍以太子太保、兵部尚书兼都察院右副都御史原衔入内院佐理机务，遂为秘书院大学士。
二年闰六月，豫亲王多铎定江南，明福王朱由崧就擒；上命承畴往驻江宁，铸给「招抚南方总督军务大学士」印，赐敕「便宜行事」。承畴既至，疏列降顺之明南京翰林、科道、卿寺部属等一百四十九人，请令赴部录用。是时，明唐王朱聿键自号「隆武」，据福建；其大学士黄道周引闽兵出浙江开化。明御史金声家居宁休，受聿键部院职，募乡兵十余万屯绩溪；明鲁王朱以海据绍兴，高安王朱常淇据徽州；蕲水王朱术■〈车岂〉次子常■〈巛上水下〉冒族兄樊山王旧称，结寨英山、潜山间。又有朱由■〈木产〉冒称金华王，据饶州；朱谊石冒称乐安王、朱谊泐冒称瑞昌王，分据溧阳、兴化、金坛乡村，联结江南北党与，谋犯江宁。承畴檄提督张天禄、总兵卜从善、胡茂桢等分路进征，擒金声于绩溪、擒黄道周于婺源，先后解至江宁；谕降不从，斩之。明故官荆本澈、李守库、徐君美等据崇明，承畴檄总兵李成栋征之，斩守库、擒君美，降其城；本彻窜入海。三年正月，承畴查知江宁人有叛应朱谊石、朱谊泐者，于距城五十里之西沟池，捕斩万德华等五十余人；又闭城搜捕五十余人，鞫实郭世彦、尤琚等三十一人，诛之。未几，朱谊石、朱谊泐合众二万来犯，火攻神策门；我兵先分出朝阳、太平二门堵截，乃启神策门冲击，大败之。追至摄山，擒斩无算。寻檄总兵马得功、卜从善等剿潜山司空寨，斩守寨头目石应璧等，生擒朱常■〈巛上水下〉；搜婺源严杭山，擒朱常淇及其监军道江于东、职方司许文玠等；复擒朱谊泐及其经略韦尔韬、总兵杨三贯、夏含章等于句容、丹徒，擒朱由■〈木产〉及其族人朱常洊、朱常沘、朱常涫于饶州鄱阳湖，擒朱谊泐之弟朱谊贵及瑞昌王下军师赵正于宿松县之洿池：并请旨斩之。明给事中陈子龙家居华亭，潜结太湖溃众，遥附朱以海；承畴遣参领索布图往捕，子龙投水死。四年四月，驻防江宁总管巴山、张大猷奏：柘林游击陈际可擒贼谢尧文，获明鲁王封承畴国公及其总兵王（黄）斌卿致承畴与巡抚土国宝书有「伏为内应杀巴、张二将，则江南不足定」语。上奖巴山等严察乱萌，而谕慰承畴、国宝曰：『朕益知贼计，真同儿戏。因卿等皆我朝得力大臣，故反间以图阴陷；朕岂堕此小人之计耶』！十月，巴山等以察获游僧函可、金腊等五人携有谋叛踪迹，牒承畴鞫讯；承畴疏言：『函可，乃故明尚书韩日缵之子，出家多年。乙酉春，自广东来江宁，印刷藏经。值大兵平江南，久往未回。今以广东路通，向臣请牌回里。臣因韩日缵是臣会试房师，遂给印牌。及城门盘验经笥中有福王答阮大铖书稿，字失避忌；又有「变纪」一书，干预时事。其不行焚毁，自取愆尤；与随从之僧徒金腊等四人无涉。臣与函可世谊，应避嫌，不敢定拟。谨将书帖、牌文封送内院』。得旨下部议，以承畴徇情私给印牌，应革职；上以「承畴奉使江南，劳绩可嘉」，宥之。承畴以江南湖海诸寇俱削平，又闻其父已卒于闽，请解任守制；乃调宣大总督马国柱为江南江西河南总督，命承畴俟假满仍回内院任事。五年四月，至京；六年，充「太宗文皇帝实录」总裁官，充会试正考官。遇恩诏，加少傅兼太子太傅。
八年闰二月，命管都察院左都御史事。寻甄别诸御史，分为六等；拟差用魏管等二十二人、内升陈昌言等二人、外转张煊等十一人，又王世功等十七人外调、降用、革任有差。五月，张煊疏劾吏部尚书陈名夏植党行私诸款，有「嘱承畴庇其门生李嵩阳留任御史」及「太仆少卿黄徽元因承畴姻戚骤升正卿」等语；并劾承畴不请旨私送其母回闽，又屡与名夏及尚书陈之遴聚集火神庙，屏左右密议逃叛。下王、贝勒大臣集质，名夏辩释。承畴以送母回闽未奏明，自引罪；至火神庙会议数次，则皆御史因甄别商酌应差用及升调、革降者也。吏部尚书谭泰坐煊诬陷逃叛，绞死。未几，谭泰以他罪伏法。上鉴煊由谭泰党庇名夏冤死，优予赠荫；革名夏任（详见名夏传）。承畴复自引罪，得旨：『聚议不必悬揣；送母回闽未奏，为亲甘罪，其情可原。仍留任，以责后效』。九年五月，丁母忧。命入直如故，私居持服；赐其母祭葬。九月，钦天监奏：『太白星与日争光，流星入紫微宫』。时大臣议请驾往边外迎达赖喇嘛；承畴同大学士陈之遴疏言：『日者，人君之象；太白敢与争光！紫微宫者，人君之位；流星敢于突入！上天垂象，诚宜警惕。且今年南方苦旱、北方苦潦，岁饥盗起，处处入告；非圣躬远幸之时。达赖喇嘛自远方至，则遣一大臣接迎，已足见优待之意，亦可服蒙古之心；何劳圣躬亲往』！疏入，传谕曰：『卿等谏朕勿往迎喇嘛，此言甚是；朕即停止