。七月，宗棠进驻兰州。八月，刘锦棠规西宁，迭破白彦彪等；十月，克之。十二年正月，克向阳堡回巢。二月，复大通，崔伟、禹得彦等就抚，安置平凉、泰安、清水等处。前山西按察使陈湜复巴彦戎格，西宁逆首马桂源等伏诛。三月，白彦虎窜肃州，为徐占彪所败，狂窜出关。四月，陈湜复循化撒拉，叛回平。六月，请升固原州为直隶州，仍归平庆泾道管辖。增设州判一员，驻硝河城；并于下马关设知县一员，训导、典史各一员，归新设知县管辖；裁平凉府盐茶同知，改设知县一员、增设训导一员，改原设照磨为典史。又于打拉城池增设县丞一员、下马关改设知县名「平远」、盐茶厅改设知县名「海城」，俱归固原直隶州管辖。七月，宗棠督军驰剿肃州贼，徐占彪军亦自甘州转战抵肃，破其外城。十月，克之，擒马文禄等九逆，磔于市；关内肃清。自是，甘、凉、安肃一带二千余里无回族聚处。捷闻，谕曰：『陕、甘逆回扰乱十有余年，势极披猖；自简任左宗棠总督甘、陕，数年以来不辞艰苦，次第剿除。此次亲临前敌，督饬将士克复坚城，关内一律肃清；朕心实深嘉悦！自应特沛殊恩，用昭懋赏。左宗棠，着以陕甘总督协办大学士。该大臣前赏给骑都尉世职，着改为一等轻车都尉世职；并着督办出关一切事宜』。十二月，奏言：『由肃州出嘉峪关而西，本汉、唐师行大道。西安、玉门、敦煌近遭白逆扰掠一空；然使关内之粮足供裹带、车驮驼只足供周转，出关之兵，何惮不进！西安抵哈密计程十一站，千里而遥；经由戈壁，无台站、无水草，沙砾纵横，人马每多困踬。中间仅安西城北四站马莲井支帐小憩，以备汲饮，未可久留；过此七站抵哈密，为缠头回族聚居之所。军兴以来，音耗阔绝；近被白逆窜扰，是否有粮采买？更无从知。臣前在肃与诸军集议，分起次第行走，必先将甘、凉采买粮料，运存肃州。又由肃州出关运至玉门，然后头起开拔；至玉门，又用其私驼转搬玉门存粮赴安西，腾出驮官、官车转运第二起军粮；而后第二起继进，余军仿照办理。比到安西州作一停顿，又裹粮抵哈密。如此层递衔接，人畜之力稍舒，士气常新，可免意外之虑。至由哈密前进粮运事宜，断非臣力所及。自古至今，未有运甘、凉、肃之粮济哈密以西军食者。金顺等至安西州搬齐粮料，必面遣人赴哈密询访就近堪资采买者若干，以定进止。如有可设措，不须转搬安西存粮，以节劳费。张曜进哈密，即藉资其粮。时距麦熟之期，当亦不远。后此续进之军，相时而动，自可不误师期』。又奏：『甘、凉、肃素称腴地，自诸军勘定河湟，甘、凉道路渐清；农安耕获，幸获中稔。两年采买，集有成数。通计甘、凉、肃三郡定买市斗军粮十六万三千余石－－石重三百余斤、给银四两，以供金、张、额三军食用及运粮车驮驼只。算至明年六月新熟，尚短粮料市斗二万余石；拟括额征本色及各标营季粮，陆续填补。凉州至安西千四百余里，路多砂石，运转宜驼，臣派弁出口采驼三千。暂以官价雇用民车，调集各营官骡，先后起运，通计粮百斤需银十一两七钱。内外劳费如此，若不筹撙节，动言用众，恐官军之饷运不继、糈台之储偫早空；不但后时不能保此不竭之源，即目前出关之师亦忧饥溃。自古关塞用师，在精不在多。承平无事，官私充足时尚不能用众；矧祸乱十年，人物凋残、财用匮绝之日乎！臣在肃时，汰疲乏冗杂以求精，资遣伤残成废弁丁以省累。察张曜一军锐气方新，作为头起；金顺次之，额尔庆额又次之。宋庆一军整理需时，俟明年秋后继发。并拟于所部整锐足恃诸军内精选数营，届时慎择统将率之同行。如天之福，甘、凉、安、肃明岁丰稔，西师饱腾，再分起层递而前，如行衽席；庶边塞肃清，可操全算』。上嘉纳之。十三年正月，请甘肃省城添建贡院，与陕西分闱乡试，并分设学政。二月，奏改甘肃茶务；略言：『国家按引收课，东南惟盐，西北惟茶。盐可改票，茶何不可！前拟仿淮盐之例，以票代引，官商尚形裹足；应改拟商贩并招，正课照定例征收、杂课并归厘税项下征收。商贩领票，先纳正课。并添设南柜招徕湖茶；其无票私茶，设卡盘验，令补领官票』。均下部议，如所请行。七月，授大学士，仍留陕甘总督任。八月，授东阁大学士。十一月，河州抚回闵殿臣复叛，刘锦棠讨平之。
光绪元年三月，命以钦差大臣督办新疆军务。六月，宗棠奏陈筹划情形，略云：『北路归化、包头至射台、大巴一带十数站，大巴至巴里坤十六站，产粮之处甚多，雇驼价亦平减。北局设于归化，分局设于包头；已运四十余万斤至巴里坤，每百斤合银八两内外。宁夏采运，雇驼数百，由察罕庙试行。俄国游历官称：其国在山诺尔地方，距古城不远，产粮甚多；由俄代办起运交送古城，每百斤费银七两五钱。比与订定年内运交二百万斤，明夏运足三百万斤。南路肃州、安西二局存粮，赶紧灌运。哈密报垦荒地万九千余亩，获粮数千石；新粮市报渐减，转运亦较易。由甘运肃、运安西，用车驮；由安西运哈密、运巴里坤，用驼只。节设厂局，浚水泉、刈草薪，以利运道；派员经画哈密、巴里坤、古城屯垦事宜。西路旗、绿诸营，宜划兵、农为二；精壮者束