赉经费，时万历甲寅年也。是年相国告归，汪邑侯泗论疏，令寿慈募化重兴，太学林守玄、林泊春董其事。建宝殿于法堂旧址，垒筑月台于殿前廊之下。由台而南，构藏经阁，珍崇御藏。又构择木堂于殿之东，今相国像在焉。移旧佛堂于殿之西，为方丈。戊午春，兴慈归寂，丙寅而兴寿亦归。崇祯己已，玄孙隆宓、隆瑞等复构二客堂于殿之左右。已而念祖庭秋晚，正道无闻，必有弘法开堂者，庶不失古今标格。以是谋诸檀越外护，敦请金粟密云禅师主席。庚午春，飞锡南来，全提向上大机，直指当人本旨，黄檗宗风，于斯始振。未几而还金粟。癸酉冬，宓瑞复同外护龚居士等恭请费隐禅师住持，恢张祖道，永为十方禅刹。衲子无远近，望风率至。丙子夏，师应建宁莲峰之请，瑞同檀信等念黄檗为列祖之席，不可空悬，请隐元禅师以继其位。未期年，衲履盈室，大振临济之风，中兴黄檗之道，师之功于前此殆有加矣。庚辰春，拆月台，重建大殿于旧址，以旧殿仍为法堂，移藏阁于西廊之后，构斋堂于云厨之前。辛巳，建钟鼓楼、山门、云厨、库房并诸寮舍，一一咸备。凡所作法，遵依祖制，成大禅刹，入斯门者莫不皈依。甲申孟春，师有天童扫塔之行，寺事请罗山亘禅师主之。是冬，构左右两廊于殿之前，奉祀伽蓝祖师。丙戌春，亘公同诸檀信仍接师回山。时适世界纷纷，僧俗戚戚，幸祖道如故，大教不祧，而亲领大乘，同悟禅宗者，不下数十人，所谓长安甚闹，我国晏然，诚不虚矣。
○殿
大雄宝殿 计五间，高四丈七尺，纵六丈七尺，广八丈七尺，重檐结角，金碧流辉。外游廊之前，中阶九级，明堂深四丈九尺，广八丈六尺五寸。上时梁，老人升座云：“托出脊梁横法界，大开眼目耀乾坤，都卢一座空王殿，百万四千解脱门。正当与么时撑时者撑持，盖覆者盖覆。且道阿那个作得其中主？”良久云：“儿孙卓立如麻栗，没量大人独个尊。”
旧天王殿在放生池南，今废。
○堂
法堂计五间，高三丈有六，广八丈，深七丈。乙卯岁，僧兴寿等建为殿。庚辰春，复改为法堂。
禅堂在阁下西廊之后，纵五丈六尺，广六丈二尺，有嘲者云：“和尚不可以经阁混为禅堂。”师云：“这里甚么所在，许你分经分禅？苟悟一椎两当，则千百个古锥三藏，烂熳葛藤，无地可寄矣！”
学事堂在钟鼓楼下，计三间。
云水堂在山门左。
应供堂在东廊后。计三间，高二丈有八，广六丈有六，深六丈有三，师示众云：“法眼圆明，日费千金非分外；偷心不死，时尝滴水也难消。
○阁楼
藏阁在殿右。计五间，高三丈有五，广六丈有二，深五丈有六。八闽中藏阁甚多，奉特赐者甚少。惟黄檗僧兴寿、兴慈，成中天老人之志，叩阙坚请。乙卯岁，蒙神宗皇帝特差内监王公赉送至山，有敕书一道云：“敕谕福建福州府福清县黄檗山万福禅寺住持僧人正圆及僧众人等。朕发诚心，造印佛大藏经，颁施在京及天下名山寺院供奉，经首护敕已谕其由；尔住持及僧众人等，务要虔洁供安，朝夕礼诵，保眇躬康乐，宫壶肃清。忏已往愆尤，祈无疆寿福。民安国泰，天下太平；俾四海入荒，咸归仁慈善教，朕成恭已无为之治道焉。今特差御马监太监王举赉请前去彼处供安，各宜仰体知悉。钦哉！故谕”戊寅春，诸绅士请师开阅。师上堂开阅竟，复说偈云：“四十九年烂葛藤，看来真个可怜生，大家出手俱翻却，始信共途不共行。”
钟鼓楼在藏阁右。计三间，高三丈五尺。广四丈八尺，深五丈六尺，内悬铜钟一口，重千斤，庚辰仲冬铸，系监寺能得募。请师说偈云：“黄檗铸铜钟，虚悬释梵宫。千斤乐信施，万古醒迷蒙。器大奚愁晚；音高谁与同？婆娑真教体，尽在此声中。”有大鼓一面，系鳌江佩玄林檀越施，以配洪钟。禅林礼乐，由斯备焉。
刷印楼在藏阁上。凡法宝新旧板俱在此楼，逐年刷印者住焉。则有黄檗希运禅师《心要》一本，白云端禅师《语录》一本，虎丘隆禅师《语录》一本、《三教平心论》一本，天童老和尚《语录》全部，费隐容和尚《语录》二本、祖庭《钳锤录》一本、《心经斵轮解》一本，《禅灯世谱》二本、《禅关策进》一本、本山隐元和尚《语录》全部、《又录》二本、《云涛集》一本、《宝训》一本、《石屋语录》一本，庞居士《语录》一本，梵本《普门品》一本、梵本《纲经》二本、梵本《乐师经》一卷四十二章经一本，《禅林课诵》一本、《毗尼日用》一本、《小法数》一本、《四分戒本》一本，板藏于斯，永为流通。
库司楼在应供堂旁。计三间，广四丈三尺，深六丈三尺，高二丈六尺。
○廊
东廊 从下至上计一十二丈二至尺。
西廊 如东。
○寮
首座寮 在方丈右。
西堂寮 在首座寮右。
书记寮 在方丈左边。
知客寮 在择木堂右边。
化主寮 在择木堂左。
典座寮 在香积左。
杂务寮 在山门右。