『催知兵重臣以备战，诘俄发兵以杜兵费，速购军火、调水师将吏，并用现有之将』。九月，以布策东来，曾纪泽邀之使回，重与订议。之洞恐议约不慎，以致全局受亏；乃奏陈补救之策，谓『宜敕曾纪泽扫除前文，从宜另议。注意重务，专力筹商，而以西、汉通商一节为尤紧要。伊犁全境不能争，当与婉商，酌分南境，为中国留一通南八城之路，免致弃伊犁孤城为绝地。设领事一条，则乌里雅苏台、科布多两处，宜力阻。松花江行船，可从缓另议」。十二月，因案奏请裁抑阉宦。
七年二月，升侍讲学士。三月，以「急务不可再缓，宜速集重臣筹议」入奏：『一、御日豫防事宜，除北洋较缓外，南洋以江防为最重、福建以台湾为最冲。南洋大臣是否胜任？台湾将吏是否得人？江防情形，请敕彭玉麟确察，详筹覆奏。山东烟台防务，请敕李鸿章节制兼顾。一、御俄持久事宜，除西路现有重兵宿将外，三姓、珲春从此不能罢戍。俄船窥伺朝鲜，则吉林之防重；张家口渐成俄商熟路，自宜开屯置镇，则库伦、张家口之防亦重」。六月，擢授内阁学士兼礼部侍郎衔。以星变示儆，奏请修政弭灾。因陈修政之要，曰用人、曰言路、曰武备、曰禁卫。闰七月，星象复有变异；之洞应诏陈言，以封疆重寄，虚县未定为可忧，因请定疆臣以安边圉。十一月，授山西巡抚。
八年四月，以越南日蹙、滇防渐急，奏请筹兵遣使，以先发为豫防；因条上十六事：『曰成算：法人狡谋已遂、情势已彰，徒遣密使侦探无益、徒在法京辩论亦无益；惟有遣使带兵赴援保护，上可令退出越京、次可代定条约。越患既纾，滇防自固。曰发兵：云南、两广设防，劳费无已。待根蒂已固、路径已通，虽有防军无益；故今日断宜迅速发兵。曰正名：保护属国、保护商人，为外国通例。我兵之出，可以此明告诸邦。曰审势：敌之注意滇急而粤缓，我之下手滇缓而粤急；非从两粤进兵，批亢捣虚，则滇防徒为縻费。曰量力；闽、粤人不畏洋兵而习于海战，粤西军两入越境，兵气颇壮、地利亦熟。滇虽邻越，道路回远，声息较阻、兵亦较弱；须及早措置训练。曰取道：粤西陆师出龙州镇南关、粤东水师出廉州海，皆会于越东京。若调集兵轮一、二十艘，益以粤省所购办及所自制，再量募艇船、商船，不患济师缺乏战船之用，则宜听使臣斟酌。曰择使：请拣忠正明干大臣二员，出使越南办理护商、议约事宜；任重道远，必须正、副二使，相辅相济。大臣如黎兆棠，可备选择。曰选将：总兵方曜可统粤船、贝锦泉可统闽船，皆听使臣调度。布政使徐延旭可统援军出关、唐炯可统援军临边布置，宜假以事权，责成滇、粤督抚勿掣其肘。曰筹饷：援饷取给于闽粤两海关四成洋税、广西库储可支半年，余由广东接济；滇饷可取给四川。曰议约：我师入越，诘问法使、兵官，责以公法、示以战意，乃为居间调处；则法越立约，必有限制；有碍于我之条约，自不能萌。并宜与法、越定议，中国常以一军驻越港口，护越、护商。曰相机：我师在越，然后曾纪泽在法京得以行其说；驻法、驻越使臣互相关会操纵，相机为之，法人必可就范。曰刻期：所论诸臣及战舰兵勇皆在沿海，自中枢定议，分投调拨、部署速行，两月可集广州，再二十日可达越京；粤西防军，待徐延旭整饬调度后，水师十日亦可会于越京；唐炯成军出蒙自后，粤西军一月亦可到防：奋迅赴机，于越事犹可挽救。曰广益：大局须自内定，其调将吏、遣间谍等事，除饬李鸿章及南北洋大臣、滇粤沿海督抚筹议外，如黎兆棠并可令抒所见，随时条议。曰定局：大要此事一切迅速，必须秋间始有端倪；似可令李鸿章先行赴粤，详酌条约、布置久计。曰兼筹：日事观望不决，势同骑虎；越事既定，然后催问球案，则可迎刃而解。曰持久：广东为洋舶来华第一重门户，越事既须经营，则粤防愈要。当年曾国藩建议，南洋大臣本拟驻粤；拟请增设，而以两广总督兼之。不惟经略南、交，兼可先得各国要领；免以增兵置师，致启各国猜疑』。六月，奏陈晋省治理刓敝，现筹次第整饬；拟请将未垦荒地宽限起征，并豁除累粮、裁减差徭、禁种罂粟、裁革公卖馈送。
十年三月，诏来京陛见；四月，命署两广总督。时中、法战事亟，有旨饬令酌拨师船往援闽防，又令豫为筹划酌办法、越事宜。之洞因奏『牵敌以图越为上策；现饬唐景崧募勇出关，与永福合力犄角』。七月，实授两广总督。寻以保荐徐延旭，降一级留任。五月，之洞奏言：『法人肇衅以来，历考各处战事，宜不免受制于敌，以水师之无人、枪炮之不具故。方今急务，首在储人材。查泰西各国，莫不各有水、陆师学堂。兹拟就粤省博学馆设立一所，慎选生徒，延聘外洋教习；并令募到通晓火器、水雷、轮机、驾驶、台垒工程之洋弁，讲求水陆战法，并翻译西国兵书、测绘地图诸学，制造火药、电线诸技艺，分门讲求。并选将弁亦入其中博习讨论，以备将材之用。次制器。外洋恃以为战者四：争胜外国，恃铁舰；水陆攻守，恃快枪、巨炮；设守海口，恃水雷。铁舰费巨工迟，穹甲冲快诸船亦事体重大、机算精微，未便率尔施工；要当另筹办法。各种枪