诏授迤西道，署布政使如故。时有旨令新授云南巡抚刘岳昭会剿猪拱箐贼，岳昭疏称：『毓英智勇兼优，实心任事。请专责以一事权，必可迅奏肤功』。允之。六年正月，升授布政使。二月，师次猪拱箐，筑垒休士卒，日遣间谍侦贼形势。陶三春、陶新春之倡乱也，先踞海马姑红岩尖山，壁立斗绝，大河带其前，鸟道攀援仅容一夫，贼呼为「铁桶」；啸聚日众，山隘不能容。陶新春复分踞猪拱箐，界三省之交。八山环合，三面崭然；惟青松梁一面可往来。三泉下注，汇山麓为河；贼巢分踞山险。山下沃壤曰吴家屯，广七十余里，贼粮资焉。有间道可达海马姑，外有二龙关、大丫口、小丫口三隘为门户，备甚严。惟一隘曰大溜口，径尤险僻，贼防稍懈。毓英密遣游击张保和等夜率二千人由大溜口出二龙关后，掩袭吴家屯；自督三千人攻关。黎明，贼倾巢出犯。战方酣，关后炮发；贼回救，毓英麾军夹击，连破三隘及吴家屯，擒斩数千。援贼自海马姑来者，毓英亲截击之，斩其渠，余党反奔；派部将蔡标、刘重庆分一军围剿海马姑，克红岩尖山，贼援乃绝。大军直偪老巢，阵斩贼目杨大仁等五十余级。贼伐巨石，斲为轮，凿其中，贯以硝磺、松脂，引火于蒂，乘夜自山顶下发，驱牛马随之，冲毁我营二十余座，将士多死伤；毓英督亲军迎剿，手斩悍酋，贼始却。次日，填扎旧营，遍掘深坑；赋发石如前，乃尽陷坑中。毓英侦赋党多猓人；猓目有来降者，毓英具酒食厚待之，猓感而言曰：『贼每一弓地，守一人；家东南者守西北、家西北者守东南，互为牵制，莫敢二心。日惟卯、酉二时然炮为号，留一人守十弓地；余各归食。斯时奋击，必破』。毓英用其策，选敢死士二千人，亲率之；昧爽填壕猛进，连破木城二重。贼殊死斗，毓英身先士卒，直捣中坚，纵火掩杀；贼披靡，斩首二万余级。擒逆首陶新春及伪将军、伪军师等凌迟处死，散胁从，拔出男女四万余人；猪拱箐剿洗一清。遂督胜军合剿海马姑，以一军攻后山中路，令守备杨玉科等军伏前山小路；贼倾巢自后山来拒，玉科等钞出，夺红岩尖山新结贼营三十余座，馘二千余级。进攻老巢，以喷筒环烧贼栅，贼惊溃；尽毁具垒，擒斩、焚溺不可胜计，余匪窜山顶。夜乘大雷雨，鼓噪搜剿，贼投岩坠涧死相枕藉；擒陶三春及悍酋二百余人，皆斩之。自进兵以至荡平，于百二十日限仅逾四日也。捷闻，赏头品顶戴。
先是，署提督马如龙西征逆回杜文秀，屡失利；总督劳崇光病故，杜文秀倾巢下窜－－众数十万，连陷二十余城，省城戒严。毓英先拨一军添助省防；十二月，自猪拱箐凯旋曲靖，整顿士马。七年二月，兼程援省；扬言师出陆凉，而取道宜良、七甸，沿路破贼营数十座。进军大树营，联络省城，通粮道。贼乘新营未定，尽力攻扑；官军血战数日，颇损精锐，卒以计击却之。昆阳逆首杨振鹏夜渡昆明池，袭省城；毓英饬同知岑毓宝败之九甲，蹙诸海边，夺其船，斩溺无算；杨逆被创遁。时伪大司寇李芳园等围攻杨林－－杨林当省东驿道，拊官军之背，毓英疾击之，纵火毁其木垒；密援诸将策，破贼连营六、碉根三。毓英鼻受枪子伤，督攻益急，卒解其围；温旨嘉勉。回军省城，破石虎关，生擒伪大将军李洪勋等歼之，贼势稍蹙。三月，授巡抚。
时附省贼垒犹繁，深沟重壕间以碉楼炮台抵死拒；官军相持久，互有利钝。新授总督刘狱昭由马龙进剿寻甸，屡失利，贼势复炽。十二月，毓英遣将援剿马龙，回顾曲靖。以杜逆窃居迤西十三载，根深蒂固，未易殄灭；不能不征兵筹饷，通盘筹划。议上章程八条，疏言：『一、选定兵勇数目，以备战守也。查杜逆窃踞西南，纵横各数千里；若止由一路进剿，逆等并力抗拒，恐难成功。必一路由迤南进，牵其威缅、云蒙之贼；一路由三姚、永北进，断其鹤丽、邓浪之援。大军由楚雄、镇南直捣中坚，使该逆面面受敌，庶易得手。但该逆增垒设险，防守甚严；克复一城，动须数月。既克之后，不乘胜进攻，则坐失机会；不稍资休息，又恐师老变生。臣拟三路进兵，须选兵勇六万，分为两班，更番战守；既无停兵之时，亦免老师之患。而迤东开广士匪、东路蛮患如遇窃发，亦可以守兵随时扑灭，不致有内顾之虞。一、兵勇无须外募也。查用兵，必因地利。当日川、楚之役，仁宗睿皇帝以为他省兵勇人地不习，目前则多报销、事后则易聚难散；不如团集本地乡勇，事半功倍：圣训炳存。又，本年七月二十五日钦奉谕旨：「马恩溥所奏请简派良将一、二员，统带劲旅一、二万人入滇助剿等语；云南距直东较远，移师往剿，情形未必相宜。如该省亟须筹添兵勇，着刘岳昭等即就近添募，以资得力」等因。仰见庙算周详，无微不至。见在滇省兵勇、乡团已调集八万有零，而其中未尽得力；拟俟附省逆垒肃清，即认真裁汰，选定精锐六万，以本省兵勇剿本省之贼，庶地利、贼情熟悉，攻剿易于得手。一、拟易勇为兵，以复旧制而肃军政也。滇省勇丁，除臣旧部粤勇千余人及新到投效把总周平楚所带粤勇千名外，余皆本省兵与各厂砂丁。或因地方失陷，不能归营回籍；或因厂务废弛，停工失业：悉赖当勇餬口。既习战斗，即不复耐耕作，实