丁卯夜，荧惑退至尾初度，渐入心宿。兵部尚书杨嗣昌借月食火星，以为可化灾为祥，冀以动上意；工科都给事中何楷驳正之。
六月，兵部尚书杨嗣昌改礼部尚书兼东阁大学士，仍署兵部事。时嗣昌母服才五月，工科给事中何楷劾嗣昌忘亲；上切责之。先是，吏部会推阁员，上不允，命并及在籍守制者；盖嗣昌为陈新甲地也。已而特召新甲为兵部右侍郎，总督宣、大。侍讲学士黄道周上言：『朝廷即乏人，岂无一定策效谋者？而必破非常之格，以奉不祥之人』！上不怿。召廷臣于平台，问道周曰：『朕闻无所为而为之谓天理，有所为而为之谓人欲。尔前疏适当枚卜不用之时，果无所为乎』？道周对曰：『天人止是义利，臣心为国家、不为功名，自信其无所为』。上曰：『前月推陈新甲，何不言』？对曰：『时御史林兰友、给事中何楷皆有疏，二人臣同乡，恐涉嫌疑耳』。上曰：『今遂无嫌乎』？曰：『天下纲常、边疆大计，失今不言，后将无及？臣所惜者，纲常名教；非私也』。上曰：『清虽美德，不可傲物遂非。唯伯夷为圣之清；若小廉曲谨，是廉非清也』。道周曰：『伯夷忠孝，故孔子许其仁』。上怒其强说。道周又极诋杨嗣昌，嗣昌出奏曰：『臣不生于空桑，岂遂不知父母！臣尝再辞，而明旨迫切！道周学行人宗，臣实企仰；今谓不如郑鄤，臣始太息绝望！鄤杖母，行同枭獍；道周又不如鄤，何言纲常也』！道周曰：『臣言文章不如郑鄤』。上责其朋比。道周曰：『众恶必察，何敢为比』！上曰：『少正卯亦称闻人；惟行僻而坚、言伪而辨，不免孔子之诛』！道周曰：『少正卯欺世盗名，臣无其心。臣今日不尽言，则臣负陛下；陛下今日杀臣，则陛下负臣』！上曰：『尔读书有年，只成佞耳』！叱去。道周叩头起，复奏曰：『忠佞二字，臣不敢不辨。夫臣在君父之前，独立敢言为佞；岂在君父之前，谗谄面谀者为忠乎？忠佞不分，则邪正混淆，何以致治』！上怒甚，嗣昌乞优容之。上曰：『朕亦优容多矣』！诸臣退。上召回，谕曰：『今内寇外裔、天灾地震，皆朕不才，不能感发诸臣公忠为国之心；不智，不能辨别是非邪正；不文，不能宣布德化；不武，不能削平祸乱：此皆朕之寡昧，即朕之愆尤！正赖卿等匡救不逮。乃有一等机械在心，专于党同伐异、假公济私；朝廷纔用一大臣，百般诋毁。律以祖宗之法，当何如处？看来这裔、寇却还易治，衣冠之盗却是难除。以后再敢如此，立置重典。朕劝诸臣各修职业，共享太平之福』！诸臣叩头出。明日，降道周为江西布政司都事。翰林院修撰刘同升、编修赵士春、都给事何楷、试御史林兰友各疏救道周、劾嗣昌，俱谪调有差。
八月，南京户科给事中张焜芳论前巡盐两淮御史史【范土】侵帑三十余万，命逮【范土】下刑部狱。【范土】奏辩，又发焜芳朋党状；焜芳夺官。
十月，以御史马太清分守蓟镇西协。北骑进喜峰口，直至徐州，破济南府，德藩被害。京师戒严，召孙传庭于陕西、召洪承畴于三边；于是承畴、传庭率诸将合兵五万，先后出潼关入援。以宣大总督卢象升加兵部尚书，赐尚方剑，总督天下援兵；至贾庄遇敌陷陈，死之。
十一月，括废铜铸钱。
十二月，改洪承畴蓟辽总督、孙传庭保定总督；传庭以失聪辞，不许。寻逮传庭系狱。
十二年（己卯）二月，贵州道御史王聚奎劾刑科右给事中陈启新缄默溺职；谪聚奎，并罢右佥都御史李先春，夺吏部左侍郎董羽宸俸二月。以司礼太监崔琳清理两浙盐课、赋税。
三月，召参议郑二阳于平台，问练兵措饷之计。对曰：『大抵额兵之设，原有额饷；但求实练，则兵不虚冒、饷自足用，是核兵即足饷也。若兵不实练，虽措饷何益』！上问「措饷」。曰：『诸臣条奏尽收矣，在得其人。得人，则利归公家；否则，在私室』。上曰：『各处灾伤，奈何』。曰：『裁不急之官，亦可省费』；又曰：『臣见州县残破，急宜下宽大之诏，收拾人上』！上称善，擢二阳都察院右佥都御史。
四月，免高淳去年旱蝗田租，谕释轻系。时上颇于内庭建设斋醮，礼科给事中姜采上言：『宗社之安危，必非佛氏之祸福』；上不听。京城浚濠，广五丈、深三丈；给事中夏尚絅切谏，不听。
五月，出帑金三十万济饷，后偿之。山西按察副使魏士章请遣京官搜括天下钱粮充饷；从之。
六月，礼部尚书林欲揖请核僧道赡地、毁淫祠，括绝田助饷。
七月，戒午门、端门诸内臣延接朝士。
八月，故庶吉士郑鄤磔于市。鄤初选庶吉士，有直谏声，文震孟、黄道周皆与之游。当时欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重；而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。降贼张献忠复叛于榖城，罗汝才九营并起应之；左良玉大败，失其符印。事闻，革总理熊文灿任，仍视事；降良玉职，戴罪杀贼。初，文灿与杨嗣昌深相结纳；嗣昌冀文灿成功，以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安，请督师南讨；上以隆礼劳遣之。
九月，免河南州县田租有差。时中外交讧，上念穷民罹灾，己卯、庚辰之间蠲贷屡下；而