即随知府曾咏督团进剿，克之；因未能先事豫防，坐失守地方律，褫职。
同治元年，两江总督曾国藩疏报日昌随征有劳，开复原官。二年，江苏巡抚李鸿章奏设上海机器局，仿制外洋开花炮弹、自来火；以日昌留心西法，调沪督造。寻随官军克无锡、金匮，升直隶州知州，并赏戴花翎。三年四月，随官军复常州府，歼擒伪护王陈坤书等；升用知府。十一月，大学士曾国藩续保克复江宁员弁，日昌与焉；得旨以道员留江苏，遇缺即补。四年正月，授江苏苏松太道。五月，李鸿章奏：『援闽官军会克漳州府城，日昌筹济饷项、军火，不遗余力；请赏加三品顶戴并三代封典』。允之。八月，升两淮盐运使。五年，扬州清水潭迤下堤工漫口，李鸿章偕漕运总督吴棠勘估堵筑，请调廉干大员综理；上命日昌就近督工。嗣以堤工合龙，赏加布政使衔。六年正月，擢江苏布政使。十二月，授江苏巡抚。七年，奏设局编刻牧令各书；又酌定江苏钱漕科则，洎前被贼扰最重之丹阳、金坛、溧阳三县原垦熟田银米折钱征收，豁免被扰之山阳、阜宁、清河、桃源、安东五县同治六年以前民欠钱粮及泰州、海州场灶旧欠，并勒限各属清理积案而奖其勤明奋勉者：皆得旨施行。八年，奉敕训勉臣工力戒因循；日昌因条奏时事，略曰：『一、贤才宜亟举也。国家之有贤才、犹鱼之有水、木之有根、火之有膏；故一县得人则一县治，一郡得人则一郡治，一省得人则一省治。今身系地方之责，除趋跄应对以外，谳狱付之幕友、催科付之吏胥；皆由其平日所学不能推之于用，故临事所用、不能本于学。夫今日之盗贼，皆昔日之百姓也。百姓何以为盗贼？以偪于饥寒；百姓何以致饥寒？以有司不能抚字。然则此时有司之循良、贪酷，即关系异日之治乱、安危。臣观三代、两汉之初，治理最盛，循吏最多；由登进广而任用专也。请敕下中外大臣各举所知，并开贤良方正科，以行举，不以言举；称职举主共其荣，不称职举主同其罚。但责大吏以地方治与不治，不苛求用人与资格合与不合。各省之大吏得人，则州县得人；州县皆治而天下治矣。一、冗员宜变通也。军兴以来，捐例遍开，而又减价以招之；军功本易，而又积年以增之。其不能不冗者，势也。捐输减至数成，可谓体恤极矣；而又有铁钱、票本、米捐，筹补捐、归补捐诸名目－－名为一成、二成，核其实，银到部，不过数厘。且即此数厘中，有书吏之费、有局员之费；除捐铜一局外，其余外省捐输足恃以济饷者，恐寥寥矣。况捐例既宽，人怀侥幸；往往醵赀，以官为市。千数百金捐一官职到省，一有差使，月支数十金，便可收数分之息。如或署事补缺，少者数千，多者数万；但图一身之有益，不顾大局之有损。然则捐员以所入较所出，其本可谓极微，其利可谓极厚；国家以所得较所失，其失可谓极重、其得可谓极轻。且各省请开捐例之时，以为捐员所得，不过部文一纸耳；不知其持文到省得缺之后，侵吞正款、欺压小民，听讼可使曲为直、缉捕可诬良为盗。设收捐之时即豫计其造孽之时，虽捐数盈千累万，亦何肯作饮酖止渴之计哉！凡人情于得之不甚艰难者，视之必不甚爱惜。今以自视不甚爱惜之官而令治甚可爱惜之百姓，吏治之不能蒸蒸日上也，亦固其所。至于军功保举，贤否亦属不一：在帅臣，当军书旁午，不能不宽其格以资指臂：在疆臣，当疮痍满目，不能不苛其格以觅循良。见在捐班、军功二途纷至沓来，处处有人满之患；尤不可不豫筹变通，以防冗滞。即如江苏一省，外补道缺不过二、三，府、州、县、同知、通判缺由外补者亦止数十；而候补道约六、七十人，州，县、同知、通判约一千余人。夫以千余人补码十员之缺，固已遥遥无期；即循资按格而求署事，亦非十数年不能得一年。其捷足先登者，非善于钻营，即有所系援者也。此辈性成浮薄，安望其能牧养小民！至于数十年而得署事一年，前此十数年中衣服、饮食、养家、应酬之费，皆须于一年中取偿；后此十数年中衣服、饮食、养家、应酬之费，又须于一年中豫蓄。置犬羊于饥虎之前而欲其不搏噬，虽禁以强弓毒矢，势固有所不能。无恒产因无恒心，非独人尽无良，抑亦穷困有以致之也。计惟将已然之官，设法裁汰疏通；未然之官，暂且停捐截选。拟请敕部通计京铜局每年所收实银上库若干，酌提外省洋关厘捐拨补；外省捐例，尤宜暂停：庶根本既清，而枝华渐可茂矣。一、廉俸宜加增也。我朝定例，正俸之外，有恩俸；常禄之外，更给养廉：固以体恤臣僚，实以豫绝贪黩。惟二百年来风俗由质而趋文，日用有增而无减，京外官已有入不敷出之势。加以丁耗画为军饷、漕白绌于转输，扣俸折廉，所得弥寡。故京官不足以养其廉，则不能不典质挪移，以免饥寒之偪。外官不足以养其廉，则上司不能不取之下属，下属不能不取之百姓；上下相渔，以为利薮：是非由之不明，举措由之不公。侵吞所至，仓库之盈者可虚；掊克所及，百姓之富者可贫。极其终，足致祸乱之相寻；原其始，则由支用之不给。夫古者重禄劝士，庶人在官，禄足代耕；盖必使其心无内顾之忧，然后其身能为国家之用。且京、外官同系戮力从公，何以京官廉俸不及外官十分之一；厚薄