复分路奔还陕西。张献忠亦掠凤翔，与高迎祥合，副将艾万年、柳国镇战死。文诏请行，承畴谓曰：『非将军，不能灭此贼。吾兵已分，无可策应，将由泾阳趋淳化为后劲』。文诏乃自宁州进真宁，参将曹变蛟败贼于湫头镇，乘胜逐北，不及顾；文诏遇贼伏，转战数里，声援绝，自刎死。承畴方追贼泾阳、三原间，未至淳化，贼势益炽。时有言承畴统辖太广，势难兼顾者；乃以卢象升总理江北、河南、山、陕、川湖军务，督理关外兵；而承畴专督关内兵。值高迎祥掠武功、扶风以西，李自成掠富平、三原以东；承畴率兵蹑自成，大败之渭南、临潼。别遣将击迎祥，亦败蹙东走；寻为巡抚孙传庭擒送京师磔死，贼党推自成为闯王。十年，自成陷宁羌，入七盘关，分三路寇掠；承畴令总兵曹变蛟等赶援，由洮河转战，自成败窜西羌界。十一年，自成谋犯蜀；承畴檄总兵马科、左光先等扼之，乃东遁。曹变蛟设伏潼关之南原，大破贼，自成遁高雄。兵部尚书杨嗣昌劾承畴纵贼往来秦、蜀，逾久无功；削宫保、尚书。十二年，授蓟辽总督。是年冬，我朝兵征明锦州及宁远，总兵金国凤拒战于宁远城北山冈，偕其三子俱没于阵。承畴疏言：『国凤前守松山，兵不满三千，卒保孤城；以事权专、号令一而人心肃也。迨擢任大将，兵近万人，反致殒命；非其才力短，由营伍纷纭、人心不一也。自今设连营节制之法：凡遇警守城及出战，惟总兵官号令是听，庶军心齐肃矣』。十三年，总兵祖大寿以锦州围困，告急。承畴出山海关、驻宁远、疏请调宣府、大同诸镇兵，俟俱集合关内外兵十五万、又必刍粮足支一岁，乃可战可守。十四年三月，宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通各率兵至，与玉田总兵曹变蛟、蓟州总兵白广恩、前屯卫总兵王廷臣、山海总兵马科、宁远总兵吴三桂－－凡八大将，合兵十三万、马四万；朝议以兵多饷难，令职方郎中张若麒趣战，乃进次松山。八月，杨国柱战死，以山西总兵李辅明代之。曹变蛟营乳峰山冈、诸军列七营于松山城北，屡出兵，战辄败却。既而伺我大兵归营，复来犯；望见太宗文皇帝张黄盖、亲督大兵布阵，皆披靡退遁。大兵遵上方略，度明兵乘夜出犯，分路堵截奋击；遂穷追，悉歼殪之。曹变蛟率步骑犯镶黄旗汛地者一、犯正黄旗汛地者四，复８夜突御营；连败却，身中创，奔还松山，王朴、吴三桂、唐通、马科、白广恩、李辅明相继走。大兵由杏山西边及高桥发伏冲溃，自海滨至桑阿尔齐堡又为分驻大兵掩杀，诸总兵仅以身免，张若麒匿渔船遁；承畴先后丧士卒五万三千七百余人。太宗文皇帝以敕谕承畴及所属将士曰：『朕率师至此，料尔援兵闻之，定行逃遁；遂豫遣兵围守杏山，使不得入。自塔山南至于海、北至于山及宁远东之连山，一切去路俱遣兵邀截；又分兵各路截守。尔兵逃窜，为我兵斩杀者积尸遍野，投海溺水者不可胜数。今尔锦州、松山救援兵已绝，朕思及此，乃天意佑我也。尔等宜自为计！如以为我军止围松、锦，其余六城未必即困；殊不知时势至此，不惟六城难保，即南、北两京，明亦何能复有耶！朕昔征朝鲜时，围其王于南汉山；朕诏谕云：「尔降，必生全之」。及朝鲜王降，朕践前言，仍令主其国。后围大凌河，祖总兵来降，亦不杀之：尔等所素闻也。朕素以诚信待人，必不以虚言相诳；尔等可自思之』！九月，承畴谋突围出，悉出城中步骑，夜犯镶黄旗骁骑营、正白镶白两旗汉军营；败还，伤毙千人。十二月，闻关内援兵三千赴援将至，复出兵六千夜犯正红旗护军营、正黄旗蒙古营；为矢炮所殪者四百二十人，从杏山遁。伏发，截杀者五百七十余人；败退城下，因门闭不得入，投降者三千余人。关内赴援兵竟驻宁远，终不进；承畴欲战则力不支、欲守则粮已竭、欲遁不敢成队而出，与曹变蛟、王廷臣、巡抚邱民仰、兵备道张斗、姚恭、王之桢等坐困城中。越一月，副将夏成德遣人赴大军通款，以其子舒为质，相约内应。大兵夜树梯登，城破，斩曹变蛟、王廷臣、邱民仰等；生擒洪承畴，送盛京赡养之。祖大寿知承畴就擒，因率锦州诸将以城降。明讹传承畴已死，予祭十六坛；建祠都城外，与邱民仰并列。庄烈帝将亲临奠，俄闻承畴降，乃止。
本朝崇德七年四月，都察院承政张存仁上言：『臣观洪承畴欣欣自得，侥幸再生；是仰慕真主，思效用于我国者。宜速令薙发，酌加任用』。五月，召见崇政殿；承畴跪门外，奏曰：『臣将兵由松山援锦州，曾经数战，冒犯军威；圣驾一至，众兵败没。臣坐困松山，糗粮罄绝，人皆相食；城破被擒，自分应死，蒙皇上矜怜不杀而恩养之。今令朝见，臣自知罪重，不敢入』。上曰：『彼时与我军交战，各为其主；朕岂介意！朕之击败十三万兵，得松、锦诸城，皆天也。天道好生，善养人者斯合天道；朕故恩沾及尔。尔但念朕抚育之恩，尽心图报可耳』。寻命隶镶黄旗汉军。
顺治元年四月，睿亲王多尔衮征明，承畴从。师次辽河，闻流贼李自成已陷京师，洪承畴因陈进兵策曰：『我军之强，天下无敌。宜先布号令，示此行特扫除乱逆，不屠人民、不焚庐舍、不掠财物；其开门归降及为内应立大功者，破格封赏。法立