。陕西巡抚都御史孙传庭击贼于盩厔，大破之；擒贼首闯王高迎祥及刘哲等，献俘阙下，磔于市。命总理卢象升总督各镇兵进援京师。
九月，北骑从建昌冷口还，守将崔秉德请率兵遏归路。总监高起潜不敢进，扬言当半渡击之；侦北骑出口，起潜始进石门山，报斩三级。禁文武舆盖器饰之僭。起守制杨嗣昌为兵部尚书。命采平阳、凤翔诸矿，以储国用。
十一月，下左都御史唐世济于狱。世济以「边才」荐故兵部尚书霍惟华，上谓「惟华逆党，世济蒙蔽」；下刑部狱。叙京师城守功，太监张国元、曹化淳荫锦衣卫指挥佥事，各世袭。初，化淳为京营提督，收用降丁；及守昌平，俱散去，至有叩京师城下者，皆称京营兵，莫能辨。
十二月，蠲山东五年前逋租。命吏部指奏数年铨政大弊。吏部覆奏，上责之曰：『以尔部职专用人，推举不效；乃反称纲目太密，使中外束手！且平时升转，必优京卿、甲科；乃云京卿未必胜外官，甲榜未尝胜乙榜。如此游移，岂大臣实心体国之道』！尚书谢升罢。
十年（丁丑）正月，工部尚书刘遵宪因培筑京城，上「加派输纳事例」。分守津通临德太监杨显名参前巡盐御史张养、高钦舜各侵税额，诏逮之。时养先卒，下抚按籍其家。
二月，逮巡按山西御史张孙振。初，提学佥事袁继咸守官奉公，自书卷外，无长物；孙振贪秽不职，诬奏之。贡士卫周祚等诉其冤，命并孙振逮讯。左良玉大破贼于舒城、六安，应天巡抚张国维檄良玉入山搜捕，良玉新立功，骄蹇不奉调；国维三檄之，始自舒城进发，贼已饱掠出境矣。山西总兵王忠以兵援河南，称病数月不进，一军噪而西归；给事中凌义渠劾之，诏逮王忠入都。革良玉职，杀贼自赎。命陕西巡抚孙传庭兼总理河南。
三月，陆文声陈风俗之弊皆原于士子，太仓庶吉士张溥、前临川知县张采倡复社以乱天下；命南直提学御史倪元珙核奏。元珙极言文声之妄，上责其蒙饰，降光录寺录事。溥、采为古学以相砥砺，天下向风；然不为政府所悦。时苏州府推官周之夔亦讦奏溥、采等树党挟持。
四月，命南京守备太监孙象贤、张云汉同兵部尚书范景文清核兵马、器械。总监太监高起潜行部，永平道刘景耀、关内道杨于国俱耻行属礼，上疏求免；上谓总监原以总督体统行事，罢于国、降景耀二级。时监视之设，只多一扣饷之人。监视满，则督、抚、镇、道皆恃以饰功掩过，故边吏皆乐有监视；而上方倚任中官，不察也。谕百官求直言，刑科给事中李如灿上言时事，归咎辅臣；上怒，下汝灿于狱。左谕德黄道周上言：『陛下下诏求直言，清刑狱。然方求言而建言者辄斥，方清狱而下狱者旋闻。非所以开言路、信诏旨』！上切责之。新安所千户杨光先劾吏科给事中陈启新及元辅温体仁，舁棺自随；上怒，廷杖、戍辽西。
六月，大学士温体仁引疾免。初，体仁以摘发钱谦益受主知，遂入相。时上英明，廷臣苞苴亡状，体仁以残刻辅之，圜扉之内累累趾相属。初藉周延儒入，旋以权相轧，周去而温独存。自佐政以来，边徼潢池之警，漫无经画；惟斤斤自守，不殖货贿，故上始终敬信之。
七月，以史可法为右佥都御史，巡抚安、庐、池，太等处军务。时以寇患，故创设。
八月，上登正阳门阅城。以薛国观为礼部左侍郎兼东阁大学士。
十一月，以司礼太监曹化淳、杜勋等提督京营，孙茂霖守蓟镇中西三协，郑良辅总理京城巡捕。
十一年（戊寅）正月，裁南京冗官八十九员。任丘、清苑、徕水、迁安、大城、定兴、通州各有司不法，上内访逮入；责抚、按不先劾为溺职：『近畿如此，远地可知』。命部院申饬。
二月，城芦沟，名拱极城；太监督役，掠涂人受工，民力为惫。巡按江南御史张任学改都督佥事总兵官，镇守河南。任学觊得巡抚，且欲荐故丹徒知县张放，因极诋诸总兵不足恃；盛称文吏有奇才，可御寇。上竟以总兵授之，意大沮悔；寻被逮。上御经筵毕，召詹事府、翰林院诸臣顾锡畴等二十余人，问『保举、考选，孰为得人』？少詹事黄道周对曰：『树人如树木，须养之数十年。近来人才远不及古，况摧残之后，必深加培养』。庶子黄景昉请宥郑三俊；上曰：『三俟蒙徇，虽清何济』！又命诸臣各陈所见。上曰：『言须可行，如故讲官姚希孟欲折漕一年，误矣』！编修杨廷麟曰：『自温体仁荐唐世济、王应熊荐王继章，今二臣皆败，而荐者无恙。是连坐之法先不行于大臣，而欲收保举之效得乎』？上默然。命诸臣出，宴午门之庑。道周等退，各补奏。会南京应天府丞徐石麒亦上言郑三俊清节，得释。三俊为司寇，敝衣一箧，爨烟不给，以拟狱轻得罪。上亦素知之，故得放还。
三月，上御左顺门，召考选诸臣，五人为班递进。问兵食计，知县曾就义曰：『百姓之困，皆由吏之不廉。使守令俱廉，即稍从加派以济军需，未为不可』。上拔第一。未几，即有剿饷、练饷之加。
四月己酉丑刻，荧惑去月仅七、八寸；至晓，逆行，尾八度掩于月。
五月