悬殊，必驯致外重内轻之渐。臣以为欲正人心、澄吏治，当自各官之加廉俸始。京官有职掌之员，似应分别等差，或如外官之半；使一身一家，终岁足以自给。外官督、抚廉俸较重，足额之后，自可毋庸再加；司、道以下，或酌量加增公费，而将所有陋规全以充公。如此而犹有骫法营私，则严刑峻法以随其后；庶法令可行，而政体可肃清矣。一、书吏宜整顿也。唐臣刘晏理财，不用胥吏而用士类；前湖北抚臣胡林翼办理厘金，亦不用吏而用士。诚以士之心，名重于利；吏之心，利重于名。夫至利重于名，则非舞弊无以遂其营私之愿矣。近来权归书吏而致积重难返者，其故有三：官之任事多者四、五年，少者不过二、三年；而书吏则长子孙于其中。官于律例，不过浅尝辄止，治兵者未必知兵、治礼者未尝习礼；而书吏则专门名家，各有所司。夫以视同传舍之官而驭世长子孙之吏，是欲去弊而不能。专门名家之术，非浅尝辄止者所能窥其底蕴；是虽有弊而不知。此其故，由于任不久而术不精也。官仅一人，朝综兵刑之任，暮有钱榖之司；案仅一事，而有律中之例，有津外之条。同一案也，有贿赂则可援已准之案，以偿其欲；无贿赂则可援已驳之案，以神其说。此其故，由于任太繁而法太密也。汉廷公卿由吏掾出身者，不可胜数。今假之以事权，而又限之于流品；彼既不能自奋于功名，则必将财利之是求。而且人多财薄，以有限制之辛工，养无限制之书吏；若奉公守法，其势将不足以自存。此其故，由于出身不优而廪禄不厚也。臣以为宜专设律例一科，三考得隽，然后准充书吏，优给薪水。仍复每年一考，士类皆得入选，数不在多而在精。限满者优予升转之阶，与正途无异；其有才识闳远者，准本官加结特保。人既不以书吏薄之，彼亦庶知自爱。官复久任而专其责，任久则底蕴可尽知，责专则嫌疑不必避。并请敕下王大臣选举精通律例之员，以律为经、以例为纬，定为画一不变之条，删繁择要勒成一书，颂行天下。凡百有为，不出此书范围；书吏之权，将不收而自轻矣。一、漕运宜妥筹也。国家岁漕东南粟以实京师，转输之道有二：道光以前，专行河运；道光以后，河、海兼运。迩经兵燹，河道阻浅，江、浙之漕全归海运，河运不能遽复；而上海从前有沙船三、四千号，今则减至四、五百号，即苏、浙漕粮尚且不敷周转，何能接济他省！此又海运之穷也。夫物无穷而不变，事因时而制宜。请扩充海运沙船之外，以津卫夹板、火轮等船辅其不及，以济全局；海运当可无虞缺乏。惟有漕各省临江处所与天津收漕之处，似宜建设漕仓，随到随收、随运，免致停泊稽留。如是则各省全漕，均可渐次起运；即偶尔偏灾，东南之粟亦可源源转运京师，以固根本：此固百世之利也。至各处所建漕仓，必须宽筹经费，优给薪水、工食，庶免刁难克扣，以正供资中饱矣。一、武科宜变通也。武科试士，皆用弓箭；营伍补缺；亦如之。及至见诸实事，则又舍弓箭而用枪炮：此亦所习非所用之一端。顷岁以来，军旅之事全赖募勇，于是武科直成具文。臣以为武科之设，既重其名，即当循其实。应否将武科分为三途：一取深明韬略、熟习险要沙线之士，一取谙通机器、制造精能之士，一取枪炮命中、勇敢善战之士？如此量为变通，当可稍收实效。至于绿营兵制必认真整顿，而后卒旅可为干城；关税、厘金必澈底澄清，而后涓滴皆归公府。钱粮力禁浮收，而后草野之元气可复；词讼力除积压，而后闾阎之疾苦易通。是又在乎大小臣工恪遵圣谕，力戒因循；庶不至徒托空言，而治理可以蒸蒸日上矣』。四月，入觐。寻回任，饬所属禁火葬；并查明未葬尸棺，分别有无亲属，勒限一体收埋。又浚常熟、昭文二县境之白茆河，又改筑苏、常石闸，以兴水利；均于八月奏闻。九月，出省查勘水灾。有族人都司丁炳同日昌家丁冶游，与水勇边有得忿争；游击薛荫櫋巡夜，棍毙有得。日昌奏请褫治薛荫櫋、丁炳，因自请议处；上以日昌虽事前公出，究属疏于防范，下部议处，案交总督马新贻提讯。九年七月，日昌奏言：『臣公出时，嘱臣子丁惠衡约束亲丁，乃敢任听闲游滋事。迨臣访闻有丁惠衡跟丁范贵在内，疑伊亦在场；当时忿怒所偪，欲以家法处死。丁惠衡畏死潜逃，至今半年之久，犹复惧责不归；致臣九旬老母，寝馈难安。请旨将盐运使衔知府丁惠衡即行斥革，将臣交部严加议处，以为辜恩溺职者戒』。得旨：『丁惠衡即行革职。丁日昌所请交部严加议处，着加恩宽免』。是月，偕马新贻奏：重修「江南通志」。十月，丁母忧。十二年七月，服阕，自陈回籍营葬，兼受山岚湿珍，乞缓入都；允之。十三年，以巡抚江苏时协济贵州饷需，下部优叙。
光绪元年三月，陛见。五月，因病请假回籍调理；上命帮同北洋大臣李鸿章商办事务，并赏假两月。假满，复申前请；仍赏假两月，赐人参。十一月，授福建巡抚，帮办船政。三年，兼台湾学政。三月，请自光绪三年为始，永蠲台湾府属杂饷；诏如所请。七月，以病剧，乞假回籍调理；得旨赏假三月，回籍就医。寻以病难速痊，屡乞罢任；四年四月，得旨准其开缺。
五年，特赏总督衔，命驻南洋会办海防事宜