三战三捷，军声大振。廿三夜，取石码，获守将刘符、杨朝宗，遂军于祖山头，以逼海澄。满州副都统孟安等自潮来援，国轩退屯石码，浚濠筑垣拒守；遂分兵屯漳州郭外。是役也，国轩部将苏爵战却，立斩以徇，诸将股栗；又能身先士卒，有被伤者辄出己赀赏之，故众心悦服。三月，周主吴三桂僣号于衡州；遣使来聘。
三桂在衡州，以三月初二日僣称帝，改元昭武。适世子遣官賫书至，三桂乃遣使来致书，署曰「大周皇帝致书郑世子殿下」。中提督刘国轩大破清海澄公水师提督黄芳世于水头。
自江东桥之断，漳、泉隔绝。清提督段应举自泉州来，宁海将军喇哈达自福州来，平南将军赖塔自潮州来，先后率兵应援。国轩倏水、倏陆，满、汉兵疲于奔命。初二日，国轩列阵漳郡东赤岭，清兵背城迎战，互有胜负。时朱寅率兵扎天宝山，以牵清兵之势；黄芳世击走之，乃移屯水头湾腰树及镇门，以断海兵往来水路。国轩侦知，伪焚营垒、撤兵为遁状；少顷，举帆直抵水头，登岸鏖战。芳世素不知兵，又以天宝骤胜而骄，与满将不相下；一战而溃，惊惶坠马。奔回漳郡，抱病数月而死。国轩兵势，由是日盛。中提督刘国轩大破清提督段应举于祖山头，遂围海澄。
应举及满州将军兵数万列营祖山头，十八日，国轩兵至，应学挥兵迎战；何佑少却，江胜、吴淑等绕出左山之背，国轩督劲卒冲满州营，满兵败走，众遂溃。又以疑兵截漳州大路，满、汉兵望见，弃辎仗自相践踏。应举等率残兵奔入海澄，国轩追至城下，连夜凿堑引江水环城围之；外又凿沟数重，沿堤两岸安铳守之。由是，内外阻绝。别遣昂宿营张雄乘间取平和，副将黄瑞镳取漳平，皆下之。夏、五月，清兵援海澄，中提督刘国轩击败之。
时清总督郎廷相入京，以布政姚启圣代之；勒巡抚杨熙致仕，以按察使吴兴祚代之；寻调江南提督杨捷代段应举，援兵四集，屯笔架山，以救海澄。刘国轩以山南灯火寨下临大溪，顺流可通海澄，恐清兵据之；问谁敢扼守？吴淑请往，乘夜率兵进寨。初十酉刻，清营发炮攻击，连夜不绝；淑令军士穴地藏身，无一伤者。驰报国轩，以为乘夜发炮，意不在寨；当别防之。信至，清满、汉兵已齐抵祖山岳岭，破林彪、张凤二营；凤战死，进攻林陞营。适国轩援兵至，发火炮齐击之，死者无数，满骑多填于堑；遂退走，海澄援绝。六月，中提督刘国轩破海澄，清提督段应举死之。
海澄素无蓄积，被围八十三日，满甲二千、马八千余匹、合各镇兵计三万人，至是食尽，尸骸枕藉。刘国轩初十日进攻，众力不支，城遂破；段应举从容自缢于敌楼，穆伯希佛自焚死，黄蓝战殁，获孟安、魏赫、田香五等，满、汉兵将无一遗者。国轩入城厚殓应举，付其家人舁还。所获诸将，世子皆释之，授衔给俸；满兵千余，迁之东宁。
招讨大将军世子晋中提督刘国轩为武平伯征北将军、吴淑定西伯平北将军、其余镇营各陞赏有差。
世子以恢复海澄，或戮力行间、或着绩守御，水陆诸将咸有功次。既晋正、副总督刘国轩、吴淑，仍升左虎卫何佑为左武卫将军、前虎卫林升为右武卫将军，俱授左都督；镇营各加级有差。朱寅率众来归，世子封为荡鲁将军。
丁巳之败，漳浦人蔡寅挟左道惑众，诡称朱三太子，聚集海上残兵。于三月十九日夜袭泉州，攀堞而入；率二百余人从西门至开元寺街，鸣鼓扬旗；守泉兵昏夜出不意，以为海师复至，多惊窜。至双门前炮发，寅乃抽兵出城；清兵来追，按军徐退，无一死者。自此，人益以为神，归附日众，屡战皆捷，蔓延于泉、漳属县，聚众至万人，头裹白布为号，时人谓之「白头贼」，海上亦藉壮其声势。至是，率众来归，世子封为荡鲁将军，改名蔡明义。岁余，病死，其党犹以为尸解云。中提督刘国轩率兵攻泉州，属县皆下。
海澄之破，闽省震动。诸援兵皆退守漳州，国轩议乘虚捣泉州；吴淑分兵复长泰县，国轩自率诸军取同安。时都统雅大里自浙调援海澄，至同安而澄破；闻国轩至，弃城走保泉州；国轩督水陆并进，遂围泉州。遣左虎卫江胜攻南安，克之。于是，惠安、安溪、永春、德化诸县守兵皆相继弃城遁。秋、八月，清舟师攻定海，楼船中镇萧琛败绩，水师五镇章元勳死之。
泉州围急，清以林贤、黄镐等督舟师出闽安镇，遥为声援。萧琛守定海，不及设备，以舟寡且小，欲据上流牵制之；元勳欲先发制人，率所部十舟进战。林贤等击之，元勳众寡不敌，一军尽没；萧琛大溃，退泊海山。召中提督刘国轩旋师，所复诸县皆弃。
国轩攻泉州，阅两月不下，援兵四至。七月，清宁海将军喇哈达间道出安溪，学士李光地练乡壮为向导出同安，巡抚吴兴祚由仙游出永春，提督杨捷由兴化下惠安；国轩对垒相持，援兵皆未敢前。会萧琛失定海，妄报福州水师大至；世子恐厦门有失，檄国轩解围退守。二十四日，国轩退兵下船，清兵不敢追；越三日，城中兵始敢出。国轩既退，所得诸县皆失。世子召回萧琛，斩之；以援剿左镇陈谅、后镇陈起明、楼船左镇朱天贵等督水军防御北船。伪周主吴三桂殂，孙世璠立。