兰於江西，调田兴恕於贵州，未集而贼至，陷桂阳、宜章、兴宁，窥衡州，为岿河之军所扼，回窜嘉禾、新田、临武、宁远。达开大队窜永兴，以据上游。刘长佑出祁阳，与之相持。回犯东安、新宁，刘坤一再挫之，乃趋宝庆，众号三十万，多乌合。秉章下免死令，散数万人。时赵焕联、田兴恕等军先至，营城外。贼营环二百里，包诸军於中。胡林翼遣李续宜率军赴援，秉章令刘长佑、刘岳昭、何绍彩分三路进。六月，战宝庆城下，内外夹击。贼人众乏食，再战再败，遂东窜。萧启江军遇於永州，又击败之。乃由全州窜广西，启江尾追，刘长佑继进，败之於大榕口，又败之桂林，贼窜庆远。秉章令长佑留镇广西，田兴恕回贵州，萧启江出沅江，兼顾川、黔。时广东贼又扰边境，令张运兰、黄淳熙分击於江华、宜章，并歼之。
十年，命赴四川督办军务。时左宗棠已奉命募勇援浙，聘湘乡刘蓉赞军事。湘军名将多从曾国籓、胡林翼，惟刘岳昭、黄淳熙在湖南。调两军随行，受代将发，石达开复由广东犯湖南境，吏民乞留。遣岳昭、淳熙会剿，贼寻引去。十一年正月，始启行，抵宜昌，闻陈玉成犯湖北，分遣岳昭赴援，自率五千人入川。
四川之乱，始於咸丰九年。滇匪蓝大顺又名朝柱，李短搭又名永和。结党私贩鸦片，其党被捕，聚众陷宜宾，攻叙州，扰嘉定，众号十馀万，群盗遂四起。总督有凤、曾望颜等不能制，徵兵湖南，先遣萧启江一军赴之。启江寻病殁，诏曾国籓赴川督师，中止未行，成都将军崇实署总督。秉章奉命后，虑客军易遭齮龁，犹观望。崇实驰书促行，开诚迎候，发夔关税以给军，军至，乃出望外。时贼首李永和、卯得兴踞青神，蓝朝柱围绵州，张第才、何国樑围顺庆，蹂躏四十馀县，将逼成都。秉章至万县，即令黄淳熙援顺庆，战於定远，阵斩何国樑，贼大败。追至潼川二郎场，中伏，淳熙阵亡，然贼惊湘军勇锐，引去。秉章由顺庆进驻潼川，令胡中和、萧庆、何胜必率萧启江旧部，曾传理代领黄淳熙之众，刘德谦率亲军，唐友耕率川军，合万九千人，援绵州，别以他军缀青神，分扼东北。会穆宗即位，擢授秉章四川总督。八月，师会绵州城下，连破贼十馀垒，贼败退，渡涪水屯守。官军作五浮桥以济，又击败之。贼遁走，由什邡、崇庆趋丹棱，秉章始入成都。
莅任，奏劾布政使祥奎、中军副将张定川不职，罢之。荐刘蓉，诏超擢署布政使。军事吏治，振刷一新，於是分剿诸贼，急攻蓝、李二股。令唐友耕扼眉州洪堰，断青神之援，胡中和等诸军围丹棱，作长壕木城，节节进逼。贼弃城走，追毙蓝朝鼎於阵。馀贼分路逃散，为民团汛兵截杀几尽。蓝朝柱率二百人遁入山，寻出合诸匪陷新宁，复为官军击散。其后陕西盩厔匪溃走兴安，为民团所获，有自称为蓝大顺及弟三顺至九顺，并戮之。李永和见丹棱已克，亦遁走，分军追击，围之於铁山。同治元年，京察，诏嘉秉章殄寇迅速，整顿地方，加太子少保。寻克青神，李永和、卯得兴由铁山遁走，追至宜宾，擒之。道员张由庚克新宁，贼分窜，张第才遁陕西，曹灿章入老林。总兵周达武解涪州围，追擒周绍涌於大竹，又擒郭刀刀於巴州。周毚毚由云南入岳池、合州、新宁，张由庚击走之，诸城皆复。至冬，川南北一律肃清，诏嘉调度有方，予优叙。
石达开见川中兵事方殷，屡由黔、楚窥伺来犯。是年春，陷石柱，扑涪州，为刘岳昭军所阻，窜黔境。寻又入叙永，攻江安，陷长宁，分扰珙、高、庆符，刘岳昭、曾传理等击败之。退滇境，分窜筠连、高县，官军扼金沙江以守。贼谋三路入川，秉章调诸将及土司兵分防。二年正月，赖裕新自宁远犯冕宁，至越巂，为工卩部土司岭承恩击毙。馀贼散扰川西十馀县，多为官军民团截杀，尽歼於平武山谷中。三月，石达开渡金沙江，为唐友耕等军所扼，由小径趋土司紫打地。大渡河水涨，官军伺半济击之，退扑松林、小河，又为土司王应元所扼。岭承恩夜袭破马鞍山贼营，断其粮道。复连扑两河，皆不得渡，粮尽，杀马采树叶而食。唐友耕等汉、土官兵合击，焚其巢，堕岩落水无数。馀七八千人奔老鸦漩，复为土兵所阻。达开率一子及其党三人乞降，解散四千人，馀党尽诛之。五月，槛送达开至成都，磔於市。捷闻，诏深嘉之，加太子太保，将士奖擢有差。李福猷为达开死党，初约由黔入川。令刘岳昭与黔军合剿，寻於黔境就歼。达开馀孽遂尽。
粤匪扰陕西，围汉中，秉章令道员易佩绅率军解其围，张由庚驻防川境。至是复令萧庆高、何胜必赴剿。诏擢刘蓉为陕西巡抚，督诸军。秉章病目请告，命力疾视事。三年，江宁克复，诏录前后功，予一等轻车都尉世职，赐双眼花翎。四年，陕西粤匪为诸军击败，窜甘肃阶州，令周达武会剿平之。回剿南坪番匪，匪首欧利哇降。又剿马边，擒匪首宋士杰，边境悉平。令刘岳昭援黔，由绥阳抵遵义，道路始通，后由黔规滇，皆秉章遗策也。六年夏，疾愈视事，命以四川总督协办大学士。十一月，卒於官，优诏赐恤，称其“公忠诚亮，清正勤明”，赠太子太傅，入祀贤良祠，四川、湖南建专祠。赐其子天保郎中、天诒举人，诸孙并赐官，谥文忠。<