，复叶尔羌、和阗、英吉沙尔、喀时噶尔等城：南路西四城回疆一律肃清。四年二月，捷闻，谕曰：『左宗棠督办新疆军务，剿抚兼施。定议规北路，首复乌鲁木齐，以扼其总要。旋克玛纳斯，数道并进，恢复吐鲁番等城，力争南路；然后整队西行，势如破竹。见在南八城一律收复，允宜特沛殊恩，用酬劳勚。左宗棠筹兵、筹饷，遍历艰辛；卒能谋出万全，肤功迅奏：着加恩由一等伯晋为二等侯』。寻有旨，仍用「恪靖」字样。三月，宗棠疏辞至再，上温谕勉之。十一月，逃匿俄境陕回分道寇边；十二月，阿克苏缠回及安吉延逆酋阿里连什复同时谋入卡：均剿抚如律。五年三月，安集延、布鲁特两部复入寇；刘锦堂破走之。十月，请以锦堂帮办新疆军务。六年四月，奏新疆善后事宜，以修浚河渠、建筑城堡、广兴屯垦、清丈地亩、厘正赋税，分设义塾、更定货币数大端为最要；已次第兴办，兼推行蚕桑之利。上俞之。又复陈新疆开设行省事宜，略云：『新疆形势所在，北路则乌鲁木齐、南路则阿克苏。以其能控制全境，地居天山南北之脊；居高临下，足以有为。谨拟乌鲁木齐为新疆总督治所、阿克苏为新疆巡抚治所；彼此声势连络，互相表里。将军旗营驻伊犁，塔尔巴哈台设为都统，并统旗、绿各营』。疏入，下部分别议行。是月，以俄人未交还伊犁，宗棠督师屯哈密；寻诏来京，以通政使司通政使刘锦堂代之。
七年正月，入觐；命管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门行走。二月，奏请教练旗兵、兴修畿辅水利；下所司议行。七月，因病屡请开缺，上一再慰留之。九月，授两江总督兼办理通商事务大臣；宗棠请回籍省墓，并便道查阅长江水师。十二月，抵任。八年三月，议导淮入海。四月，请复淮盐引地；一以费绌，一以川、鄂两总督奏格，并不果行。十一月，请开采铜山县属煤铁，核减税银；从之。九年，教匪王觉一等谋为乱，檄将弁擒其酋，余党以平。三月，勘收六合朱家山、句容赤山湖水利工程。时法兰西扰越南，奏筹办海防机宜，并请饬前福建布政使王德榜募勇出关助剿；又请缓开龙江、西新、浒墅各关：均如所请。十月，以病，请开缺；赏假两月。十年正月，以病尚未痊，仍请开缺；谕曰：『左宗棠宣力疆圻，劳勚懋着，朝廷深资倚任。屡次陈请开缺，均经赏假调理。兹复迭据奏称「目疾增剧，非静心调摄，断难见效」。情辞恳挚，不得不勉如所请。左宗棠着准其开缺，赏假四个月，回籍安心调理』。寻内阁学士周德润奏：『勋臣不宜引退；请旨责以大义，令其在任调理』。有诏「赶紧医治；一俟稍愈，不必拘定日期，即行销假」。四月，销假。五月，到京，仍在军机大臣上行走；谕曰：『左宗棠卓著勋绩，年逾七旬，着加恩毋庸常川入直；遇有紧要事件，豫备传问。并着管理神机营事务；所有应派差使，毋庸开列』。
法兰西扰福建台湾；七月，命以钦差大臣督办福建军务。十月，慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后五旬万寿，恩赏御书扁额并上方珍物。是月，宗棠抵福建。法人方严海口之禁，宗棠檄军潜度台北击之。十一年三月，和议兴，宗棠密奏「要盟宜慎、防兵难撤」。五月，和议成，以旧疾请开缺；诏赏假一月。六月，请设海防全政大臣，并荐兵部侍郎曾纪泽。又奏：『台湾孤注大洋，为七省门户，关系全局。请将福建巡抚移驻台湾，以资镇摄』。卒如所请行。
旋因病剧，再请开缺；谕准交卸差使，不必拘定假期，回籍安心调理。并以宗棠吏治、戎机久深阅历，如有所见，仍随时奏闻，用备采择。七月，卒。遗疏入，谕曰：『大学士左宗棠学问优长、经济闳远，秉性廉正，莅事忠诚。由举人兵部郎中，带兵剿贼，迭着战功；蒙文宗显皇帝特达之知，擢升卿寺。同治年间，剿平发逆、回、捻各匪，懋建勋劳。穆宗毅皇帝深资倚任，畀以疆寄、洊陟兼圻，授为钦差大臣，督办陕、甘军务；运筹决胜，克奏肤功。简任纶扉，优加异数。朕御极后，特命督师出关，肃清边圉、底定回疆，厥功尤伟；加恩由一等伯晋为二等侯爵。宣召来京，管理兵部事务，在军机大臣上行走，并在总理各国事务衙门行走；竭诚赞画，悉协机宜。旋任两江总督，尽心民事，裨益地方；扬历中外，恪矢公忠，洵能始终如一。上年命往福建督办军务，劳瘁不辞。前因患病，吁恳开缺；迭经赏假，并准其交卸差使，回籍安心调理。方冀医治就痊，长承恩眷；讵意未及就道，遽尔溘逝！披阅遗疏，良深震悼！左宗棠着追赠太傅，照大学士例赐恤。赏银三千两治丧，自福建藩库给发；赐祭一坛，派古尼音布前往致祭。加恩予谥「文襄」，入祀京师昭忠祠、贤良祠，并于湖南原籍及立功省分建立专祠。其生平政绩事实，宣付史馆。任内一切处分，悉予开复。应得恤典，该衙门察例具奏。灵柩回籍时，着沿途地方官妥为照料。伊子主事左孝宽，着赏给郎中；附贡生孝勋，着赏给主事：均俟服阕后，分部学习行走。廪贡生孝同，着赏给举人，准其一体会试。其二等侯爵，应以何人承袭？着杨昌浚迅速查明具奏：用示笃念荩臣至意』。寻闽浙总督杨昌浚、甘肃新疆巡抚刘锦堂奏陈宗棠历年勋绩；昌浚